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1f3h

X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF THE HUMAN ANTI-APOPTOTIC PROTEIN SURVIVIN

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 108.6 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SURVIVIN

Homo sapiens

UniProt O15392

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–142 链 B； UniProt 1–142 突变：L54M ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；PEG 8000, LITHIUMSULPHATE, HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K 分辨率 2.58 Å R-free 0.287

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1F3H Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1E31 SURVIVIN DIMER H. SAPIENS 提交 2000-06-04 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–142（142 aa）
链 B 1–142（142 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 CO COBALT (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；3 % PEG MME 2K, 2 MM HEXAMINE COBALT, 100 MM HEPES PH 7.1
分辨率 2.71 Å R-free 0.270
1XOX SOLUTION STRUCTURE OF HUMAN SURVIVIN 提交 2004-10-07 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–117（117 aa） 片段：residues 1-117
链 B 1–117（117 aa） 片段：residues 1-117
未记录 ZN ZINC ION × 2 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM phosphate；压力 ambient
分辨率未提供
2QFA Crystal structure of a Survivin-Borealin-INCENP core complex 提交 2007-06-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–142（142 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；293 K；50mM MES pH6, 10% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
分辨率 1.40 Å R-free 0.202
2RAW Crystal structure of the Borealin-Survivin complex 提交 2007-09-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–142（142 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；0.5 ul protein and 0.5 ul well solution (0.1 M Na HEPES, pH 7.5; 0.2 M CaCl2; 28% (w/v) PEG 400), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 2.40 Å R-free 0.298
2RAX Crystal structure of Borealin (20-78) bound to Survivin (1-120) 提交 2007-09-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–120（120 aa） 片段：residues 1-120
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；0.5 ul protein plus 0.5 uL well solution consisting of 0.1 M HEPES, pH 7.5; 10% (w/v) PEG 8000; 8 % (v/v) ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 3.30 Å R-free 0.284
2RAX Crystal structure of Borealin (20-78) bound to Survivin (1-120) 提交 2007-09-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 1–120（120 aa） 片段：residues 1-120
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；0.5 ul protein plus 0.5 uL well solution consisting of 0.1 M HEPES, pH 7.5; 10% (w/v) PEG 8000; 8 % (v/v) ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 3.30 Å R-free 0.284
2RAX Crystal structure of Borealin (20-78) bound to Survivin (1-120) 提交 2007-09-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 X 1–120（120 aa） 片段：residues 1-120
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；0.5 ul protein plus 0.5 uL well solution consisting of 0.1 M HEPES, pH 7.5; 10% (w/v) PEG 8000; 8 % (v/v) ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 3.30 Å R-free 0.284
3UEC Crystal structure of human Survivin bound to histone H3 phosphorylated on threonine-3. 提交 2011-10-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–142（142 aa）
突变：E129K ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 2 ACT ACETATE ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289 K；12% peg 8000; O.1 M MOPS 7.5; 0.1 M Magnesium acetate tetrahydrate , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
分辨率 2.18 Å R-free 0.215
3UED Crystal structure of human Survivin bound to histone H3 phosphorylated on threonine-3 (C2 space group). 提交 2011-10-30 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–142（142 aa）
链 C 1–142（142 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289 K；15% PEG 3350, 0.16 M sodium citrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
分辨率 2.70 Å R-free 0.241
3UEE Crystal structure of human Survivin K62A mutant bound to N-terminal histone H3 提交 2011-10-30 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–142（142 aa）
链 C 1–142（142 aa）
突变：K62A, E129K 突变：K62A, E129K ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；289 K；12% PEG 3350, 0.12 M succinic acid, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
分辨率 2.61 Å R-free 0.237
3UEF Crystal structure of human Survivin bound to histone H3 (C2 space group). 提交 2011-10-30 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–142（142 aa）
链 C 1–142（142 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289 K；12% PEG 3350, 0.2 M potassium/sodium tartate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
分辨率 2.45 Å R-free 0.214
3UEG Crystal structure of human Survivin K62A mutant 提交 2011-10-30 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–142（142 aa）
链 B 1–142（142 aa）
突变：E129K, K62A 突变：E129K, K62A ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289 K；0.1 M HEPES-Na, 20% PEG 3350, 0.18 M AMMONIUM SULFATE, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
分辨率 2.80 Å R-free 0.239
3UEH Crystal structure of human Survivin H80A mutant 提交 2011-10-30 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–142（142 aa）
链 B 1–142（142 aa）
突变：E129K, K62A 突变：E129K, K62A ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289 K；20% PEG 3350, 0.2 M SODIUM FORMATE, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
分辨率 2.60 Å R-free 0.224
3UEI Crystal structure of human Survivin E65A mutant 提交 2011-10-30 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–142（142 aa）
链 B 1–142（142 aa）
突变：E129K, K62A 突变：E129K, K62A ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289 K；5% Tacsimate, 0.1 M HEPES-Na, 12% PEG monomethyl eter, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
分辨率 2.70 Å R-free 0.228
3UIG crystal structure of human Survivin in complex with T3 phosphorylated H3(1-15) peptide 提交 2011-11-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–142（142 aa） 片段：unp residues 1-142
链 B 1–142（142 aa） 片段：unp residues 1-142
突变：K139E 突变：K139E ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1 M DL-malic acid, pH 7.0, 12% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.40 Å R-free 0.250
3UIH crystal structure of human Survivin in complex with Smac/DIABLO(1-15) peptide 提交 2011-11-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–142（142 aa） 片段：unp residues 1-142
链 B 1–142（142 aa） 片段：unp residues 1-142
突变：K139E 突变：K139E ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.2 M potassium thiocyanate, 10% PEG 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.40 Å R-free 0.245
3UII crystal structure of human Survivin in complex with H3(1-10) peptide 提交 2011-11-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–142（142 aa） 片段：unp residues 1-142
链 B 1–142（142 aa） 片段：unp residues 1-142
突变：K139E 突变：K139E ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1 M ammonium citrate tribasic, pH 7.0, 12% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.60 Å R-free 0.273
3UIJ Crystal structure of human Survivin K62Y/H80W mutant in complex with Smac/DIABLO(1-15) peptide 提交 2011-11-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–142（142 aa） 片段：unp residues 1-142
