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1f5x

NMR STRUCTURE OF THE Y174 AUTOINHIBITED DBL HOMOLOGY DOMAIN

Method: SOLUTION NMR Dmax: 64.4 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RHO-GEF VAV

Mus musculus

UniProt P27870

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 168–375 片段：DBL HOMOLOGY DOMAIN 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）70 mM；压力 ambient NMR样品组成：1.4 mM 15N,13C,2H; 20 mM phosphate buffer; 50 mM NaCl; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1F5X Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1GCP CRYSTAL STRUCTURE OF VAV SH3 DOMAIN 提交 2000-08-08 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 595–660（66 aa） 片段：N-TERMINAL DOMAIN
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277.2 K；PEG4000, tris(hydroxymethyl)aminomethane, isopropanol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.2K
分辨率 2.10 Å R-free 0.253
1GCP CRYSTAL STRUCTURE OF VAV SH3 DOMAIN 提交 2000-08-08 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 595–660（66 aa） 片段：N-TERMINAL DOMAIN
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277.2 K；PEG4000, tris(hydroxymethyl)aminomethane, isopropanol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.2K
分辨率 2.10 Å R-free 0.253
1GCP CRYSTAL STRUCTURE OF VAV SH3 DOMAIN 提交 2000-08-08 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 595–660（66 aa） 片段：N-TERMINAL DOMAIN
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277.2 K；PEG4000, tris(hydroxymethyl)aminomethane, isopropanol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.2K
分辨率 2.10 Å R-free 0.253
1GCP CRYSTAL STRUCTURE OF VAV SH3 DOMAIN 提交 2000-08-08 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 595–660（66 aa） 片段：N-TERMINAL DOMAIN
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277.2 K；PEG4000, tris(hydroxymethyl)aminomethane, isopropanol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.2K
分辨率 2.10 Å R-free 0.253
1GCQ CRYSTAL STRUCTURE OF VAV AND GRB2 SH3 DOMAINS 提交 2000-08-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 595–660（66 aa） 片段：N-TERMINAL SH3 DOMAIN
未记录 MRD (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293.2 K；2-methyl-2,4-pentanediol, imidazole, magnesium chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.2K
分辨率 1.68 Å R-free 0.235
1K1Z Solution structure of N-terminal SH3 domain mutant(P33G) of murine Vav 提交 2001-09-26 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 583–660（78 aa） 片段：N-terminal SH3 domain
突变：P33G 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.8；298 K；压力 1
NMR样品组成 1.5mM protein U-15N,13C; 10mM phosphate buffer K; 10mM DTT-d | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2KBT Attachment of an NMR-invisible solubility enhancement tag (INSET) using a sortase-mediated protein ligation method 提交 2008-12-07 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 784–844（61 aa） 片段：SH3 2 domain of Proto-oncogene vav,UNP residues 228-282 of Immunoglobulin G-binding protein G
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）150；压力 ambient
NMR样品组成 20 mM MES-1, 2 mM DTT-2, 150 mM NaCl-3, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2VRW Critical structural role for the PH and C1 domains of the Vav1 exchange factor 提交 2008-04-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 170–575（406 aa） 片段：RESIDUES 170-575
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 9；100MM BICINE PH9.0 10% PEG 6000
分辨率 1.85 Å R-free 0.251

共 5 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 VAV_MOUSE
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–208； UniProt 168–375

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1f5x

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1f5x
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1f5x
沉积日期 deposition_date2000-06-18
结构标题 titleNMR STRUCTURE OF THE Y174 AUTOINHIBITED DBL HOMOLOGY DOMAIN
关键词 keywords11 alpha-HELICES, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier19.00 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron18.61 Å
零角强度 I(0) i03351590000.00
分子量 molecular_weight489050.0 kDa
排除体积 excluded_volume611060 ų
包络体积 envelope_volume58425 ų
水化壳体积 shell_volume23346 ų
包络直径 envelope_diameter69.7 Å
壳层 Rg shell_rg27.81 Å
包络 Rg envelope_rg21.15 Å
形状 Rg shape_rg18.57 Å
总 Rg total_rg18.86 Å
总原子数 total_atoms68800
残基数 n_residues4160
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax64.4 Å
Rg (实空间) rg_real19.01 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.47 Å
I(0) (实空间) i0_real3.3520e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.7750e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal19.01 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal3352000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8700
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary20.6 Å
偏度 Skewness skewness0.384
峰度 Kurtosis kurtosis-0.233
角度范围 angular_range— – 0.4200 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1766000.0000
实空间数据点数 n_real_points73
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.779; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.976; Smooth: 0.992
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1f5xa_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.87 — DBL homology domain (DH-domain)
超家族 Superfamily superfamilya.87.1 — DBL homology domain (DH-domain)
家族 Family familya.87.1.1 — DBL homology domain (DH-domain)

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1f5xA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology900 — Dbl Homology Domain; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Dbl homology (DH) domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)