SAXSdb — 1ewf

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BACTERICIDAL/PERMEABILITY-INCREASING PROTEIN

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 28–483	突变：S351A	PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；289 K；12 % PEG 6000, 0.2 M Mg Acetate, 0.1 M Na Cacodylate, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 16K	分辨率 1.70 Å R-free 0.250

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1EWF	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BP1 CRYSTAL STRUCTURE OF BPI, THE HUMAN BACTERICIDAL PERMEABILITY-INCREASING PROTEIN 提交 1997-04-08	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–483（456 aa）	突变：S351A	PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.8；CRYSTALLIZED IN 12% PEG 8000, 0.2 M MG ACETATE, 0.1 NA CACODYLATE PH 6.8	分辨率 2.40 Å R-free 0.295

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BPI_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–456； UniProt 28–483

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1ewf
沉积日期 deposition_date	2000-04-25
结构标题 title	THE 1.7 ANGSTROM CRYSTAL STRUCTURE OF BPI
关键词 keywords	BACTERICIDAL, PERMEABILITY-INCREASING, LIPID-BINDING, LIPOPOLYSACCHARIDE-BINDING, ANTIBIOTIC; ANTIBIOTIC
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	34.22 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	35.21 Å
零角强度 I(0) i0	37079000.00
分子量 molecular_weight	51393.0 kDa
排除体积 excluded_volume	65781 Å³
包络体积 envelope_volume	82000 Å³
水化壳体积 shell_volume	23736 Å³
包络直径 envelope_diameter	137.0 Å
壳层 Rg shell_rg	33.57 Å
包络 Rg envelope_rg	35.98 Å
形状 Rg shape_rg	35.25 Å
总 Rg total_rg	34.96 Å
总原子数 total_atoms	3618
残基数 n_residues	456
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	128.8 Å
Rg (实空间) rg_real	34.94 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.59 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.7080e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.6740e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	34.49 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	37060000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6569
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.757
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.055
角度范围 angular_range	— – 0.2300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	9647000.0000
实空间数据点数 n_real_points	47
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.244; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.127; Smooth: 0.677

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	BACTERICIDAL/PERMEABILITY-INCREASING PROTEIN
分子量 formula_weight	50703.6 kDa
突变 mutation	S351A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4147

VNPGVVVRISQKGLDYASQQGTAALQKELKRIKIPDYSDSFKIKHLGKGHYSFYSMDIREFQLPSSQISMVPNVGLKFSISNANIKISGKWKAQKRFLKMSGNFDLSIEGMSISADLKLGSNPTSGKPTITCSSCSSHINSVHVHISKSKVGWLIQLFHKKIESALRNKMNSQVCEKVTNSVSSELQPYFQTLPVMTKIDSVAGINYGLVAPPATTAETLDVQMKGEFYSENHHNPPPFAPPVMEFPAAHDRMVYLGLSDYFFNTAGLVYQEAGVLKMTLRDDMIPKESKFRLTTKFFGTFLPEVAKKFPNMKIQIHVSASTPPHLSVQPTGLTFYPAVDVQAFAVLPNSALASLFLIGMHTTGSMEVSAESNRLVGELKLDRLLLELKHSNIGPFPVELLQDIMNYIVPILVLPRVNEKLQKGFPLPTPARVQLYNVVLQPHQNFLLFGADVVYK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
分子量 formula_weight	790.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	387

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1ewfa1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.83 — Aha1/BPI domain-like
超家族 Superfamily superfamily	d.83.1 — Bactericidal permeability-increasing protein, BPI
家族 Family family	d.83.1.1 — Bactericidal permeability-increasing protein, BPI

结构域编号 domain_id	d1ewfa2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.83 — Aha1/BPI domain-like
超家族 Superfamily superfamily	d.83.1 — Bactericidal permeability-increasing protein, BPI
家族 Family family	d.83.1.1 — Bactericidal permeability-increasing protein, BPI

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1ewfA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	15 — Super Roll
拓扑 Topology topology	10 — Bactericidal permeability-increasing protein; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bactericidal permeability-increasing protein; domain 1

结构域编号 domain_id	1ewfA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	15 — Super Roll
拓扑 Topology topology	20 — Bactericidal permeability-increasing protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bactericidal permeability-increasing protein; domain 2

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	184.320 Å
晶胞边长 b length_b	31.230 Å
晶胞边长 c length_c	80.660 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	103.20 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.700 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1980
R_free r_free	0.2500

fit	/app/data/saxs_computation/ew/1ewf/1ewf.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ew/1ewf/1ewf.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ew/1ewf/1ewf.dat

THE 1.7 ANGSTROM CRYSTAL STRUCTURE OF BPI

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BACTERICIDAL/PERMEABILITY-INCREASING PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction