SAXSdb — 1gjq

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NITRITE REDUCTASE

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 26–568 链 B； UniProt 26–568	未记录	HEC HEME C × 2 DHE HEME D × 2 CYN CYANIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8；2M NA/K2 PHOSPHATE, 50MM TRIS-HCL, PH 8.4	分辨率 2.70 Å R-free 0.247

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1GJQ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BL9 CONFORMATIONAL CHANGES OCCURRING UPON REDUCTION IN NITRITE REDUCTASE FROM PSEUDOMONAS AERUGINOSA 提交 1998-07-20	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 26–568（543 aa）链 B 26–568（543 aa）	未记录	HEC HEME C × 2 DHE HEME D × 2 OH HYDROXIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.2；pH 7.2	分辨率 2.90 Å R-free 0.233
1HZU DOMAIN SWING UPON HIS TO ALA MUTATION IN NITRITE REDUCTASE OF PSEUDOMONAS AERUGINOSA 提交 2001-01-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 26–568（543 aa）	突变：H327A	HEC HEME C × 2 DHE HEME D × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；PEG 5000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.248
1HZV DOMAIN SWING UPON HIS TO ALA MUTATION IN NITRITE REDUCTASE OF PSEUDOMONAS AERUGINOSA 提交 2001-01-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 26–568（543 aa）	突变：H369A	HEC HEME C × 2 DHE HEME D × 2 NO NITRIC OXIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG6000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.83 Å R-free 0.296
1N15 FOLLOWING THE C HEME REDUCTION IN NITRITE REDUCTASE FROM PSEUDOMONAS AERUGINOSA 提交 1998-09-04	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 26–568（543 aa）链 B 26–568（543 aa）	未记录	HEC HEME C × 2 DHE HEME D × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.2；pH 7.2	分辨率 2.90 Å R-free 0.247
1N50 FOLLOWING THE C HEME REDUCTION IN NITRITE REDUCTASE FROM PSEUDOMONAS AERUGINOSA 提交 1998-09-04	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 26–568（543 aa）链 B 26–568（543 aa）	未记录	HEC HEME C × 2 DHE HEME D × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.2；pH 7.2	分辨率 2.90 Å R-free 0.246
1N90 FOLLOWING THE C HEME REDUCTION IN NITRITE REDUCTASE FROM PSEUDOMONAS AERUGINOSA 提交 1998-09-04	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 26–568（543 aa）链 B 26–568（543 aa）	未记录	HEC HEME C × 2 DHE HEME D × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.2；pH 7.2	分辨率 2.90 Å R-free 0.241
1NIR OXYDIZED NITRITE REDUCTASE FROM PSEUDOMONAS AERUGINOSA 提交 1997-06-17	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 26–568（543 aa）链 B 26–568（543 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 OH HYDROXIDE ION × 2 HEC HEME C × 2 DHE HEME D × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.4；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM @M NA/K2 PHOSPHATE, 50MM TRIS-HCL, PH 8.4	分辨率 2.15 Å R-free 0.242
1NNO CONFORMATIONAL CHANGES OCCURRING UPON NO BINDING IN NITRITE REDUCTASE FROM PSEUDOMONAS AERUGINOSA 提交 1998-07-20	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 26–568（543 aa）链 B 26–568（543 aa）	未记录	HEC HEME C × 2 DHE HEME D × 2 NO NITRIC OXIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.2；pH 7.2	分辨率 2.65 Å R-free 0.243
5GUW Complex of Cytochrome cd1 Nitrite Reductase and Nitric Oxide Reductase in Denitrification of Pseudomonas aeruginosa 提交 2016-08-31	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 M 1–568（568 aa）片段：cd1 nitrite reductase 链 N 1–568（568 aa）片段：cd1 nitrite reductase	未记录	HEC HEME C × 2 DHE HEME D × 2 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；0.1M MES, 0.2M CsCl, 12% PEG3350	分辨率 3.20 Å R-free 0.254
6TPO Conformation of cd1 nitrite reductase NirS without bound heme d1 提交 2019-12-13	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 26–568（543 aa）	未记录	1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 2 BU3 (R,R)-2,3-BUTANEDIOL × 2 HEC HEME C × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.2；293 K；0.1M Phosphate/citrate pH4.2 40% (v/v) PEG300	分辨率 1.86 Å R-free 0.194
6TSI cd1 nitrite reductase NirS with bound dihydro-heme d1 提交 2019-12-20	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 26–568（543 aa）链 B 26–568（543 aa）	未记录	HEC HEME C × 2 DHE HEME D × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 5 CL CHLORIDE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；1.9M K2HPO4 0.1M Tris-HCl pH 8	分辨率 2.38 Å R-free 0.280

共 11 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NIRS_PSEAE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–543； UniProt 26–568 作者链 B； PDB构建体 1–543； UniProt 26–568

