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1gff

THE ATOMIC STRUCTURE OF THE DEGRADED PROCAPSID PARTICLE OF THE BACTERIOPHAGE G4: INDUCED STRUCTURAL CHANGES IN THE PRESENCE OF CALCIUM IONS AND FUNCTIONAL IMPLICATIONS

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BACTERIOPHAGE G4 CAPSID PROTEINS GPF, GPG, GPJ

Enterobacteria phage G4

UniProt P03642

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 180 BACTERIOPHAGE G4 CAPSID PROTEINS GPF, GPG, GPJ × 60 （P03644） BACTERIOPHAGE G4 CAPSID PROTEINS GPF, GPG, GPJ × 60 （P03652） 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 3 BACTERIOPHAGE G4 CAPSID PROTEINS GPF, GPG, GPJ × 1 （P03644） BACTERIOPHAGE G4 CAPSID PROTEINS GPF, GPG, GPJ × 1 （P03652） 与蛋白数一致
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 15 BACTERIOPHAGE G4 CAPSID PROTEINS GPF, GPG, GPJ × 5 （P03644） BACTERIOPHAGE G4 CAPSID PROTEINS GPF, GPG, GPJ × 5 （P03652） 与蛋白数一致
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 18 BACTERIOPHAGE G4 CAPSID PROTEINS GPF, GPG, GPJ × 6 （P03644） BACTERIOPHAGE G4 CAPSID PROTEINS GPF, GPG, GPJ × 6 （P03652） 与蛋白数一致
5 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 3 BACTERIOPHAGE G4 CAPSID PROTEINS GPF, GPG, GPJ × 1 （P03644） BACTERIOPHAGE G4 CAPSID PROTEINS GPF, GPG, GPJ × 1 （P03652） 与蛋白数一致
6 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 60 BACTERIOPHAGE G4 CAPSID PROTEINS GPF, GPG, GPJ × 20 （P03644） BACTERIOPHAGE G4 CAPSID PROTEINS GPF, GPG, GPJ × 20 （P03652） 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体

暂无

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
1gff 1gff 1gff 1gff 1gff 1gff

共 6 个 assembly

查看构建体与数据证据
UniProt名称 VGF_BPG4
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 1； PDB构建体 1–426； UniProt 1–426

BACTERIOPHAGE G4 CAPSID PROTEINS GPF, GPG, GPJ

Enterobacteria phage G4

UniProt P03644

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 180 BACTERIOPHAGE G4 CAPSID PROTEINS GPF, GPG, GPJ × 60 （P03642） BACTERIOPHAGE G4 CAPSID PROTEINS GPF, GPG, GPJ × 60 （P03652） 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 3 BACTERIOPHAGE G4 CAPSID PROTEINS GPF, GPG, GPJ × 1 （P03642） BACTERIOPHAGE G4 CAPSID PROTEINS GPF, GPG, GPJ × 1 （P03652） 与蛋白数一致
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 15 BACTERIOPHAGE G4 CAPSID PROTEINS GPF, GPG, GPJ × 5 （P03642） BACTERIOPHAGE G4 CAPSID PROTEINS GPF, GPG, GPJ × 5 （P03652） 与蛋白数一致
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 18 BACTERIOPHAGE G4 CAPSID PROTEINS GPF, GPG, GPJ × 6 （P03642） BACTERIOPHAGE G4 CAPSID PROTEINS GPF, GPG, GPJ × 6 （P03652） 与蛋白数一致
5 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 3 BACTERIOPHAGE G4 CAPSID PROTEINS GPF, GPG, GPJ × 1 （P03642） BACTERIOPHAGE G4 CAPSID PROTEINS GPF, GPG, GPJ × 1 （P03652） 与蛋白数一致
6 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 60 BACTERIOPHAGE G4 CAPSID PROTEINS GPF, GPG, GPJ × 20 （P03642） BACTERIOPHAGE G4 CAPSID PROTEINS GPF, GPG, GPJ × 20 （P03652） 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体

暂无

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
1gff 1gff 1gff 1gff 1gff 1gff

共 6 个 assembly

查看构建体与数据证据
UniProt名称 VGG_BPG4
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 2； PDB构建体 1–177； UniProt 1–177

BACTERIOPHAGE G4 CAPSID PROTEINS GPF, GPG, GPJ

物种未注明

UniProt P03652

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 180 BACTERIOPHAGE G4 CAPSID PROTEINS GPF, GPG, GPJ × 60 （P03642） BACTERIOPHAGE G4 CAPSID PROTEINS GPF, GPG, GPJ × 60 （P03644） 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 3 BACTERIOPHAGE G4 CAPSID PROTEINS GPF, GPG, GPJ × 1 （P03642） BACTERIOPHAGE G4 CAPSID PROTEINS GPF, GPG, GPJ × 1 （P03644） 与蛋白数一致
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 15 BACTERIOPHAGE G4 CAPSID PROTEINS GPF, GPG, GPJ × 5 （P03642） BACTERIOPHAGE G4 CAPSID PROTEINS GPF, GPG, GPJ × 5 （P03644） 与蛋白数一致
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 18 BACTERIOPHAGE G4 CAPSID PROTEINS GPF, GPG, GPJ × 6 （P03642） BACTERIOPHAGE G4 CAPSID PROTEINS GPF, GPG, GPJ × 6 （P03644） 与蛋白数一致
5 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 3 BACTERIOPHAGE G4 CAPSID PROTEINS GPF, GPG, GPJ × 1 （P03642） BACTERIOPHAGE G4 CAPSID PROTEINS GPF, GPG, GPJ × 1 （P03644） 与蛋白数一致
6 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 60 BACTERIOPHAGE G4 CAPSID PROTEINS GPF, GPG, GPJ × 20 （P03642） BACTERIOPHAGE G4 CAPSID PROTEINS GPF, GPG, GPJ × 20 （P03644） 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体

暂无

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
1gff 1gff 1gff 1gff 1gff 1gff

共 6 个 assembly

查看构建体与数据证据
UniProt名称 VGJ_BPG4
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 3； PDB构建体 1–25； UniProt 1–25

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1gff
沉积日期 deposition_date1995-11-06
结构标题 titleTHE ATOMIC STRUCTURE OF THE DEGRADED PROCAPSID PARTICLE OF THE BACTERIOPHAGE G4: INDUCED STRUCTURAL CHANGES IN THE PRESENCE OF CALCIUM IONS AND FUNCTIONAL IMPLICATIONS
关键词 keywordsCOAT PROTEIN, Icosahedral virus, Virus; VIRUS
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1gff__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1gff__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 109 1010 1011 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1gff__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置，不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg（Guinier）0.00 Å
Rg（电子密度）126.70 Å
总 Rg127.00 Å
原子数286740
残基数36360
排除体积5086200 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 1gff__assembly_1__model_1 complete icosahedral assembly （180） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 1gff__assembly_2__model_1 trimeric （3） 排除 — —
排除原因： 辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
3 1 1gff__assembly_3__model_1 pentadecameric （15） 排除 — —
排除原因： 辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
4 1 1gff__assembly_4__model_1 octadecameric （18） 排除 — —
排除原因： 辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
5 1 1gff__assembly_5__model_1 trimeric （3） 排除 — —
排除原因： 辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
6 1 1gff__assembly_6__model_1 60-meric （60） 排除 — —
排除原因： 辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1gff1_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamilyb.121.5 — ssDNA viruses
家族 Family familyb.121.5.1 — Microviridae-like VP
结构域编号 domain_idd1gff2_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamilyb.121.5 — ssDNA viruses
家族 Family familyb.121.5.1 — Microviridae-like VP

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1gff100
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology169 — Bacteriophage G4 Capsid Proteins Gpf, Gpg, Gpj, subunit 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Microviridae F protein
结构域编号 domain_id1gff200
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 —
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7. 引用文献 (5)