SAXSdb — 1fxk

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PREFOLDIN

Methanothermobacter thermautotrophicus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	PROTEIN (PREFOLDIN) × 2 （O27646） water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PFDB_METTH
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–107； UniProt 5–111 作者链 B； PDB构建体 1–109； UniProt 5–114

PROTEIN (PREFOLDIN)

Methanothermobacter thermautotrophicus

UniProt O27646

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	PREFOLDIN × 2 （O26774） PREFOLDIN × 2 （O26774） water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PFDA_METTH
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 5–129； UniProt 9–133

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1fxk
沉积日期 deposition_date	2000-09-26
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF ARCHAEAL PREFOLDIN (GIMC).
关键词 keywords	ARCHAEAL PROTEIN, CHAPERONE; CHAPERONE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1fxk__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1fxk__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1fxk__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	34.93 Å
Rg（电子密度）	33.88 Å
总 Rg	34.58 Å
原子数	5508
残基数	682
排除体积	98331 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1fxk__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PREFOLDIN
分子量 formula_weight	12725.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3087

QNVQHQLAQFQQLQQQAQAISVQKQTVEMQINETQKALEELSRAADDAEVYKSSGNILIRVAKDELTEELQEKLETLQLREKTIERQEERVMKKLQEMQVNIQEAMK

来源 Source

来源生物 organism	Methanothermobacter thermautotrophicus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	145262
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	PREFOLDIN
分子量 formula_weight	12782.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

NVQHQLAQFQQLQQQAQAISVQKQTVEMQINETQKALEELSRAADDAEVYKSSGNILIRVAKDELTEELQEKLETLQLREKTIERQEERVMKKLQEMQVNIQEAMKGAG

来源 Source

来源生物 organism	Methanothermobacter thermautotrophicus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	145262
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	PROTEIN (PREFOLDIN)
分子量 formula_weight	14377.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

AALAEIVAQLNIYQSQVELIQQQMEAVRATISELEILEKTLSDIQGKDGSETLVPVGAGSFIKAELKDTSEVIMSVGAGVAIKKNFEDAMESIKSQKNELESTLQKMGENLRAITDIMMKLSPQAEELLAAVA

来源 Source

来源生物 organism	Methanothermobacter thermautotrophicus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	145262
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	333

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1fxka_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.2 — Long alpha-hairpin
超家族 Superfamily superfamily	a.2.5 — Prefoldin
家族 Family family	a.2.5.1 — Prefoldin

结构域编号 domain_id	d1fxkb_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.2 — Long alpha-hairpin
超家族 Superfamily superfamily	a.2.5 — Prefoldin
家族 Family family	a.2.5.1 — Prefoldin

结构域编号 domain_id	d1fxkc_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.2 — Long alpha-hairpin
超家族 Superfamily superfamily	a.2.5 — Prefoldin
家族 Family family	a.2.5.1 — Prefoldin

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	1fxkA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	370 —

结构域编号 domain_id	1fxkB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	370 —

结构域编号 domain_id	1fxkC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	370 —

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晶胞边长 a length_a	72.850 Å
晶胞边长 b length_b	90.690 Å
晶胞边长 c length_c	78.860 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	19.840 Å
R 因子 r_factor	0.2180
R_work r_work	0.2180
R_free r_free	0.2660

CRYSTAL STRUCTURE OF ARCHAEAL PREFOLDIN (GIMC).

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PREFOLDIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

PROTEIN (PREFOLDIN)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1fxk__assembly_1__model_1

1fxk__assembly_1__model_1 | I(q)

1fxk__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

CRYSTAL STRUCTURE OF ARCHAEAL PREFOLDIN (GIMC).

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PREFOLDIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

PROTEIN (PREFOLDIN)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1fxk__assembly_1__model_1

1fxk__assembly_1__model_1 | I(q)

1fxk__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)