CRYSTAL STRUCTURE OF A 14BP RNA OLIGONUCLEOTIDE CONTAINING DOUBLE UU BULGES: A NOVEL INTRAMOLECULAR U*(AU) BASE TRIPLE

条目编号 entry_id	1fuf
沉积日期 deposition_date	2000-09-15
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF A 14BP RNA OLIGONUCLEOTIDE CONTAINING DOUBLE UU BULGES: A NOVEL INTRAMOLECULAR U*(AU) BASE TRIPLE
关键词 keywords	bulge, base triple, RNA, crystal; RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	12.81 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	12.08 Å
零角强度 I(0) i0	4531720.00
分子量 molecular_weight	9224.0 kDa
排除体积 excluded_volume	8717 ų
包络体积 envelope_volume	10947 ų
水化壳体积 shell_volume	8285 ų
包络直径 envelope_diameter	43.4 Å
壳层 Rg shell_rg	17.00 Å
包络 Rg envelope_rg	12.26 Å
形状 Rg shape_rg	11.97 Å
总 Rg total_rg	12.95 Å
总原子数 total_atoms	601
残基数 n_residues	26
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

最大尺寸 Dmax dmax	43.9 Å
Rg (实空间) rg_real	12.78 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.31 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.5320e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.0190e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	12.78 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	4532000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8615
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	15.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.322
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.133
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	294000.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.752; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.984; Smooth: 0.954

晶胞参数 Unit Cell

晶胞边长 a length_a	60.060 Å
晶胞边长 b length_b	29.100 Å
晶胞边长 c length_c	52.570 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	120.69 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

对称性 Symmetry

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

精修参数 Refinement

分辨率 resolution	1.700 Å
最低分辨率 resolution_low	10.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1990
R_free r_free	0.2270

衍射实验 Diffraction

实验温度 temperature

100.0 K

Files (7)

• pr_distribution /app/data/pr_computation/fu/1fuf/pr_distribution.json
• pr_output /app/data/pr_computation/fu/1fuf/1fuf.pr.out
• pr_plot /app/data/visualization/pr_computation/fu/1fuf/1fuf_pr_distribution.png
• saxs_curve_dat /app/data/saxs_computation/fu/1fuf/1fuf.dat
• saxs_fit /app/data/saxs_computation/fu/1fuf/1fuf.fit
• saxs_log /app/data/saxs_computation/fu/1fuf/1fuf.log
• saxs_plot /app/data/visualization/saxs_computation/fu/1fuf/1fuf_saxs_profile.png

Curves (3)

fit	/app/data/saxs_computation/fu/1fuf/1fuf.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fu/1fuf/1fuf.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fu/1fuf/1fuf.dat