1fwx

CRYSTAL STRUCTURE OF NITROUS OXIDE REDUCTASE FROM P. DENITRIFICANS

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NITROUS OXIDE REDUCTASE

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	CHLORIDE ION × 2 CALCIUM ION × 6 DINUCLEAR COPPER ION × 2 (MU-4-SULFIDO)-TETRA-NUCLEAR COPPER ION × 2 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	CHLORIDE ION × 2 CALCIUM ION × 5 DINUCLEAR COPPER ION × 2 (MU-4-SULFIDO)-TETRA-NUCLEAR COPPER ION × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NOSZ_PARDE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–595； UniProt 58–652 作者链 B； PDB构建体 1–595； UniProt 58–652 作者链 C； PDB构建体 1–595； UniProt 58–652 作者链 D； PDB构建体 1–595； UniProt 58–652

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1fwx
沉积日期 deposition_date	2000-09-25
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF NITROUS OXIDE REDUCTASE FROM P. DENITRIFICANS
关键词 keywords	Beta-propeller domain, cupredoxin domain, CuZ site, CuA site, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1fwx__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1fwx__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1fwx__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	30.82 Å
Rg（电子密度）	30.31 Å
总 Rg	30.79 Å
原子数	9260
残基数	1178
排除体积	163500 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1fwx__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1fwx__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	NITROUS OXIDE REDUCTASE
分子量 formula_weight	66397.5 kDa
EC 编号 ec_number	1.7.99.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	21176

ASADGSVAPGQLDDYYGFWSSGQSGEMRILGIPSMRELMRVPVFNRCSATGWGQTNESVRIHERTMSERTKKFLAANGKRIHDNGDLHHVHMSFTEGKYDGRFLFMNDKANTRVARVRCDVMKCDAILEIPNAKGIHGLRPQKWPRSNYVFCNGEDETPLVNDGTNMEDVANYVNVFTAVDADKWEVAWQVLVSGNLDNCDADYEGKWAFSTSYNSEKGMTLPEMTAAEMDHIVVFNIAEIEKAIAAGDYQELNGVKVVDGRKEASSLFTRYIPIANNPHGCNMAPDKKHLCVAGKLSPTVTVLDVTRFDAVFYENADPRSAVVAEPELGLGPLHTAFDGRGNAYTSLFLDSQVVKWNIEDAIRAYAGEKVDPIKDKLDVHYQPGHLKTVMGETLDATNDWLVCLSKFSKDRFLNVGPLKPENDQLIDISGDKMVLVHDGPTFAEPHDAIAVHPSILSDIKSVWDRNDPMWAETRAQAEADGVDIDNWTEEVIRDGNKVRVYMSSVAPSFSIESFTVKEGDEVTVIVTNLDEIDDLTHGFTMGNYGVAMEIGPQMTSSVTFVAANPGVYWYYCQWFCHALHMEMRGRMLVEPKEA

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	11

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	DINUCLEAR COPPER ION
分子量 formula_weight	127.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	(MU-4-SULFIDO)-TETRA-NUCLEAR COPPER ION
分子量 formula_weight	286.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2642

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d1fwxa1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.6.1 — Cupredoxins
家族 Family family	b.6.1.4 — Nitrosocyanin

结构域编号 domain_id	d1fwxa2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.69 — 7-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.69.3 — Nitrous oxide reductase, N-terminal domain
家族 Family family	b.69.3.1 — Nitrous oxide reductase, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1fwxb1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.6.1 — Cupredoxins
家族 Family family	b.6.1.4 — Nitrosocyanin

结构域编号 domain_id	d1fwxb2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.69 — 7-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.69.3 — Nitrous oxide reductase, N-terminal domain
家族 Family family	b.69.3.1 — Nitrous oxide reductase, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1fwxc1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.6.1 — Cupredoxins
家族 Family family	b.6.1.4 — Nitrosocyanin

结构域编号 domain_id	d1fwxc2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.69 — 7-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.69.3 — Nitrous oxide reductase, N-terminal domain
家族 Family family	b.69.3.1 — Nitrous oxide reductase, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1fwxd1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.6.1 — Cupredoxins
家族 Family family	b.6.1.4 — Nitrosocyanin

结构域编号 domain_id	d1fwxd2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.69 — 7-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.69.3 — Nitrous oxide reductase, N-terminal domain
家族 Family family	b.69.3.1 — Nitrous oxide reductase, N-terminal domain

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	1fwxA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

结构域编号 domain_id	1fwxA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Cupredoxins - blue copper proteins

结构域编号 domain_id	1fwxB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

结构域编号 domain_id	1fwxB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Cupredoxins - blue copper proteins

结构域编号 domain_id	1fwxC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

结构域编号 domain_id	1fwxC02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Cupredoxins - blue copper proteins

结构域编号 domain_id	1fwxD01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

结构域编号 domain_id	1fwxD02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Cupredoxins - blue copper proteins

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晶胞边长 a length_a	102.595 Å
晶胞边长 b length_b	105.090 Å
晶胞边长 c length_c	116.696 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	110.69 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.600 Å
最低分辨率 resolution_low	29.830 Å
R 因子 r_factor	0.2630
R_work r_work	0.2410
R_free r_free	0.2640

CRYSTAL STRUCTURE OF NITROUS OXIDE REDUCTASE FROM P. DENITRIFICANS

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NITROUS OXIDE REDUCTASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1fwx__assembly_2__model_1

1fwx__assembly_2__model_1 | I(q)

1fwx__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (2)

CRYSTAL STRUCTURE OF NITROUS OXIDE REDUCTASE FROM P. DENITRIFICANS

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NITROUS OXIDE REDUCTASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1fwx__assembly_2__model_1

1fwx__assembly_2__model_1 | I(q)

1fwx__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (2)