SAXSdb — 1g1c

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

IMMUNOGLOBULIN-LIKE DOMAIN I1 FROM TITIN

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2027–2125	片段：MOST N-TERMINAL IG DOMAIN, RESIDUES 2027-2125	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；294 K；3.25 M NaCl, 0.1 M Tris-HCL pH 8.0, 1mM EDTA, 1mM DTT, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 294K	分辨率 2.10 Å R-free 0.248
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 2027–2125	片段：MOST N-TERMINAL IG DOMAIN, RESIDUES 2027-2125	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；294 K；3.25 M NaCl, 0.1 M Tris-HCL pH 8.0, 1mM EDTA, 1mM DTT, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 294K	分辨率 2.10 Å R-free 0.248

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1G1C	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BPV TITIN MODULE A71 FROM HUMAN CARDIAC MUSCLE, NMR, 50 STRUCTURES 提交 1998-08-11	构建体不同突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 14859–14961（103 aa）片段：71 TH DOMAIN FROM THE A-BAND	突变：I9V	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.6；310 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM NACL NMR样品组成 10 MM ACETATE BUFFER	分辨率未提供
1NCT TITIN MODULE M5, N-TERMINALLY EXTENDED, NMR 提交 1996-08-13	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26059–26155（97 aa）片段：N-TERMINALLY EXTENDED MODULE M5	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 4.8；300 K	分辨率未提供
1NCU Titin Module M5, N-terminally Extended, NMR 提交 1996-08-13	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26059–26155（97 aa）片段：N-TERMINALLY EXTENDED MODULE M5	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 4.8；300 K	分辨率未提供
1TIT TITIN, IG REPEAT 27, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE 提交 1996-02-02	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 5253–5341（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
1TIU TITIN, IG REPEAT 27, NMR, 24 STRUCTURES 提交 1996-02-02	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 5253–5341（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
1TKI AUTOINHIBITED SERINE KINASE DOMAIN OF THE GIANT MUSCLE PROTEIN TITIN 提交 1998-05-29	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 24748–25068（321 aa）片段：KINASE	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å R-free 0.248
1TKI AUTOINHIBITED SERINE KINASE DOMAIN OF THE GIANT MUSCLE PROTEIN TITIN 提交 1998-05-29	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 24748–25068（321 aa）片段：KINASE	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å R-free 0.248

共 6 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q10466_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–99； UniProt 2027–2125 作者链 B； PDB构建体 1–99； UniProt 2027–2125

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1g1c
沉积日期 deposition_date	2000-10-11
结构标题 title	I1 DOMAIN FROM TITIN
关键词 keywords	immunoglobulin domain, Beta-sandwhich, I-set, structural protein; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.59 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.20 Å
零角强度 I(0) i0	8721760.00
分子量 molecular_weight	22217.0 kDa
排除体积 excluded_volume	27655 Å³
包络体积 envelope_volume	36126 Å³
水化壳体积 shell_volume	12716 Å³
包络直径 envelope_diameter	91.7 Å
壳层 Rg shell_rg	30.58 Å
包络 Rg envelope_rg	24.74 Å
形状 Rg shape_rg	25.17 Å
总 Rg total_rg	25.96 Å
总原子数 total_atoms	1564
残基数 n_residues	196
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	90.2 Å
Rg (实空间) rg_real	25.89 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.11 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.7220e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4300e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.80 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	8721000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7261
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	17.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.426
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.680
角度范围 angular_range	— – 0.3100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1278000.0000
实空间数据点数 n_real_points	63
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.408; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.220; Smooth: 0.994

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1g1ca_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.4 — I set domains

结构域编号 domain_id	d1g1cb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.4 — I set domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1g1cA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1g1cB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	38.300 Å
晶胞边长 b length_b	78.600 Å
晶胞边长 c length_c	79.600 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2020
R_free r_free	0.2480

描述 description	IMMUNOGLOBULIN-LIKE DOMAIN I1 FROM TITIN
分子量 formula_weight	11239.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	1762

I1 DOMAIN FROM TITIN

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

IMMUNOGLOBULIN-LIKE DOMAIN I1 FROM TITIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	198

fit	/app/data/saxs_computation/g1/1g1c/1g1c.fit
pddf	/app/data/pr_computation/g1/1g1c/1g1c.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/g1/1g1c/1g1c.dat