SAXSdb — 1gpe

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (GLUCOSE OXIDASE)

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	同源多聚体	蛋白 2 其他聚合物 4	;alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GOX_PENAG
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–587； UniProt 1–587 作者链 B； PDB构建体 1–587； UniProt 1–587

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1gpe
沉积日期 deposition_date	1999-03-24
结构标题 title	GLUCOSE OXIDASE FROM PENICILLIUM AMAGASAKIENSE
关键词 keywords	OXIDOREDUCTASE(FLAVOPROTEIN); OXIDOREDUCTASE(FLAVOPROTEIN)
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1gpe__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1gpe__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1gpe__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	30.89 Å
Rg（电子密度）	29.90 Å
总 Rg	30.72 Å
原子数	9358
残基数	1174
排除体积	165640 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1gpe__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PROTEIN (GLUCOSE OXIDASE)
分子量 formula_weight	64016.8 kDa
EC 编号 ec_number	1.1.3.4
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	10067

YLPAQQIDVQSSLLSDPSKVAGKTYDYIIAGGGLTGLTVAAKLTENPKIKVLVIEKGFYESNDGAIIEDPNAYGQIFGTTVDQNYLTVPLINNRTNNIKAGKGLGGSTLINGDSWTRPDKVQIDSWEKVFGMEGWNWDNMFEYMKKAEAARTPTAAQLAAGHSFNATCHGTNGTVQSGARDNGQPWSPIMKALMNTVSALGVPVQQDFLCGHPRGVSMIMNNLDENQVRVDAARAWLLPNYQRSNLEILTGQMVGKVLFKQTASGPQAVGVNFGTNKAVNFDVFAKHEVLLAAGSAISPLILEYSGIGLKSVLDQANVTQLLDLPVGINMQDQTTTTVSSRASSAGAGQGQAVFFANFTETFGDYAPQARDLLNTKLDQWAEETVARGGFHNVTALKVQYENYRNWLLDEDVAFAELFMDTEGKINFDLWDLIPFTRGSVHILSSDPYLWQFANDPKFFLNEFDLLGQAAASKLARDLTSQGAMKEYFAGETLPGYNLVQNATLSQWSDYVLQNFRPNWHAVSSCSMMSRELGGVVDATAKVYGTQGLRVIDGSIPPTQVSSHVMTIFYGMALKVADAILDDYAKSA

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	910.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	785.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	709

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1gpea1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.3 — FAD/NAD(P)-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	c.3.1 — FAD/NAD(P)-binding domain
家族 Family family	c.3.1.2 — FAD-linked reductases, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1gpea2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.16 — FAD-linked reductases, C-terminal domain
超家族 Superfamily superfamily	d.16.1 — FAD-linked reductases, C-terminal domain
家族 Family family	d.16.1.1 — GMC oxidoreductases

结构域编号 domain_id	d1gpeb1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.3 — FAD/NAD(P)-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	c.3.1 — FAD/NAD(P)-binding domain
家族 Family family	c.3.1.2 — FAD-linked reductases, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1gpeb2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.16 — FAD-linked reductases, C-terminal domain
超家族 Superfamily superfamily	d.16.1 — FAD-linked reductases, C-terminal domain
家族 Family family	d.16.1.1 — GMC oxidoreductases

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	1gpeA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — FAD/NAD(P)-binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — FAD/NAD(P)-binding domain

结构域编号 domain_id	1gpeA02
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	450 — Glucose Oxidase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glucose Oxidase, domain 2

结构域编号 domain_id	1gpeA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	560 — Glucose Oxidase; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glucose Oxidase, domain 3

结构域编号 domain_id	1gpeB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — FAD/NAD(P)-binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — FAD/NAD(P)-binding domain

结构域编号 domain_id	1gpeB02
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	450 — Glucose Oxidase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glucose Oxidase, domain 2

结构域编号 domain_id	1gpeB03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	560 — Glucose Oxidase; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glucose Oxidase, domain 3

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晶胞边长 a length_a	57.600 Å
晶胞边长 b length_b	132.100 Å
晶胞边长 c length_c	151.300 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.1640
R_work r_work	0.1600
R_free r_free	0.1980

GLUCOSE OXIDASE FROM PENICILLIUM AMAGASAKIENSE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (GLUCOSE OXIDASE)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1gpe__assembly_1__model_1

1gpe__assembly_1__model_1 | I(q)

1gpe__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

GLUCOSE OXIDASE FROM PENICILLIUM AMAGASAKIENSE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (GLUCOSE OXIDASE)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1gpe__assembly_1__model_1

1gpe__assembly_1__model_1 | I(q)

1gpe__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)