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1gdf

STRUCTURE OF RHOGDI: A C-TERMINAL BINDING DOMAIN TARGETS AN N-TERMINAL INHIBITORY PEPTIDE TO GTPASES, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE

Method: SOLUTION NMR Dmax: 63.4 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RHOGDI

Bos taurus

UniProt P19803

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 60–204 片段：ISOPRENE BINDING DOMAIN 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.8；303 K 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1GDF Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1AJW STRUCTURE OF RHOGDI: A C-TERMINAL BINDING DOMAIN TARGETS AN N-TERMINAL INHIBITORY PEPTIDE TO GTPASES, NMR, 20 STRUCTURES 提交 1997-05-11 当前字段一致 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 60–204（145 aa） 片段：ISOPRENE BINDING DOMAIN
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.8；303 K
分辨率未提供
1DOA Structure of the rho family gtp-binding protein cdc42 in complex with the multifunctional regulator rhogdi 提交 1999-12-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–204（204 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GER GERAN-8-YL GERAN × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；291 K；15% PEG 4000, 100 mM Glutamic Acid, 25 mM MgSO4, 50 mM Tris, 2 mM NaN3, 2 mM LDAO , pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 18K, temperature 291K
分辨率 2.60 Å R-free 0.320
1DOA Structure of the rho family gtp-binding protein cdc42 in complex with the multifunctional regulator rhogdi 提交 1999-12-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 B 1–204（204 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 6 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 GER GERAN-8-YL GERAN × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；291 K；15% PEG 4000, 100 mM Glutamic Acid, 25 mM MgSO4, 50 mM Tris, 2 mM NaN3, 2 mM LDAO , pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 18K, temperature 291K
分辨率 2.60 Å R-free 0.320
5FR1 Double acetylated RhoGDI-alpha in complex with RhoA-GDP 提交 2015-12-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–204（204 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.5；4 M SODIUM FORMATE, 0.1 M SODIUM ACETATE PH 4.5
分辨率 2.75 Å R-free 0.256
5FR2 Farnesylated RhoA-GDP in complex with RhoGDI-alpha, lysine acetylated at K178 提交 2015-12-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–204（204 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） FAR FARNESYL × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 BGC beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 0.2 M LITHIUMSULFATE 0.1 M BIS-TRIS PH5.5 25% PEG3350 30% DEXTROSE
分辨率 3.35 Å R-free 0.258

共 4 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GDIR_BOVIN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–145； UniProt 60–204

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1gdf

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1gdf
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1gdf
沉积日期 deposition_date1997-05-11
结构标题 titleSTRUCTURE OF RHOGDI: A C-TERMINAL BINDING DOMAIN TARGETS AN N-TERMINAL INHIBITORY PEPTIDE TO GTPASES, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE
关键词 keywordsRHO-GTPASE INHIBITOR, NUCLEOTIDE EXCHANGE, ISOPRENE BINDING; RHO-GTPASE INHIBITOR
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier17.75 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron16.45 Å
零角强度 I(0) i05383080.00
分子量 molecular_weight16684.0 kDa
排除体积 excluded_volume20962 ų
包络体积 envelope_volume26158 ų
水化壳体积 shell_volume13856 ų
包络直径 envelope_diameter66.3 Å
壳层 Rg shell_rg21.98 Å
包络 Rg envelope_rg17.37 Å
形状 Rg shape_rg16.35 Å
总 Rg total_rg17.79 Å
总原子数 total_atoms2346
残基数 n_residues145
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax63.4 Å
Rg (实空间) rg_real17.79 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.45 Å
I(0) (实空间) i0_real5.3830e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.8520e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal17.78 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal5383000.0000
解质量估计 total_estimate0.7580
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary20.3 Å
偏度 Skewness skewness0.471
峰度 Kurtosis kurtosis0.075
角度范围 angular_range— – 0.4500 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1082000.0000
实空间数据点数 n_real_points76
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.647; Stabil: 0.997; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.917; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1gdfa_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.18 — E set domains
家族 Family familyb.1.18.8 — RhoGDI-like

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1gdfA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Coagulation Factor XIII, subunit A, domain 1
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)