SAXSdb — 1fa2

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BETA-AMYLASE

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合同源多聚体蛋白 × 4 其他聚合物 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–498	未记录	alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-deoxy-beta-D-arabino-hexopyranose × 4 DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；20% Polyethyleneglycol 1500, 50 mM CaCl2, 150 mM sodium 4-touene sulfonate, pH 6.5, vapor diffusion, temperature 298.0K	分辨率 2.30 Å R-free 0.281

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1FA2	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5WQS Crystal structure of Apo Beta-Amylase from Sweet potato 提交 2016-11-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–499（498 aa）片段：UNP residues 2-499	未记录	IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7.5；293 K；0.1M Sodium acetate (pH 5.5), 0.05M Tris (pH 7.5), 0.01M NaCl, 2% Isoproponal, 18% PEG 4000	分辨率 1.90 Å R-free 0.202
5WQU Crystal structure of Sweet Potato Beta-Amylase complexed with Maltotetraose 提交 2016-11-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–499（498 aa）片段：UNP residues 2-499	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7.5；293 K；0.1M Na Acetate (pH 5.5), 0.05M Tris (pH 7.5), 0.01M NaCl, 2% Isopropanol and 18% PEG 4000	分辨率 2.49 Å R-free 0.245

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AMYB_IPOBA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–498； UniProt 1–498

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1fa2
沉积日期 deposition_date	2000-07-12
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF BETA-AMYLASE FROM SWEET POTATO
关键词 keywords	TIM barrel, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.41 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.32 Å
零角强度 I(0) i0	51922400.00
分子量 molecular_weight	55859.0 kDa
排除体积 excluded_volume	69681 Å³
包络体积 envelope_volume	81271 Å³
水化壳体积 shell_volume	29285 Å³
包络直径 envelope_diameter	79.4 Å
壳层 Rg shell_rg	30.27 Å
包络 Rg envelope_rg	22.57 Å
形状 Rg shape_rg	22.31 Å
总 Rg total_rg	23.21 Å
总原子数 total_atoms	3934
残基数 n_residues	498
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	74.8 Å
Rg (实空间) rg_real	23.26 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.34 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.1920e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.6620e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.30 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	51920000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8908
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	28.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.180
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.390
角度范围 angular_range	— – 0.3400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	14620000.0000
实空间数据点数 n_real_points	66
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.863; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 0.998

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	BETA-AMYLASE
分子量 formula_weight	56035.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.2
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4072

APIPGVMPIGNYVSLYVMLPLGVVNADNVFPDKEKVEDELKQVKAGGCDGVMVDVWWGIIEAKGPKQYDWSAYRELFQLVKKCGLKIQAIMSFHQCGGNVGDAVFIPIPQWILQIGDKNPDIFYTNRAGNRNQEYLSLGVDNQRLFQGRTALEMYRDFMESFRDNMADFLKAGDIVDIEVGCGAAGELRYPSYPETQGWVFPGIGEFQCYDKYMVADWKEAVKQAGNADWEMPGKGAGTYNDTPDKTEFFRPNGTYKTDMGKFFLTWYSNKLIIHGDQVLEEANKVFVGLRVNIAAKVSGIHWWYNHVSHAAELTAGFYNVAGRDGYRPIARMLARHHATLNFTCLEMRDSEQPAEAKSAPQELVQQVLSSGWKEYIDVAGENALPRYDATAYNQMLLKLRPNGVNLNGPPKLKMSGLTYLRLSDDLLQTDNFELFKKFVKKMHADLDPSPNAISPAVLERSNSAITIDELMEATKGSRPFPWYDVTDMPVDGSNPFD

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-deoxy-beta-D-arabino-hexopyranose
分子量 formula_weight	326.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE
分子量 formula_weight	154.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	138

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1fa2a_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.8 — (Trans)glycosidases
家族 Family family	c.1.8.1 — Amylase, catalytic domain

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1fa2A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Glycosidases

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	129.630 Å
晶胞边长 b length_b	129.630 Å
晶胞边长 c length_c	68.420 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 42 21 2
空间群编号 int_tables_number	94
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	91.660 Å
R 因子 r_factor	0.2130
R_work r_work	0.2130
R_free r_free	0.2810

fit	/app/data/saxs_computation/fa/1fa2/1fa2.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fa/1fa2/1fa2.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fa/1fa2/1fa2.dat

CRYSTAL STRUCTURE OF BETA-AMYLASE FROM SWEET POTATO

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BETA-AMYLASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction