1frp

CRYSTAL STRUCTURE OF FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATASE COMPLEXED WITH FRUCTOSE-2,6-BISPHOSPHATE, AMP AND ZN2+ AT 2.0 ANGSTROMS RESOLUTION. ASPECTS OF SYNERGISM BETWEEN INHIBITORS

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 88.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

FRUCTOSE 1,6-BISPHOSPHATASE

Sus scrofa

UniProt P00636

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–335 链 B; UniProt 1–335 未记录 FDP 2,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose × 4 ZN ZINC ION × 4 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7.4;pH 7.4, ROOM TEMPERATURE, COCRYSTALLIZATION. 分辨率 2.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 66 个其他 PDB 条目、79 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 F16P_PIG
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–335; UniProt 1–335 作者链 B; PDB构建体 1–335; UniProt 1–335

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1frp

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1frp
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1frp
沉积日期 deposition_date1994-08-26
结构标题 titleCRYSTAL STRUCTURE OF FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATASE COMPLEXED WITH FRUCTOSE-2,6-BISPHOSPHATE, AMP AND ZN2+ AT 2.0 ANGSTROMS RESOLUTION. ASPECTS OF SYNERGISM BETWEEN INHIBITORS
关键词 keywordsHYDROLASE(PHOSPHORIC MONOESTER); HYDROLASE(PHOSPHORIC MONOESTER)
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier26.65
回转半径 Rg (电子) rg_electron25.57
零角强度 I(0) i081325400.00
分子量 molecular_weight71303.0 kDa
排除体积 excluded_volume89616 ų
包络体积 envelope_volume104000 ų
水化壳体积 shell_volume33194 ų
包络直径 envelope_diameter91.9
壳层 Rg shell_rg33.55
包络 Rg envelope_rg25.84
形状 Rg shape_rg25.58
总 Rg total_rg26.34
总原子数 total_atoms6072
残基数 n_residues642
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax88.0
Rg (实空间) rg_real26.59
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.62
I(0) (实空间) i0_real8.1330e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.2360e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal26.61
I(0) (倒空间) i0_reciprocal81330000.0000
解质量估计 total_estimate0.8870
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary29.4
偏度 Skewness skewness0.290
峰度 Kurtosis kurtosis-0.412
角度范围 angular_range— – 0.3000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha23040000.0000
实空间数据点数 n_real_points61
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.856; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.962

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1frpa_
类 Class classe — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold folde.7 — Carbohydrate phosphatase
超家族 Superfamily superfamilye.7.1 — Carbohydrate phosphatase
家族 Family familye.7.1.1 — Inositol monophosphatase/fructose-1,6-bisphosphatase-like
结构域编号 domain_idd1frpb_
类 Class classe — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold folde.7 — Carbohydrate phosphatase
超家族 Superfamily superfamilye.7.1 — Carbohydrate phosphatase
家族 Family familye.7.1.1 — Inositol monophosphatase/fructose-1,6-bisphosphatase-like

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id1frpA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology540 — Fructose-1,6-Bisphosphatase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Fructose-1,6-Bisphosphatase, subunit A, domain 1
结构域编号 domain_id1frpA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily80
结构域编号 domain_id1frpB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology540 — Fructose-1,6-Bisphosphatase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Fructose-1,6-Bisphosphatase, subunit A, domain 1
结构域编号 domain_id1frpB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily80

8. 引用文献 (4)

9. 文件与曲线 (10)