1g8j

CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF ARSENITE OXIDASE FROM ALCALIGENES FAECALIS

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ARSENITE OXIDASE

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	ARSENITE OXIDASE × 1 （Q7SIF3） 2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-7-METHYL-3,7,8A,9-TETRAHYDRO-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-4-ONE GUANOSINE DINUCLEOTIDE × 2 OXYGEN ATOM × 1 MOLYBDENUM(IV) ION × 1 FE3-S4 CLUSTER × 1 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	ARSENITE OXIDASE × 1 （Q7SIF3） 2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-7-METHYL-3,7,8A,9-TETRAHYDRO-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-4-ONE GUANOSINE DINUCLEOTIDE × 2 OXYGEN ATOM × 1 MOLYBDENUM(IV) ION × 1 FE3-S4 CLUSTER × 1 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AOXB_ALCFA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–825； UniProt 1–825 作者链 C； PDB构建体 1–825； UniProt 1–825

ARSENITE OXIDASE

物种未注明

UniProt Q7SIF3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	ARSENITE OXIDASE × 1 （Q7SIF4） 2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-7-METHYL-3,7,8A,9-TETRAHYDRO-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-4-ONE GUANOSINE DINUCLEOTIDE × 2 OXYGEN ATOM × 1 MOLYBDENUM(IV) ION × 1 FE3-S4 CLUSTER × 1 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	ARSENITE OXIDASE × 1 （Q7SIF4） 2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-7-METHYL-3,7,8A,9-TETRAHYDRO-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-4-ONE GUANOSINE DINUCLEOTIDE × 2 OXYGEN ATOM × 1 MOLYBDENUM(IV) ION × 1 FE3-S4 CLUSTER × 1 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ARSS_ALCFA
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–133； UniProt 1–133 作者链 D； PDB构建体 1–133； UniProt 1–133

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1g8j
沉积日期 deposition_date	2000-11-17
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF ARSENITE OXIDASE FROM ALCALIGENES FAECALIS
关键词 keywords	OXIDASE, ARSENITE, MOLYBDOPTERIN, [3Fe-4S] CLUSTER, [2Fe-2S] CLUSTER, RIESKE, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1g8j__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1g8j__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1g8j__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	28.54 Å
Rg（电子密度）	27.94 Å
总 Rg	28.54 Å
原子数	7468
残基数	948
排除体积	131330 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1g8j__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1g8j__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ARSENITE OXIDASE
分子量 formula_weight	92057.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	16253

GCPNDRITLPPANAQRTNMTCHFCIVGCGYHVYKWPELEEGGRAPEQNALGLDFRKQLPPLASTLTPAMTNVVTEHDGARYDIMVVPDKACVVNSGLSSTRGGKMASYMYTPTGDGKERLSAPRLYAADEWVDTTWDHAMALYAGLIKKTLDSDGPQGVFFSCFDHGGAGGGFENTWGTGKLMFSAIQTPMVRIHNRPAYNSECHATREMGIGELNNAYEDAQLADVIWSIGNNPYESQTNYFLNHWLPNLQGATTSKKKERFPNENFPQARIIFVDPRETPSVAIARHVAGNDRVLHLAIEPGTDTALFNGLFTYVVEQGWIDKPFIEAHTKGFDDAVKTNRLSLDECSNITGVPVDMLKRAAEWSYKPKASGQAPRTMHAYEKGIIWGNDNYVIQSALLDLVIATHNVGRRGTGCVRMGGHQEGYTRPPYPGDKKIYIDQELIKGKGRIMTWWGCNNFQTSNNAQALREAILQRSAIVKQAMQKARGATTEEMVDVIYEATQNGGLFVTSINLYPTKLAEAAHLMLPAAHPGEMNLTSMNGERRIRLSEKFMDPPGTAMADCLIAARIANALRDMYQKDGKAEMAAQFEGFDWKTEEDAFNDGFRRAGQPGAPAIDSQGGSTGHLVTYDRLRKSGNNGVQLPVVSWDESKGLVGTEMLYTEGKFDTDDGKAHFKPAPWNGLPATVQQQKDKYRFWLNNGRNNEVWQTAYHDQYNSLMQERYPMAYIEMNPDDCKQLDVTGGDIVEVYNDFGSTFAMVYPVAEIKRGQTFMLFGYVNGIQGDVTTDWTDRDIIPYYKGTWGDIRKVGSMSEFKRTVSFKSRRFG

