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1gce

STRUCTURE OF THE BETA-LACTAMASE OF ENTEROBACTER CLOACAE GC1

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 67.6 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BETA-LACTAMASE

Enterobacter cloacae

UniProt P05364

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 21–381 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 5；298 K；VAPOR DIFFUSION, WITH 6.7 OR 8.0 MG/ML PROTEIN IN 5-7.5% PEG8000, 20-25MM POTASSIUM PHOSPHATE (MONOBASIC), OVER 12.5 OR 15% PEG8000, 50MM POTASSIUM PHOSPHATE (MONOBASIC) RESERVOIR AT ROOM TEMPERATURE., temperature 298K 分辨率 1.80 Å R-free 0.232

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1GCE Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1BLS CRYSTALLOGRAPHIC STRUCTURE OF A PHOSPHONATE DERIVATIVE OF THE ENTEROBACTER CLOACAE P99 CEPHALOSPORINASE: MECHANISTIC INTERPRETATION OF A BETA-LACTAMASE TRANSITION STATE ANALOG 提交 1993-12-17 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 21–381（361 aa）
未记录 IPP (P-IODOPHENYLACETYLAMINO)METHYLPHOSPHINIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.30 Å
1BLS CRYSTALLOGRAPHIC STRUCTURE OF A PHOSPHONATE DERIVATIVE OF THE ENTEROBACTER CLOACAE P99 CEPHALOSPORINASE: MECHANISTIC INTERPRETATION OF A BETA-LACTAMASE TRANSITION STATE ANALOG 提交 1993-12-17 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 21–381（361 aa）
未记录 IPP (P-IODOPHENYLACETYLAMINO)METHYLPHOSPHINIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.30 Å
1RGZ Enterobacter cloacae GC1 Class C beta-Lactamase Complexed with Transition-State Analog of Cefotaxime 提交 2003-11-13 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 22–384（363 aa）
未记录 PTX {[(2E)-2-(2-AMINO-1,3-THIAZOL-4-YL)-2-(METHOXYIMINO)ETHANOYL]AMINO}METHYLPHOSPHONIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；296 K；PEG 8000, HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K
分辨率 1.37 Å R-free 0.195
1XX2 Refinement of P99 beta-lactamase from Enterobacter cloacae 提交 2004-11-03 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 21–381（361 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；298 K；PEG 8000, SODIUM CACODYLATE, MgCl2, NaN3, pH 6.5 - 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 1.88 Å R-free 0.214
1XX2 Refinement of P99 beta-lactamase from Enterobacter cloacae 提交 2004-11-03 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 21–381（361 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；298 K；PEG 8000, SODIUM CACODYLATE, MgCl2, NaN3, pH 6.5 - 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 1.88 Å R-free 0.214
1Y54 Crystal structure of the native class C beta-lactamase from Enterobacter cloacae 908R complexed with BRL42715 提交 2004-12-02 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 21–381（361 aa）
未记录 FDT (7R)-6-FORMYL-7-(1-METHYL-1H-1,2,3-TRIAZOL-4-YL)-4,7-DIHYDRO-1,4-THIAZEPINE-3-CARBOXYLIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；298 K；PEG 6000 30%, bicine 100mM, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.10 Å R-free 0.292
2Q9M 4-Substituted Trinems as Broad Spectrum-Lactamase Inhibitors: Structure-based Design, Synthesis and Biological Activity 提交 2007-06-13 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 22–380（359 aa）
未记录 LK7 (1R,4S,7AS)-1-(1-FORMYLPROP-1-EN-1-YL)-4-METHOXY-2,4,5,6,7,7A-HEXAHYDRO-1H-ISOINDOLE-3-CARBOXYLIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；292 K；0.05M Cacodylate, 30% PEG8000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 2.05 Å R-free 0.245
2Q9N 4-Substituted Trinems as Broad Spectrum-Lactamase Inhibitors: Structure-based Design, Synthesis and Biological Activity 提交 2007-06-13 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 22–380（359 aa）
未记录 LK5 (1S,4R,7AR)-4-BUTOXY-1-[(1R)-1-FORMYLPROPYL]-2,4,5,6,7,7A-HEXAHYDRO-1H-ISOINDOLE-3-CARBOXYLIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.8；292 K；0.1M sodium acetate 0.2M ammonium acetate 22% PEG4000, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 2.20 Å R-free 0.315
3S4X Crystal structure of the Asn152Gly mutant of P99 beta-lactamase 提交 2011-05-20 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 21–381（361 aa）
突变：I16V, A88P, N152G, A299V SO4 SULFATE ION × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.15 M ammonium sulfate, 30% polyethylene glycol (PEG) 8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.95 Å R-free 0.234
3S4X Crystal structure of the Asn152Gly mutant of P99 beta-lactamase 提交 2011-05-20 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 21–381（361 aa）
突变：I16V, A88P, N152G, A299V SO4 SULFATE ION × 14 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.15 M ammonium sulfate, 30% polyethylene glycol (PEG) 8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.95 Å R-free 0.234
4XUX Structure of ampC bound to RPX-7009 at 1.75 A 提交 2015-01-26 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 21–381（361 aa） 片段：UNP residues 21-381
未记录 4D6 Vaborbactam × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 PG0 2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；289 K；30mg/ml AmpC, 30% PEG3000, 0.1M TRIS, PH 7.0, 0.2M NACL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 298K
分辨率 1.75 Å R-free 0.186
5HAI P99 beta-lactamase mutant - S64G 提交 2015-12-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 21–381（361 aa） 片段：UNP residues 21-381
突变：S64G PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；298 K；0.1M SPG buffer (succinic acid, sodium dihydrogen phosphate, and glycine) and 25% PEG 1500
分辨率 2.74 Å R-free 0.243
5XHR Crystal structure of P99 beta-lactamase in complex with a penicillin derivative MPC-1 提交 2017-04-24 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 21–381（361 aa） 片段：UNP residues 21-381
未记录 PXH (2~{R},4~{S})-5,5-dimethyl-2-[(2~{S},3~{R})-3-oxidanyl-1-oxidanylidene-5-thiophen-2-yl-pentan-2-yl]-1,3-thiazolidine-4-carboxylic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；0.1M Bis-Tris pH 6.5, 25% PEG3350
分辨率 1.80 Å R-free 0.233
7TI1 Structure of AmpC bound to RPX-7063 at 2.0A 提交 2022-01-12 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–381（381 aa）
未记录 ZXQ {(3R,7S)-2-hydroxy-3-[2-(thiophen-2-yl)acetamido]-2,3,4,7-tetrahydro-1,2-oxaborepin-7-yl}acetic acid × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；30% PEG3000, 0.1M Tris pH 7.0, 0.2M NaCl
分辨率 2.00 Å R-free 0.214

