SAXSdb — 1f6u

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HIV-1 NUCLEOCAPSID PROTEIN

Human immunodeficiency virus 1

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–RNA 单体蛋白 × 1 RNA 1 PDB 声明：dimeric（2）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 378–432	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HIV-1 STEM-LOOP SL2 FROM PSI-RNA PACKAGING × 1 ZN ZINC ION × 2	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）25mM NaCl；压力 ambient NMR测量条件：pH 6.5；278 K；离子强度（mmCIF原始值）25mM NaCl；压力 ambient NMR样品组成：0.6-1.2 mM complex of Nucleocapsid protein and SL2 RNA; natural abundance, 15N or 13C/15N isotopic labeled \| 25mM Acetate buffer NMR样品组成：0.6-1.2 mM complex of Nucleocapsid protein and SL2 RNA; natural 15N isotopic labeled NMR样品组成：0.6-1.2 mM complex of Nucleocapsid protein and SL2 RNA; natural a13C/15N isotopic labeled	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1F6U	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2R05 Crystal Structure of ALIX/AIP1 in complex with the HIV-1 YPLASL Late Domain 提交 2007-08-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 482–492（11 aa）片段：UNP residues 482-492	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.9；286 K；0.20-0.25 M MgCl2, 7-10% PEG 4000, 0.1 M NaMES, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 286K	分辨率 2.55 Å R-free 0.280

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GAG_HV1Y2
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–55； UniProt 378–432

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1f6u
沉积日期 deposition_date	2000-06-23
结构标题 title	NMR structure of the HIV-1 nucleocapsid protein bound to stem-loop sl2 of the psi-RNA packaging signal. Implications for genome recognition
关键词 keywords	HIV-1, RNA, PROTEIN-RNA COMPLEX, PACKAGING SIGNAL, STRUCTURAL PROTEIN-RNA COMPLEX; STRUCTURAL PROTEIN/RNA
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	14.83 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	15.11 Å
零角强度 I(0) i0	1924330000.00
分子量 molecular_weight	255080.0 kDa
排除体积 excluded_volume	271250 Å³
包络体积 envelope_volume	34488 Å³
水化壳体积 shell_volume	16160 Å³
包络直径 envelope_diameter	64.7 Å
壳层 Rg shell_rg	24.55 Å
包络 Rg envelope_rg	19.58 Å
形状 Rg shape_rg	15.04 Å
总 Rg total_rg	15.37 Å
总原子数 total_atoms	29940
残基数 n_residues	1460
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	59.9 Å
Rg (实空间) rg_real	14.95 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.56 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9240e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.2990e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	14.94 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1924000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7486
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	15.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.624
峰度 Kurtosis kurtosis	0.334
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	446300.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.435; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.432; Smooth: 0.992

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	HIV-1 STEM-LOOP SL2 FROM PSI-RNA PACKAGING
分子量 formula_weight	6162.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	29940

GGCGACUGGUGAGUACGCC

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	HIV-1 NUCLEOCAPSID PROTEIN
分子量 formula_weight	6384.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MQKGNFRNQRKTVKCFNCGKEGHIAKNCRAPRKKGCWKCGKEGHQMKDCTERQANX

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11676
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1f6ua_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.40 — Retrovirus zinc finger-like domains
超家族 Superfamily superfamily	g.40.1 — Retrovirus zinc finger-like domains
家族 Family family	g.40.1.1 — Retrovirus zinc finger-like domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1f6uA00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	60 — HIV-1 Nucleocapsid Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zinc finger, CCHC-type

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

fit	/app/data/saxs_computation/f6/1f6u/1f6u.fit
pddf	/app/data/pr_computation/f6/1f6u/1f6u.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/f6/1f6u/1f6u.dat

NMR structure of the HIV-1 nucleocapsid protein bound to stem-loop sl2 of the psi-RNA packaging signal. Implications for genome recognition

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HIV-1 NUCLEOCAPSID PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)