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	ARSENITE OXIDASE
分子量 formula_weight	13793.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

RTTLAYPATAVSVAKNLAANEPSSFTYPDTSSPCVAVKLGAPVPGGVGPDDDIVAYSVLCTHMGCPTSYDSSSKTFSCPCHFTEFDAEKAGQMICGEATADLPRVLLRYDAASDALTAVGVDGLIYGRQANVI

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-7-METHYL-3,7,8A,9-TETRAHYDRO-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-4-ONE GUANOSINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	740.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	OXYGEN ATOM
分子量 formula_weight	16.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	MOLYBDENUM(IV) ION
分子量 formula_weight	95.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	FE3-S4 CLUSTER
分子量 formula_weight	295.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
分子量 formula_weight	175.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1304

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d1g8ja1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.52 — Double psi beta-barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.52.2 — ADC-like
家族 Family family	b.52.2.2 — Formate dehydrogenase/DMSO reductase, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1g8ja2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.81 — Formate dehydrogenase/DMSO reductase, domains 1-3
超家族 Superfamily superfamily	c.81.1 — Formate dehydrogenase/DMSO reductase, domains 1-3
家族 Family family	c.81.1.1 — Formate dehydrogenase/DMSO reductase, domains 1-3

结构域编号 domain_id	d1g8jb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.33 — ISP domain
超家族 Superfamily superfamily	b.33.1 — ISP domain
家族 Family family	b.33.1.1 — Rieske iron-sulfur protein (ISP)

结构域编号 domain_id	d1g8jc1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.52 — Double psi beta-barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.52.2 — ADC-like
家族 Family family	b.52.2.2 — Formate dehydrogenase/DMSO reductase, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1g8jc2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.81 — Formate dehydrogenase/DMSO reductase, domains 1-3
超家族 Superfamily superfamily	c.81.1 — Formate dehydrogenase/DMSO reductase, domains 1-3
家族 Family family	c.81.1.1 — Formate dehydrogenase/DMSO reductase, domains 1-3

结构域编号 domain_id	d1g8jd_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.33 — ISP domain
超家族 Superfamily superfamily	b.33.1 — ISP domain
家族 Family family	b.33.1.1 — Rieske iron-sulfur protein (ISP)

CATH v4.4 (10 domains)

结构域编号 domain_id	1g8jA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

结构域编号 domain_id	1g8jA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	740 —

结构域编号 domain_id	1g8jA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	228 — Dimethylsulfoxide Reductase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Dimethylsulfoxide Reductase, domain 2

结构域编号 domain_id	1g8jA04
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	40 — Barwin-like endoglucanases
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	1g8jB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	102 — 3-layer Sandwich
拓扑 Topology topology	10 — Rieske Iron-sulfur Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain

结构域编号 domain_id	1g8jC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

结构域编号 domain_id	1g8jC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	740 —

结构域编号 domain_id	1g8jC03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	228 — Dimethylsulfoxide Reductase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Dimethylsulfoxide Reductase, domain 2

结构域编号 domain_id	1g8jC04
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	40 — Barwin-like endoglucanases
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	1g8jD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	102 — 3-layer Sandwich
拓扑 Topology topology	10 — Rieske Iron-sulfur Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain

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晶胞边长 a length_a	96.710 Å
晶胞边长 b length_b	114.250 Å
晶胞边长 c length_c	108.980 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	112.44 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.030 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1930
R_free r_free	0.2230

CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF ARSENITE OXIDASE FROM ALCALIGENES FAECALIS

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ARSENITE OXIDASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

ARSENITE OXIDASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1g8j__assembly_1__model_1

1g8j__assembly_1__model_1 | I(q)

1g8j__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (10 domains)

7. 引用文献 (2)

CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF ARSENITE OXIDASE FROM ALCALIGENES FAECALIS

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ARSENITE OXIDASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

ARSENITE OXIDASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1g8j__assembly_1__model_1

1g8j__assembly_1__model_1 | I(q)

1g8j__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (10 domains)

7. 引用文献 (2)