共 11 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 AMPC_ENTCL
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–364； UniProt 21–381

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1gce

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1gce
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1gce
沉积日期 deposition_date1999-05-17
结构标题 titleSTRUCTURE OF THE BETA-LACTAMASE OF ENTEROBACTER CLOACAE GC1
关键词 keywordsBETA-LACTAM HYDROLASE, CEPHALOSPORINASE, DRUG DESIGN, EXTENDED-SPECTRUM BETA- LACTAMASE, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier20.97 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron19.92 Å
零角强度 I(0) i024912200.00
分子量 molecular_weight39247.0 kDa
排除体积 excluded_volume49529 ų
包络体积 envelope_volume56658 ų
水化壳体积 shell_volume23255 ų
包络直径 envelope_diameter72.8 Å
壳层 Rg shell_rg26.88 Å
包络 Rg envelope_rg20.14 Å
形状 Rg shape_rg19.91 Å
总 Rg total_rg20.85 Å
总原子数 total_atoms2769
残基数 n_residues362
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax67.6 Å
Rg (实空间) rg_real20.85 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.40 Å
I(0) (实空间) i0_real2.4910e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.2050e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal20.88 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal24910000.0000
解质量估计 total_estimate0.8068
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary26.4 Å
偏度 Skewness skewness0.205
峰度 Kurtosis kurtosis-0.332
角度范围 angular_range— – 0.3800 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha8437000.0000
实空间数据点数 n_real_points70
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.830; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1gcea_
类 Class classe — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold folde.3 — beta-lactamase/transpeptidase-like
超家族 Superfamily superfamilye.3.1 — beta-lactamase/transpeptidase-like
家族 Family familye.3.1.1 — beta-Lactamase/D-ala carboxypeptidase

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1gceA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology710 — Beta-lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — DD-peptidase/beta-lactamase superfamily
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)