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1f3c

REFINED SOLUTION STRUCTURE OF 8KDA DYNEIN LIGHT CHAIN (DLC8)

Method: SOLUTION NMR Dmax: 56.2 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DYNEIN

Rattus norvegicus

UniProt P63170

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–89 链 B； UniProt 1–89 片段：8KDA LIGHT CHAIN 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 7；303 K NMR样品组成：1.5mM DLC8; 100mM phosphate buffer NA; 99.99% D2O | 99.99% D2O NMR样品组成：1.5mM DLC8 U-15N;100mM phosphate buffer NA; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：1.5mM DLC8 U-15N,13C;100mM phosphate buffer NA; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1F3C Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1F95 SOLUTION STRUCTURE OF DYNEIN LIGHT CHAIN 8 (DLC8) AND BIM PEPTIDE COMPLEX 提交 2000-07-07 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–89（89 aa） 片段：8KDA LIGHT CHAIN
链 B 1–89（89 aa） 片段：8KDA LIGHT CHAIN
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；303 K；离子强度（mmCIF原始值）100mM；压力 ambient
NMR样品组成 1.5mM DLC8/Bim peptide complex 15N; 100mM phosphate buffer; 10mM DTT; 90% H2O and 10% D2O | 90% H2O and 10% D2O
NMR样品组成 1.5mM DLC8/Bim peptide complex 15N,13C; 100mM phosphate buffer; 10mM DTT; 90% H2O and 10% D2O | 90% H2O and 10% D2O
NMR样品组成 1.5mM DLC8/Bim peptide complex ; 100mM phosphate buffer; 10mM DTT; 99.9% D2O | 99.9% D2O
分辨率未提供
1F96 SOLUTION STRUCTURE OF DYNEIN LIGHT CHAIN 8 (DLC8) AND NNOS PEPTIDE COMPLEX 提交 2000-07-07 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–89（89 aa） 片段：DLC8 BINDING REGION
链 B 1–89（89 aa） 片段：DLC8 BINDING REGION
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；303 K；离子强度（mmCIF原始值）100mM；压力 ambient
NMR样品组成 1.5mM DLC8/nNOS ppetide complex 15N; 100mM phosphate buffer; 10mM DTT; 90%H2O and 10% D2O | 90%H2O and 10% D2O
NMR样品组成 1.5mM DLC8/nNOS ppetide complex 15N,13C; 100mM phosphate buffer; 10mM DTT; 90%H2O and 10% D2O | 90%H2O and 10% D2O
NMR样品组成 1.5mM DLC8/nNOS ppetide complex ; 100mM phosphate buffer; 10mM DTT; 99.9% D2O | 99.9% D2O
分辨率未提供

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DYL1_RAT
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–89； UniProt 1–89 作者链 B； PDB构建体 1–89； UniProt 1–89

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1f3c

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1f3c
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1f3c
沉积日期 deposition_date2000-06-02
结构标题 titleREFINED SOLUTION STRUCTURE OF 8KDA DYNEIN LIGHT CHAIN (DLC8)
关键词 keywordsdynein, light chain, DLC8, microtubules, CONTRACTILE PROTEIN; CONTRACTILE PROTEIN
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier16.18 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron15.70 Å
零角强度 I(0) i02332440000.00
分子量 molecular_weight414640.0 kDa
排除体积 excluded_volume519400 ų
包络体积 envelope_volume40648 ų
水化壳体积 shell_volume18641 ų
包络直径 envelope_diameter66.8 Å
壳层 Rg shell_rg24.64 Å
包络 Rg envelope_rg18.80 Å
形状 Rg shape_rg15.60 Å
总 Rg total_rg16.17 Å
总原子数 total_atoms57840
残基数 n_residues3560
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax56.2 Å
Rg (实空间) rg_real16.16 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.35 Å
I(0) (实空间) i0_real2.3320e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.8370e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal16.16 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal2332000000.0000
解质量估计 total_estimate0.6328
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary18.8 Å
偏度 Skewness skewness0.340
峰度 Kurtosis kurtosis-0.195
角度范围 angular_range— – 0.4900 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1159000.0000
实空间数据点数 n_real_points79
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.728; Stabil: 0.998; Sysdev: 0.353; Positv: 1.000; Valcen: 0.985; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1f3ca_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.39 — DLC
超家族 Superfamily superfamilyd.39.1 — DLC
家族 Family familyd.39.1.1 — DLC
结构域编号 domain_idd1f3cb_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.39 — DLC
超家族 Superfamily superfamilyd.39.1 — DLC
家族 Family familyd.39.1.1 — DLC

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1f3cA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology740 — Protein Inhibitor Of Neuronal Nitric Oxide Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Protein Inhibitor Of Neuronal Nitric Oxide Synthase;
结构域编号 domain_id1f3cB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology740 — Protein Inhibitor Of Neuronal Nitric Oxide Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Protein Inhibitor Of Neuronal Nitric Oxide Synthase;
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)