SAXSdb — 1f8v

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MATURE CAPSID PROTEIN BETA

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	同源多聚体	蛋白 360 RNA 60	RNA × 60 CALCIUM ION × 60 SULFATE ION × 60 water × 360	与全部聚合物一致
2	蛋白–RNA	同源多聚体	蛋白 6 RNA 1	RNA × 1 CALCIUM ION × 1 SULFATE ION × 1 water × 6	与全部聚合物一致
3	蛋白–RNA	同源多聚体	蛋白 30 RNA 5	RNA × 5 CALCIUM ION × 5 SULFATE ION × 5 water × 30	与全部聚合物一致
4	蛋白–RNA	同源多聚体	蛋白 36 RNA 6	RNA × 6 CALCIUM ION × 6 SULFATE ION × 6 water × 36	与全部聚合物一致
5	蛋白–RNA	同源多聚体	蛋白 6 RNA 1	RNA × 1 CALCIUM ION × 1 SULFATE ION × 1 water × 6	与全部聚合物一致
6	蛋白–RNA	同源多聚体	蛋白 360 RNA 60	RNA × 60 CALCIUM ION × 60 SULFATE ION × 60 water × 360	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	COAT_PAV
Isoform	—
PDB实体	2, 3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–355； UniProt 7–361 作者链 B； PDB构建体 1–355； UniProt 7–361 作者链 C； PDB构建体 1–355； UniProt 7–361 作者链 D； PDB构建体 1–40； UniProt 362–401 作者链 E； PDB构建体 1–40； UniProt 362–401 作者链 F； PDB构建体 1–40； UniProt 362–401

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1f8v
沉积日期 deposition_date	2000-07-05
结构标题 title	THE STRUCTURE OF PARIACOTO VIRUS REVEALS A DODECAHEDRAL CAGE OF DUPLEX RNA
关键词 keywords	;nodavirus, coat protein, nucleoprotein, protein-RNA interactions, RNA duplex, RNA cage, gamma polypeptide, beta-sandwich, Icosahedral virus, Virus-RNA COMPLEX ;; Virus/RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1f8v__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1f8v__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1f8v__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	0.00 Å
Rg（电子密度）	134.50 Å
总 Rg	134.20 Å
原子数	510000
残基数	64440
排除体积	8974900 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1f8v__assembly_1__model_1`	420-MERIC （420）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1f8v__assembly_2__model_1`	heptameric （7）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
3	1	`1f8v__assembly_3__model_1`	35-meric （35）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
4	1	`1f8v__assembly_4__model_1`	42-meric （42）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
5	1	`1f8v__assembly_5__model_1`	heptameric （7）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
6	1	`1f8v__assembly_6__model_1`	420-meric （420）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	RNA
分子量 formula_weight	7701.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	R
原子数 atom_count	8719

UUUUUUUUUUUUUAAAAUUUUUUUU

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	MATURE CAPSID PROTEIN BETA
分子量 formula_weight	38432.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C

NRRNKARKVVSRSTALVPMAPASQRTGPAPRKPRKRNQALVRNPRLTDAGLAFLKCAFAAPDFSVDPGKGIPDNFHGRTLAIKDCNTTSVVFTPNTDTYIVVAPVPGFAYFRAEVAVGAQPTTFVGVPYPTYATNFGAGSQNGLPAVNNYSKFRYASMACGLYPTSNMMQFSGSVQVWRVDLNLSEAVNPAVTAITPAPGVFANFVDKRINGLRGIRPLAPRDNYSGNFIDGAYTFAFDKSTDFEWCDFVRSLEFSESNVLGAATAMKLLAPGGGTDTTLTGLGNVNTLVYKISTPTGAVNTAILRTWNCIELQPYTDSALFQFSGVSPPFDPLALECYHNLKMRFPVAVSSREN

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	MATURE CAPSID PROTEIN GAMMA
分子量 formula_weight	4248.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E,F

SKFWEGVLRVLNQISGTLSVIPGPVGTISAGVHQLTGMYM

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	219

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1f8v.1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family family	b.121.4.4 — Nodaviridae-like VP

结构域编号 domain_id	d1f8v.2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family family	b.121.4.4 — Nodaviridae-like VP

结构域编号 domain_id	d1f8v.3
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family family	b.121.4.4 — Nodaviridae-like VP

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	1f8vA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	1f8vB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	1f8vC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

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晶胞边长 a length_a	329.332 Å
晶胞边长 b length_b	346.944 Å
晶胞边长 c length_c	424.893 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.83 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	360

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2180
R_work r_work	0.2190
R_free r_free	0.2210

THE STRUCTURE OF PARIACOTO VIRUS REVEALS A DODECAHEDRAL CAGE OF DUPLEX RNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MATURE CAPSID PROTEIN BETA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1f8v__assembly_1__model_1

1f8v__assembly_1__model_1 | I(q)

1f8v__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

THE STRUCTURE OF PARIACOTO VIRUS REVEALS A DODECAHEDRAL CAGE OF DUPLEX RNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MATURE CAPSID PROTEIN BETA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1f8v__assembly_1__model_1

1f8v__assembly_1__model_1 | I(q)

1f8v__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)