链 B 1–142（142 aa） 片段：unp residues 1-142
突变：K62Y, H80W, K139E 突变：K62Y, H80W, K139E ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.2 M sodium bromide, 12% PEG 3350, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.71 Å R-free 0.242
3UIK crystal structure of human Survivin mutant K62Y/H80W in complex with H3(1-10) peptide 提交 2011-11-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–142（142 aa） 片段：unp residues 1-142
链 B 1–142（142 aa） 片段：unp residues 1-142
突变：K62Y, H80W, K139E 突变：K62Y, H80W, K139E ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.2 M succinic acid, pH 7.0, 12% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.70 Å R-free 0.281
4A0I Crystal structure of Survivin bound to the N-terminal tail of hSgo1 提交 2011-09-09 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–142（142 aa）
链 B 1–142（142 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；100MM TRIS PH 8, 200MM NACL, 20% PEG 6000
分辨率 2.60 Å R-free 0.252
4A0J Crystal structure of Survivin bound to the phosphorylated N-terminal tail of histone H3 提交 2011-09-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–142（142 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；0.1 M MES PH 6.0, 18% PEG 4000.
分辨率 2.80 Å R-free 0.268
4A0J Crystal structure of Survivin bound to the phosphorylated N-terminal tail of histone H3 提交 2011-09-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–142（142 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；0.1 M MES PH 6.0, 18% PEG 4000.
分辨率 2.80 Å R-free 0.268
4A0N Crystal structure of Survivin bound to the phosphorylated N-terminal tail of histone H3 提交 2011-09-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–142（142 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；0.1 M TRIS PH 8.5, 0.2 M LISO4, 40% PEG 400.
分辨率 2.74 Å R-free 0.260
6SHO SAD structure of Human Survivin recovered by continuous rotation data collection and multivariate analysis of Friedel pairs 提交 2019-08-07 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–142（142 aa）
链 B 1–142（142 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293.15 K；0.2 M NaCitrate pH 6.5, 0.1 M BisTris Propane and 20% PEG3500
分辨率 3.20 Å R-free 0.259
6YIE Structure of a Borealin-INCENP-Survivin complex 提交 2020-04-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–142（142 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；298 K；5 % (w/v) PEG 3,350, 50 mM MES pH 6.0
分辨率 3.49 Å R-free 0.324
6YIE Structure of a Borealin-INCENP-Survivin complex 提交 2020-04-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–142（142 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；298 K；5 % (w/v) PEG 3,350, 50 mM MES pH 6.0
分辨率 3.49 Å R-free 0.324
6YIF Structure of Chromosomal Passenger Complex (CPC) bound to phosphorylated Histone 3 peptide at 1.8 A. 提交 2020-04-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–142（142 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；291 K；20 % (w/v) PEG 4,000, 200 mM Lithium sulphate, 50 mM MES pH 6.5
分辨率 1.81 Å R-free 0.223
6YIH Structure of Chromosomal Passenger Complex (CPC) bound to phosphorylated Histone 3 peptide at 2.6 A. 提交 2020-04-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–142（142 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；291 K；20 % (w/v) PEG 4,000, 100 mM HEPES pH 7.0, 150 mM ammonium sulphate
分辨率 2.55 Å R-free 0.259
7LBK Crystal structure of human Survivin bound to histone H3 T3phK4me3 peptide 提交 2021-01-08 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–142（142 aa）
链 B 1–142（142 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；The crystal was obtained by mixing 1 uL of protein at 10 mg/mL with 1 uL of mother liquor composed of 0.16 M potassium/sodium tartrate, 14% PEG 3350.
分辨率 2.70 Å R-free 0.253
7LBO Crystal structure of human Survivin bound to histone H3 T3phK4me1 peptide 提交 2021-01-08 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–142（142 aa）
链 B 1–142（142 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；1 uL of protein at 10 mg/mL was mixed with 1 uL of buffer composed of 0.16 M potassium/sodium tartrate, 12% PEG 3350
分辨率 2.50 Å R-free 0.261
7LBP Crystal structure of human Survivin bound to histone H3T3phK4ac peptide 提交 2021-01-08 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–142（142 aa）
链 C 1–142（142 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；1 uL of protein at 10mg/mL was mixed with 1 uL of buffer composed of 0.16 M potassium/sodium tartrate, 12% PEG 3350
分辨率 2.60 Å R-free 0.247
7LBQ Crystal structure of human Survivin bound to histone H3 T3phK4me2 peptide 提交 2021-01-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–142（142 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；289 K；1 uL of protein was mixed with 1uL of buffer composed of 2.25 mM spermine, 9 mM MgCl2, 0.9 mM spermidine, 1.8 mM cobalt (III)hexamine chloride, 0.05 sodium cacodylate pH 7.0, 5% PEG 400
分辨率 2.69 Å R-free 0.268
8RUP Chromosome Passenger Complex (CPC) localization module in complex with H3.T3p-nucleosome 提交 2024-01-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：13-meric
链 K 1–142（142 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10 mM TRIS-HCl, pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT, 0.3% n-octyl-beta-D-glucoside
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；3 s blotting time, -10 force, no wait time.
分辨率 2.42 Å
9SI3 Chromosomal Passenger Complex in complex with H3T3ph Nucleosome 提交 2025-08-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric
链 M 1–142（142 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.83 Å
9SI9 Chromosomal Passenger Complex in complex with H3T3ph Nucleosome (Class0) 提交 2025-08-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric
链 M 1–142（142 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.86 Å
9SJ5 Chromosomal Passenger Complex in complex with H3T3ph Nucleosome (Class1) 提交 2025-08-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric
链 M 1–142（142 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.85 Å
9SLJ Chromosomal Passenger Complex in complex with H3T3ph Nucleosome (Double Occupancy) 提交 2025-09-04 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：16-meric
链 M 1–142（142 aa）
链 P 1–142（142 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
9TPH Survivin 1-127 in complex with a molecular tweezer-Histone-H3-peptide conjugate 提交 2025-12-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 2–127（126 aa）
链 B 2–127（126 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3 A1JXR Molecular tweezer (BIRC5) × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277 K；0.1M imidazole pH 8.0, 0.05M Ca-acetate, 35% v/v 2-ethoxyethanol
分辨率 2.00 Å R-free 0.263
9TPI Survivin 1-122 in complex with a molecular tweezer-Histone-H3-peptide conjugate 提交 2025-12-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 2–122（121 aa）
链 B 2–122（121 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3 A1JXR Molecular tweezer (BIRC5) × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277 K；0.1M imidazole pH 8.0, 0.05M Ca-acetate, 35% v/v 2-ethoxyethanol
分辨率 1.80 Å R-free 0.235