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1gjq
沉积日期 deposition_date	2001-08-01
结构标题 title	Pseudomonas aeruginosa cd1 nitrite reductase reduced cyanide complex
关键词 keywords	REDUCTASE, OXIDOREDUCTASE, ELECTRON TRANSPORT, HEME; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	33.30 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	32.83 Å
零角强度 I(0) i0	229096000.00
分子量 molecular_weight	122340.0 kDa
排除体积 excluded_volume	153260 Å³
包络体积 envelope_volume	186390 Å³
水化壳体积 shell_volume	46665 Å³
包络直径 envelope_diameter	114.8 Å
壳层 Rg shell_rg	40.22 Å
包络 Rg envelope_rg	33.03 Å
形状 Rg shape_rg	32.82 Å
总 Rg total_rg	33.40 Å
总原子数 total_atoms	8630
残基数 n_residues	1080
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	109.0 Å
Rg (实空间) rg_real	33.31 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.64 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.2910e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.5670e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	33.31 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	229100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8879
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	36.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.346
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.433
角度范围 angular_range	— – 0.2400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	73750000.0000
实空间数据点数 n_real_points	49
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.887; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.988; Smooth: 0.888

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	NITRITE REDUCTASE
分子量 formula_weight	60259.1 kDa
EC 编号 ec_number	1.9.3.2
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	9229

KDDMKAAEQYQGAASAVDPAHVVRTNGAPDMSESEFNEAKQIYFQRCAGCHGVLRKGATGKPLTPDITQQRGQQYLEALITYGTPLGMPNWGSSGELSKEQITLMAKYIQHTPPQPPEWGMPEMRESWKVLVKPEDRPKKQLNDLDLPNLFSVTLRDAGQIALVDGDSKKIVKVIDTGYAVHISRMSASGRYLLVIGRDARIDMIDLWAKEPTKVAEIKIGIEARSVESSKFKGYEDRYTIAGAYWPPQFAIMDGETLEPKQIVSTRGMTVDTQTYHPEPRVAAIIASHEHPEFIVNVKETGKVLLVNYKDIDNLTVTSIGAAPFLHDGGWDSSHRYFMTAANNSNKVAVIDSKDRRLSALVDVGKTPHPGRGANFVHPKYGPVWSTSHLGDGSISLIGTDPKNHPQYAWKKVAELQGQGGGSLFIKTHPKSSHLYVDTTFNPDARISQSVAVFDLKNLDAKYQVLPIAEWADLGEGAKRVVQPEYNKRGDEVWFSVWNGKNDSSALVVVDDKTLKLKAVVKDPRLITPTGKFNVYNTQHDVY

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	HEME C
分子量 formula_weight	618.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	HEME D
分子量 formula_weight	712.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CYANIDE ION
分子量 formula_weight	26.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	599

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1gjqa1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.3 — Cytochrome c
超家族 Superfamily superfamily	a.3.1 — Cytochrome c
家族 Family family	a.3.1.2 — N-terminal (heme c) domain of cytochrome cd1-nitrite reductase

结构域编号 domain_id	d1gjqa2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.70 — 8-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.70.2 — C-terminal (heme d1) domain of cytochrome cd1-nitrite reductase
家族 Family family	b.70.2.1 — C-terminal (heme d1) domain of cytochrome cd1-nitrite reductase

结构域编号 domain_id	d1gjqb1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.3 — Cytochrome c
超家族 Superfamily superfamily	a.3.1 — Cytochrome c
家族 Family family	a.3.1.2 — N-terminal (heme c) domain of cytochrome cd1-nitrite reductase

结构域编号 domain_id	d1gjqb2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.70 — 8-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.70.2 — C-terminal (heme d1) domain of cytochrome cd1-nitrite reductase
家族 Family family	b.70.2.1 — C-terminal (heme d1) domain of cytochrome cd1-nitrite reductase

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1gjqA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c-like domain

结构域编号 domain_id	1gjqA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	140 — 8 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methanol Dehydrogenase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — C-terminal (heme d1) domain of cytochrome cd1-nitrite reductase

结构域编号 domain_id	1gjqB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c-like domain

结构域编号 domain_id	1gjqB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	140 — 8 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methanol Dehydrogenase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — C-terminal (heme d1) domain of cytochrome cd1-nitrite reductase

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	167.400 Å
晶胞边长 b length_b	88.600 Å
晶胞边长 c length_c	113.400 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	18.000 Å
R 因子 r_factor	0.2040
R_work r_work	0.2040
R_free r_free	0.2470

fit	/app/data/saxs_computation/gj/1gjq/1gjq.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gj/1gjq/1gjq.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gj/1gjq/1gjq.dat

Pseudomonas aeruginosa cd1 nitrite reductase reduced cyanide complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NITRITE REDUCTASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction