1g1r

Crystal structure of P-selectin lectin/EGF domains complexed with SLeX

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 108.8 Å Quality: GOOD

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

P-SELECTIN

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合同源多聚体蛋白 × 4 其他聚合物 3 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 42–199 链 B； UniProt 42–199 链 C； UniProt 42–199 链 D； UniProt 42–199	片段：LECTIN/EGF DOMAINS	;N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)]methyl 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranoside ; × 3 CA CALCIUM ION × 4 MRD (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；Tris-HCl, NaCl, CaCl2, 2-methyl-2,4-pentanediol, PEG 6000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 291K	分辨率 3.40 Å R-free 0.322

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1G1R	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1FSB STRUCTURE OF THE EGF DOMAIN OF P-SELECTIN, NMR, 19 STRUCTURES 提交 1996-03-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 160–199（40 aa）片段：EGF DOMAIN, RESIDUES 119 - 158	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；298 K	分辨率未提供
1G1Q Crystal structure of P-selectin lectin/EGF domains 提交 2000-10-13	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 42–199（158 aa）片段：LECTIN/EGF DOMAINS 链 B 42–199（158 aa）片段：LECTIN/EGF DOMAINS 链 C 42–199（158 aa）片段：LECTIN/EGF DOMAINS 链 D 42–199（158 aa）片段：LECTIN/EGF DOMAINS	未记录	CA CALCIUM ION × 4 MRD (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；Tris-HCl, NaCl, CaCl2, 2-methyl-2,4-pentanediol, PEG 6000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 291K	分辨率 2.40 Å R-free 0.252
1G1S P-SELECTIN LECTIN/EGF DOMAINS COMPLEXED WITH PSGL-1 PEPTIDE 提交 2000-10-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 42–199（158 aa）片段：LECTIN/EGF DOMAINS 链 B 42–199（158 aa）片段：LECTIN/EGF DOMAINS	未记录	SR STRONTIUM ION × 2 MRD (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL × 7 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；100 mM HEPES, 10 mM TRIS, 150 mN NaCl, 4 mM CaCl2, 50 mM SrCl2, 5% PEG 6000, 33% MPD, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 291K	分辨率 1.90 Å R-free 0.235
1HES MU2 ADAPTIN SUBUNIT (AP50) OF AP2 ADAPTOR (SECOND DOMAIN), COMPLEXED WITH P-selectin INTERNALIZATION PEPTIDE SHLGTYGVFTNAA 提交 2000-11-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 P 813–830（18 aa）片段：INTERNALIZATION SIGNAL	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.1；289 K；HANGING DROP, 2.2M NACL, 0.4M NA/K PHOSPHATE, 10MM DTT 0.1M MES PH 7.1, 15% GLYCEROL, 16 DEGREES, MOLAR RATIO OF PEPTIDE TO PROTEIN 3:1	分辨率 3.00 Å R-free 0.266

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LEM3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–158； UniProt 42–199 作者链 B； PDB构建体 1–158； UniProt 42–199 作者链 C； PDB构建体 1–158； UniProt 42–199 作者链 D； PDB构建体 1–158； UniProt 42–199

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1g1r
沉积日期 deposition_date	2000-10-13
结构标题 title	Crystal structure of P-selectin lectin/EGF domains complexed with SLeX
关键词 keywords	Lectin, EGF, Adhesion molecule, SLeX, IMMUNE SYSTEM, MEMBRANE PROTEIN; IMMUNE SYSTEM, MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	33.71 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.24 Å
零角强度 I(0) i0	102426000.00
分子量 molecular_weight	77714.0 kDa
排除体积 excluded_volume	95843 Å³
包络体积 envelope_volume	133290 Å³
水化壳体积 shell_volume	34485 Å³
包络直径 envelope_diameter	116.3 Å
壳层 Rg shell_rg	38.84 Å
包络 Rg envelope_rg	32.39 Å
形状 Rg shape_rg	33.23 Å
总 Rg total_rg	33.73 Å
总原子数 total_atoms	5451
残基数 n_residues	639
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	108.8 Å
Rg (实空间) rg_real	33.61 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.07 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0240e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5330e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	33.68 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	102400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8213
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	46.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.083
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.550
角度范围 angular_range	— – 0.2350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5293000.0000
实空间数据点数 n_real_points	48
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.894; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.000

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	P-SELECTIN
分子量 formula_weight	19131.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	5451

WTYHYSTKAYSWNISRKYCQNRYTDLVAIQNKNEIDYLNKVLPYYSSYYWIGIRKNNKTWTWVGTKKALTNEAENWADNEPNNKRNNEDCVEIYIKSPSAPGKWNDEHCLKKKHALCYTASCQDMSCSKQGECLETIGNYTCSCYPGFYGPECEYVRDDDDK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	;N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)]methyl 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranoside ;
分子量 formula_weight	834.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	(4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL
分子量 formula_weight	118.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_id	d1g1ra1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.169 — C-type lectin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.169.1 — C-type lectin-like
家族 Family family	d.169.1.1 — C-type lectin domain

结构域编号 domain_id	d1g1ra2
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamily	g.3.11 — EGF/Laminin
家族 Family family	g.3.11.1 — EGF-type module

结构域编号 domain_id	d1g1ra3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1g1rb1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.169 — C-type lectin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.169.1 — C-type lectin-like
家族 Family family	d.169.1.1 — C-type lectin domain

结构域编号 domain_id	d1g1rb2
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamily	g.3.11 — EGF/Laminin
家族 Family family	g.3.11.1 — EGF-type module

结构域编号 domain_id	d1g1rb3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1g1rc1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.169 — C-type lectin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.169.1 — C-type lectin-like
家族 Family family	d.169.1.1 — C-type lectin domain

结构域编号 domain_id	d1g1rc2
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamily	g.3.11 — EGF/Laminin
家族 Family family	g.3.11.1 — EGF-type module

结构域编号 domain_id	d1g1rc3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1g1rd1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.169 — C-type lectin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.169.1 — C-type lectin-like
家族 Family family	d.169.1.1 — C-type lectin domain

结构域编号 domain_id	d1g1rd2
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamily	g.3.11 — EGF/Laminin
家族 Family family	g.3.11.1 — EGF-type module

结构域编号 domain_id	d1g1rd3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	1g1rA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	100 — Mannose-Binding Protein A; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Mannose-Binding Protein A, subunit A

结构域编号 domain_id	1g1rA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	25 — Laminin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Laminin

结构域编号 domain_id	1g1rB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	100 — Mannose-Binding Protein A; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Mannose-Binding Protein A, subunit A

结构域编号 domain_id	1g1rB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	25 — Laminin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Laminin

结构域编号 domain_id	1g1rC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	100 — Mannose-Binding Protein A; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Mannose-Binding Protein A, subunit A

结构域编号 domain_id	1g1rC02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	25 — Laminin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Laminin

结构域编号 domain_id	1g1rD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	100 — Mannose-Binding Protein A; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Mannose-Binding Protein A, subunit A

结构域编号 domain_id	1g1rD02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	25 — Laminin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Laminin

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	81.140 Å
晶胞边长 b length_b	60.520 Å
晶胞边长 c length_c	91.440 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	103.28 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.400 Å
最低分辨率 resolution_low	14.000 Å
R 因子 r_factor	0.2270
R_work r_work	0.2270
R_free r_free	0.3220

fit	/app/data/saxs_computation/g1/1g1r/1g1r.fit
pddf	/app/data/pr_computation/g1/1g1r/1g1r.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/g1/1g1r/1g1r.dat