1eqn

E.COLI PRIMASE CATALYTIC CORE

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA PRIMASE

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	无其他共同聚合物	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	无其他共同聚合物	与蛋白数一致
3	蛋白单体	单体	蛋白 1	无其他共同聚合物	与蛋白数一致
4	蛋白单体	单体	蛋白 1	无其他共同聚合物	与蛋白数一致
5	蛋白单体	单体	蛋白 1	无其他共同聚合物	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PRIM_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–321； UniProt 109–429 作者链 B； PDB构建体 1–321； UniProt 109–429 作者链 C； PDB构建体 1–321； UniProt 109–429 作者链 D； PDB构建体 1–321； UniProt 109–429 作者链 E； PDB构建体 1–321； UniProt 109–429

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1eqn
沉积日期 deposition_date	2000-04-05
结构标题 title	E.COLI PRIMASE CATALYTIC CORE
关键词 keywords	Toprim domain, Rossmann fold, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1eqn__assembly_4__model_1

Assembly 4 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1eqn__assembly_4__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1eqn__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	23.26 Å
Rg（电子密度）	22.67 Å
总 Rg	23.29 Å
原子数	2430
残基数	305
排除体积	43138 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1eqn__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1eqn__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`1eqn__assembly_3__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`1eqn__assembly_4__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`1eqn__assembly_5__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_id	d1eqna_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.13 — DNA primase core
超家族 Superfamily superfamily	e.13.1 — DNA primase core
家族 Family family	e.13.1.1 — DNA primase DnaG catalytic core

结构域编号 domain_id	d1eqnb_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.13 — DNA primase core
超家族 Superfamily superfamily	e.13.1 — DNA primase core
家族 Family family	e.13.1.1 — DNA primase DnaG catalytic core

结构域编号 domain_id	d1eqnc_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.13 — DNA primase core
超家族 Superfamily superfamily	e.13.1 — DNA primase core
家族 Family family	e.13.1.1 — DNA primase DnaG catalytic core

结构域编号 domain_id	d1eqnd_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.13 — DNA primase core
超家族 Superfamily superfamily	e.13.1 — DNA primase core
家族 Family family	e.13.1.1 — DNA primase DnaG catalytic core

结构域编号 domain_id	d1eqne_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.13 — DNA primase core
超家族 Superfamily superfamily	e.13.1 — DNA primase core
家族 Family family	e.13.1.1 — DNA primase DnaG catalytic core

CATH v4.4 (15 domains)

结构域编号 domain_id	1eqnA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	980 — DNA primase DNAg catalytic core, N-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA primase, catalytic core, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	1eqnA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1360 — Dna Topoisomerase Vi A Subunit; Chain: A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1eqnA03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	50 — Pheromone ER-1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — DnaG, RNA polymerase domain, helical bundle

结构域编号 domain_id	1eqnB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	980 — DNA primase DNAg catalytic core, N-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA primase, catalytic core, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	1eqnB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1360 — Dna Topoisomerase Vi A Subunit; Chain: A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1eqnB03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	50 — Pheromone ER-1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — DnaG, RNA polymerase domain, helical bundle

结构域编号 domain_id	1eqnC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	980 — DNA primase DNAg catalytic core, N-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA primase, catalytic core, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	1eqnC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1360 — Dna Topoisomerase Vi A Subunit; Chain: A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1eqnC03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	50 — Pheromone ER-1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — DnaG, RNA polymerase domain, helical bundle

结构域编号 domain_id	1eqnD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	980 — DNA primase DNAg catalytic core, N-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA primase, catalytic core, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	1eqnD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1360 — Dna Topoisomerase Vi A Subunit; Chain: A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1eqnD03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	50 — Pheromone ER-1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — DnaG, RNA polymerase domain, helical bundle

结构域编号 domain_id	1eqnE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	980 — DNA primase DNAg catalytic core, N-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA primase, catalytic core, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	1eqnE02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1360 — Dna Topoisomerase Vi A Subunit; Chain: A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1eqnE03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	50 — Pheromone ER-1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — DnaG, RNA polymerase domain, helical bundle

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晶胞边长 a length_a	62.674 Å
晶胞边长 b length_b	107.626 Å
晶胞边长 c length_c	263.069 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	20

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	500.000 Å
R 因子 r_factor	0.2259
R_work r_work	0.2197
R_free r_free	0.2760

描述 description	DNA PRIMASE
分子量 formula_weight	36620.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E
原子数 atom_count	12156

E.COLI PRIMASE CATALYTIC CORE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA PRIMASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1eqn__assembly_4__model_1

1eqn__assembly_4__model_1 | I(q)

1eqn__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

CATH v4.4 (15 domains)

7. 引用文献 (1)

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

E.COLI PRIMASE CATALYTIC CORE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA PRIMASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1eqn__assembly_4__model_1

1eqn__assembly_4__model_1 | I(q)

1eqn__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

CATH v4.4 (15 domains)

7. 引用文献 (1)