1go3

Structure of an archeal homolog of the eukaryotic RNA polymerase II RPB4/RPB7 complex

Method: X-RAY DIFFRACTION

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE SUBUNIT E

METHANOCOCCUS JANNASCHII

UniProt Q57840

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE SUBUNIT F × 1 (Q60351) water × 2 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE SUBUNIT F × 1 (Q60351) water × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPE1_METJA
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–187; UniProt 1–187 作者链 M; PDB构建体 1–187; UniProt 1–187

DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE SUBUNIT F

METHANOCOCCUS JANNASCHII

UniProt Q60351

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE SUBUNIT E × 1 (Q57840) water × 2 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE SUBUNIT E × 1 (Q57840) water × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Y039_METJA
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 F; PDB构建体 1–107; UniProt 9–115 作者链 N; PDB构建体 1–107; UniProt 9–115

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1go3
沉积日期 deposition_date2001-10-17
结构标题 titleStructure of an archeal homolog of the eukaryotic RNA polymerase II RPB4/RPB7 complex
关键词 keywordsTRANSFERASE, TRANSFERASE; TRANSCRIPTION; DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1go3__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1go3__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

1go3__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)22.13 Å
Rg(电子密度)21.26 Å
总 Rg21.95 Å
原子数2192
残基数284
排除体积39823 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 1go3__assembly_1__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 1go3__assembly_2__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd1go3e1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamilyb.40.4 — Nucleic acid-binding proteins
家族 Family familyb.40.4.5 — Cold shock DNA-binding domain-like
结构域编号 domain_idd1go3e2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.230 — Dodecin subunit-like
超家族 Superfamily superfamilyd.230.1 — N-terminal, heterodimerisation domain of RBP7 (RpoE)
家族 Family familyd.230.1.1 — N-terminal, heterodimerisation domain of RBP7 (RpoE)
结构域编号 domain_idd1go3f_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.60 — SAM domain-like
超家族 Superfamily superfamilya.60.8 — HRDC-like
家族 Family familya.60.8.2 — RNA polymerase II subunit RBP4 (RpoF)
结构域编号 domain_idd1go3m1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamilyb.40.4 — Nucleic acid-binding proteins
家族 Family familyb.40.4.5 — Cold shock DNA-binding domain-like
结构域编号 domain_idd1go3m2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.230 — Dodecin subunit-like
超家族 Superfamily superfamilyd.230.1 — N-terminal, heterodimerisation domain of RBP7 (RpoE)
家族 Family familyd.230.1.1 — N-terminal, heterodimerisation domain of RBP7 (RpoE)
结构域编号 domain_idd1go3n_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.60 — SAM domain-like
超家族 Superfamily superfamilya.60.8 — HRDC-like
家族 Family familya.60.8.2 — RNA polymerase II subunit RBP4 (RpoF)

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id1go3E01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily140 — Nucleic acid-binding proteins
结构域编号 domain_id1go3E02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1490 — Dna Ligase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily120 — RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain
结构域编号 domain_id1go3F01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily80 — HRDC domain
结构域编号 domain_id1go3F02
类 Class class6 — Special
架构 Architecture architecture10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10
结构域编号 domain_id1go3M01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily140 — Nucleic acid-binding proteins
结构域编号 domain_id1go3M02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1490 — Dna Ligase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily120 — RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain
结构域编号 domain_id1go3N01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily80 — HRDC domain
结构域编号 domain_id1go3N02
类 Class class6 — Special
架构 Architecture architecture10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10

7. 引用文献 (1)