共 35 个其他 PDB 条目、39 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BIRC5_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–142； UniProt 1–142 作者链 B； PDB构建体 1–142； UniProt 1–142

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1f3h

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1f3h
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1f3h
沉积日期 deposition_date2000-06-03
结构标题 titleX-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF THE HUMAN ANTI-APOPTOTIC PROTEIN SURVIVIN
关键词 keywordsAPOPTOSIS INHIBITOR SURVIVIN, THIOL PROTEASE INHIBITOR, ALPHA-BETA, APOPTOSIS; APOPTOSIS
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier28.20 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron27.96 Å
零角强度 I(0) i018376500.00
分子量 molecular_weight31886.0 kDa
排除体积 excluded_volume39505 ų
包络体积 envelope_volume54224 ų
水化壳体积 shell_volume18303 ų
包络直径 envelope_diameter114.7 Å
壳层 Rg shell_rg30.99 Å
包络 Rg envelope_rg28.68 Å
形状 Rg shape_rg27.95 Å
总 Rg total_rg28.36 Å
总原子数 total_atoms2230
残基数 n_residues271
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax108.6 Å
Rg (实空间) rg_real28.61 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.83 Å
I(0) (实空间) i0_real1.8380e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.6130e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal28.49 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal18370000.0000
解质量估计 total_estimate0.6551
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary21.3 Å
偏度 Skewness skewness0.499
峰度 Kurtosis kurtosis-0.384
角度范围 angular_range— – 0.2800 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2160000.0000
实空间数据点数 n_real_points57
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.448; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.172; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1f3ha_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.52 — Inhibitor of apoptosis (IAP) repeat
超家族 Superfamily superfamilyg.52.1 — Inhibitor of apoptosis (IAP) repeat
家族 Family familyg.52.1.1 — Inhibitor of apoptosis (IAP) repeat
结构域编号 domain_idd1f3hb_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.52 — Inhibitor of apoptosis (IAP) repeat
超家族 Superfamily superfamilyg.52.1 — Inhibitor of apoptosis (IAP) repeat
家族 Family familyg.52.1.1 — Inhibitor of apoptosis (IAP) repeat

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1f3hA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology1170 — Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A
结构域编号 domain_id1f3hB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology1170 — Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)