1gph

STRUCTURE OF THE ALLOSTERIC REGULATORY ENZYME OF PURINE BIOSYNTHESIS

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GLUTAMINE PHOSPHORIBOSYL-PYROPHOSPHATE AMIDOTRANSFERASE

Bacillus subtilis

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	IRON/SULFUR CLUSTER × 4 ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 8	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	IRON/SULFUR CLUSTER × 2 ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 4	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	IRON/SULFUR CLUSTER × 2 ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PUR1_BACSU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 1； PDB构建体 1–465； UniProt 12–476 作者链 2； PDB构建体 1–465； UniProt 12–476 作者链 3； PDB构建体 1–465； UniProt 12–476 作者链 4； PDB构建体 1–465； UniProt 12–476

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1gph
沉积日期 deposition_date	1994-04-20
结构标题 title	STRUCTURE OF THE ALLOSTERIC REGULATORY ENZYME OF PURINE BIOSYNTHESIS
关键词 keywords	TRANSFERASE, GLUTAMINE AMIDOTRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1gph__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1gph__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1gph__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	38.75 Å
Rg（电子密度）	37.98 Å
总 Rg	38.50 Å
原子数	14676
残基数	1860
排除体积	254620 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1gph__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1gph__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`1gph__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	GLUTAMINE PHOSPHORIBOSYL-PYROPHOSPHATE AMIDOTRANSFERASE
分子量 formula_weight	50507.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.4.2.14
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1,2,3,4
原子数 atom_count	14676

CGVFGIWGHEEAPQITYYGLHSLQHRGQEGAGIVATDGEKLTAHKGQGLITEVFQNGELSKVKGKGAIGHVRYATAGGGGYENVQPLLFRSQNNGSLALAHNGNLVNATQLKQQLENQGSIFQTSSDTEVLAHLIKRSGHFTLKDQIKNSLSMLKGAYAFLIMTETEMIVALDPNGLRPLSIGMMGDAYVVASETCAFDVVGATYLREVEPGEMLIINDEGMKSERFSMNINRSICSMEYIYFSRPDSNIDGINVHSARKNLGKMLAQESAVEADVVTGVPDSSISAAIGYAEATGIPYELGLIKNRYVGRTFIQPSQALREQGVRMKLSAVRGVVEGKRVVMVDDSIVRGTTSRRIVTMLREAGATEVHVKISSPPIAHPCFYGIDTSTHEELIASSHSVDEIRQEIGADTLSFLSVEGLLKGIGRKYDDSNCGQCLACFTGKYPTEIYQDTVLPHVKEAVLTK

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus subtilis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1423

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ADENOSINE MONOPHOSPHATE
分子量 formula_weight	347.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d1gph11
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.61 — PRTase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.61.1 — PRTase-like
家族 Family family	c.61.1.1 — Phosphoribosyltransferases (PRTases)

结构域编号 domain_id	d1gph12
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.153 — Ntn hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamily	d.153.1 — N-terminal nucleophile aminohydrolases (Ntn hydrolases)
家族 Family family	d.153.1.1 — Class II glutamine amidotransferases

结构域编号 domain_id	d1gph21
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.61 — PRTase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.61.1 — PRTase-like
家族 Family family	c.61.1.1 — Phosphoribosyltransferases (PRTases)

结构域编号 domain_id	d1gph22
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.153 — Ntn hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamily	d.153.1 — N-terminal nucleophile aminohydrolases (Ntn hydrolases)
家族 Family family	d.153.1.1 — Class II glutamine amidotransferases

结构域编号 domain_id	d1gph31
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.61 — PRTase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.61.1 — PRTase-like
家族 Family family	c.61.1.1 — Phosphoribosyltransferases (PRTases)

结构域编号 domain_id	d1gph32
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.153 — Ntn hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamily	d.153.1 — N-terminal nucleophile aminohydrolases (Ntn hydrolases)
家族 Family family	d.153.1.1 — Class II glutamine amidotransferases

结构域编号 domain_id	d1gph41
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.61 — PRTase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.61.1 — PRTase-like
家族 Family family	c.61.1.1 — Phosphoribosyltransferases (PRTases)

结构域编号 domain_id	d1gph42
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.153 — Ntn hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamily	d.153.1 — N-terminal nucleophile aminohydrolases (Ntn hydrolases)
家族 Family family	d.153.1.1 — Class II glutamine amidotransferases

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	1gph101
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	20 — Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain

结构域编号 domain_id	1gph102
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2020 —

结构域编号 domain_id	1gph201
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	20 — Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain

结构域编号 domain_id	1gph202
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2020 —

结构域编号 domain_id	1gph301
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	20 — Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain

结构域编号 domain_id	1gph302
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2020 —

结构域编号 domain_id	1gph401
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	20 — Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain

结构域编号 domain_id	1gph402
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2020 —

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晶胞边长 a length_a	158.800 Å
晶胞边长 b length_b	75.700 Å
晶胞边长 c length_c	94.100 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	91.40 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	7.000 Å
R 因子 r_factor	0.1820
R_work r_work	0.1820
R_free r_free	—

STRUCTURE OF THE ALLOSTERIC REGULATORY ENZYME OF PURINE BIOSYNTHESIS

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GLUTAMINE PHOSPHORIBOSYL-PYROPHOSPHATE AMIDOTRANSFERASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1gph__assembly_1__model_1

1gph__assembly_1__model_1 | I(q)

1gph__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

STRUCTURE OF THE ALLOSTERIC REGULATORY ENZYME OF PURINE BIOSYNTHESIS

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GLUTAMINE PHOSPHORIBOSYL-PYROPHOSPHATE AMIDOTRANSFERASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1gph__assembly_1__model_1

1gph__assembly_1__model_1 | I(q)

1gph__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)