SAXSdb — 1gnc

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GRANULOCYTE COLONY-STIMULATING FACTOR

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 31–207	未记录	无其他共同聚合物	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1GNC	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CD9 2:2 COMPLEX OF G-CSF WITH ITS RECEPTOR 提交 1999-03-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 13–186（174 aa）链 C 13–186（174 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.50	分辨率 2.80 Å R-free 0.319
1PGR 2:2 COMPLEX OF G-CSF WITH ITS RECEPTOR 提交 1999-03-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 13–186（174 aa）链 C 13–186（174 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5	分辨率 3.50 Å
1PGR 2:2 COMPLEX OF G-CSF WITH ITS RECEPTOR 提交 1999-03-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 13–186（174 aa）链 G 13–186（174 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5	分辨率 3.50 Å
1RHG THE STRUCTURE OF GRANULOCYTE-COLONY-STIMULATING FACTOR AND ITS RELATIONSHIP TO THOSE OF OTHER GROWTH FACTORS 提交 1993-01-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 31–207（177 aa）链 B 31–207（177 aa）链 C 31–207（177 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å
2D9Q Crystal Structure of the Human GCSF-Receptor Signaling Complex 提交 2005-12-12	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 31–204（174 aa）片段：residues 1-174	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.8；293 K；0.2M ammonium phosphate, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.284
5GW9 Crystal structure of C163, a backbone circularized G-CSF 提交 2016-09-09	构建体不同突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 40–202（163 aa）片段：UNP residues 40-202	突变：P40S, C47S, A205G	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；293 K；0.4M Ammonium sulfate	分辨率 1.65 Å R-free 0.218
5GW9 Crystal structure of C163, a backbone circularized G-CSF 提交 2016-09-09	构建体不同突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 40–202（163 aa）片段：UNP residues 40-202	突变：P40S, C47S, A205G	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；293 K；0.4M Ammonium sulfate	分辨率 1.65 Å R-free 0.218
5GW9 Crystal structure of C163, a backbone circularized G-CSF 提交 2016-09-09	构建体不同突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 40–202（163 aa）片段：UNP residues 40-202	突变：P40S, C47S, A205G	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；293 K；0.4M Ammonium sulfate	分辨率 1.65 Å R-free 0.218
5GW9 Crystal structure of C163, a backbone circularized G-CSF 提交 2016-09-09	构建体不同突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 40–202（163 aa）片段：UNP residues 40-202	突变：P40S, C47S, A205G	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；293 K；0.4M Ammonium sulfate	分辨率 1.65 Å R-free 0.218
5GW9 Crystal structure of C163, a backbone circularized G-CSF 提交 2016-09-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 40–202（163 aa）片段：UNP residues 40-202 链 C 40–202（163 aa）片段：UNP residues 40-202	突变：P40S, C47S, A205G 突变：P40S, C47S, A205G	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；293 K；0.4M Ammonium sulfate	分辨率 1.65 Å R-free 0.218
5GW9 Crystal structure of C163, a backbone circularized G-CSF 提交 2016-09-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 40–202（163 aa）片段：UNP residues 40-202 链 D 40–202（163 aa）片段：UNP residues 40-202	突变：P40S, C47S, A205G 突变：P40S, C47S, A205G	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；293 K；0.4M Ammonium sulfate	分辨率 1.65 Å R-free 0.218
5ZO6 Crystal structure of C166, a backbone circularized G-CSF 提交 2018-04-12	构建体不同突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 X 37–205（169 aa）片段：UNP residues 37-205	突变：C11S, A166G	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；298 K；sodium acetate trihydrate, sodium chloride dehydrate, PEG 1500, MPD	分辨率 1.70 Å R-free 0.217

共 6 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CSF3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–178； UniProt 31–207

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1gnc
沉积日期 deposition_date	1994-03-08
结构标题 title	STRUCTURE AND DYNAMICS OF THE HUMAN GRANULOCYTE COLONY-STIMULATING FACTOR DETERMINED BY NMR SPECTROSCOPY. LOOP MOBILITY IN A FOUR-HELIX-BUNDLE PROTEIN
关键词 keywords	GROWTH FACTOR; GROWTH FACTOR
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	18.80 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.79 Å
零角强度 I(0) i0	474230000.00
分子量 molecular_weight	187990.0 kDa
排除体积 excluded_volume	237590 Å³
包络体积 envelope_volume	64494 Å³
水化壳体积 shell_volume	23861 Å³
包络直径 envelope_diameter	79.0 Å
壳层 Rg shell_rg	29.36 Å
包络 Rg envelope_rg	24.75 Å
形状 Rg shape_rg	18.71 Å
总 Rg total_rg	19.40 Å
总原子数 total_atoms	26550
残基数 n_residues	1750
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	72.1 Å
Rg (实空间) rg_real	18.90 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.77 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.7420e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.6970e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.88 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	474200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7003
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	22.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.625
峰度 Kurtosis kurtosis	0.650
角度范围 angular_range	— – 0.4250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	786400.0000
实空间数据点数 n_real_points	74
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.418; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.853; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1gnca1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.26 — 4-helical cytokines
超家族 Superfamily superfamily	a.26.1 — 4-helical cytokines
家族 Family family	a.26.1.1 — Long-chain cytokines

结构域编号 domain_id	d1gnca2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1gncA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1250 — Growth Hormone; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

描述 description	GRANULOCYTE COLONY-STIMULATING FACTOR
分子量 formula_weight	19132.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	26550

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606

STRUCTURE AND DYNAMICS OF THE HUMAN GRANULOCYTE COLONY-STIMULATING FACTOR DETERMINED BY NMR SPECTROSCOPY. LOOP MOBILITY IN A FOUR-HELIX-BUNDLE PROTEIN

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GRANULOCYTE COLONY-STIMULATING FACTOR

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

fit	/app/data/saxs_computation/gn/1gnc/1gnc.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gn/1gnc/1gnc.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gn/1gnc/1gnc.dat