SAXSdb — 1fnx

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HU ANTIGEN C

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–RNA 单体蛋白 × 1 RNA 1 PDB 声明：dimeric（2）与全部聚合物数一致	链 H； UniProt 35–208	片段：THE FIRST AND THE SECOND RNA-BINDING DOMAINS	AU-RICH RNA ELEMENT × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20mM；压力 ambient NMR样品组成：20mM phosphate K buffer; 0.8mM RBD1-RBD2 U-15N,13C; 0.8mM ARE; 1mM DTT; 100 units/ml ribonuclease inhibitor \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：20mM phosphate K buffer; 0.8mM RBD1-RBD2; 0.8mM ARE U-15N,13C; 1mM DTT; 100 units/ml ribonuclease inhibitor \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：20mM phosphate K buffer; 0.8mM RBD1-RBD2; 0.8mM ARE U-15N,13C; 1mM DTT; 100 units/ml ribonuclease inhibitor \| 100% D2O NMR样品组成：20mM phosphate K buffer; 0.8mM RBD1-RBD2; 0.8mM ARE U-15N,13C-Adenosine; 1mM DTT; 100 units/ml ribonuclease inhibitor \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：20mM phosphate K buffer; 0.8mM RBD1-RBD2; 0.8mM ARE U-15N,13C-Adenosine; 1mM DTT; 100 units/ml ribonuclease inhibitor \| 100% D2O	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1FNX	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1D8Z SOLUTION STRUCTURE OF THE FIRST RNA-BINDING DOMAIN (RBD1) OF HU ANTIGEN C (HUC) 提交 1999-10-26	构建体不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–123（88 aa）片段：FIRST RNA-BINDING DOMAIN (RBD1)	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 3.6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20 mM；压力 AMBIENT NMR样品组成 2MM PROTEIN; 20 MM POTASSIUM OXALATE BUFFER; 90% H2O; 10% D2O NMR样品组成 2MM PROTEIN U-15N; 20 MM POTASSIUM OXALATE BUFFER; 90% H2O; 10% D2O	分辨率未提供
1D9A SOLUTION STRUCTURE OF THE SECOND RNA-BINDING DOMAIN (RBD2) OF HU ANTIGEN C (HUC) 提交 1999-10-26	构建体不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 124–208（85 aa）片段：SECOND RNA-BINDING DOMAIN (RBD2)	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 3.6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20 mM；压力 AMBIENT NMR样品组成 2MM PROTEIN; 20 MM POTASSIUM OXALATE BUFFER; 90% H2O; 10% D2O NMR样品组成 2MM PROTEIN U-15N; 20 MM POTASSIUM OXALATE BUFFER; 90% H2O; 10% D2O	分辨率未提供

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ELAV3_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–174； UniProt 35–208

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1fnx
沉积日期 deposition_date	2000-08-24
结构标题 title	SOLUTION STRUCTURE OF THE HUC RBD1-RBD2 COMPLEXED WITH THE AU-RICH ELEMENT
关键词 keywords	RNA-binding domain, protein-RNA complex, immune system-RNA COMPLEX; immune system/RNA
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.12 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.27 Å
零角强度 I(0) i0	3687580000.00
分子量 molecular_weight	468250.0 kDa
排除体积 excluded_volume	566800 Å³
包络体积 envelope_volume	151340 Å³
水化壳体积 shell_volume	35191 Å³
包络直径 envelope_diameter	143.2 Å
壳层 Rg shell_rg	36.12 Å
包络 Rg envelope_rg	54.98 Å
形状 Rg shape_rg	26.26 Å
总 Rg total_rg	26.42 Å
总原子数 total_atoms	63462
残基数 n_residues	3864
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	53.1 Å
Rg (实空间) rg_real	17.75 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.09 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.3740e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.3310e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.25 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3685000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6840
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	20.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.334
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.315
角度范围 angular_range	— – 0.3600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	2.9150
最高正则化参数 α highest_alpha	11480000.0000
实空间数据点数 n_real_points	68
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.036; Oscil: 0.951; Stabil: 0.990; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.073

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	AU-RICH RNA ELEMENT
分子量 formula_weight	3062.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	R
原子数 atom_count	63462

UAUUUAUUUU

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	HU ANTIGEN C
分子量 formula_weight	19180.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MDSKTNLIVNYLPQNMTQDEFKSLFGSIGDIESCKLVRDKITGQSLGYGFVNYSDPNDADKAINTLNGLKLQTKTIKVSYARPSSASIRDANLYVSGLPKTMSQKEMEQLFSQYGRIITSRILLDQATGVSRGVGFIRFDKRIEAEEAIKGLNGQKPLGAAEPITVKFANNPSQ

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1fnxh1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.7 — RNA-binding domain, RBD, aka RNA recognition motif (RRM)
家族 Family family	d.58.7.1 — Canonical RBD

结构域编号 domain_id	d1fnxh2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.7 — RNA-binding domain, RBD, aka RNA recognition motif (RRM)
家族 Family family	d.58.7.1 — Canonical RBD

结构域编号 domain_id	d1fnxh3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1fnxH01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	330 — RRM (RNA recognition motif) domain

结构域编号 domain_id	1fnxH02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	330 — RRM (RNA recognition motif) domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

fit	/app/data/saxs_computation/fn/1fnx/1fnx.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fn/1fnx/1fnx.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fn/1fnx/1fnx.dat

SOLUTION STRUCTURE OF THE HUC RBD1-RBD2 COMPLEXED WITH THE AU-RICH ELEMENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HU ANTIGEN C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)