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1gpu

Transketolase complex with reaction intermediate

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 95.5 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TRANSKETOLASE 1

物种未注明

UniProt P23254

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–680 链 B； UniProt 1–680 未记录 CA CALCIUM ION × 2 THD 2-[3-[(4-AMINO-2-METHYL-5-PYRIMIDINYL)METHYL]-2-(1,2-DIHYDROXYETHYL)-4-METHYL-1,3-THIAZOL-3-IUM-5-YL]ETHYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.9；pH 7.90 分辨率 1.86 Å R-free 0.225

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1GPU Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1AY0 IDENTIFICATION OF CATALYTICALLY IMPORTANT RESIDUES IN YEAST TRANSKETOLASE 提交 1997-11-13 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–679（679 aa）
链 B 1–679（679 aa）
突变：H263A 突变：H263A CA CALCIUM ION × 2 TPP THIAMINE DIPHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；SEE PAPER SCHNEIDER ET AL., (1989), J. BIOL. CHEM. 264,21619-21620, pH 7.5
分辨率 2.60 Å R-free 0.263
1NGS COMPLEX OF TRANSKETOLASE WITH THIAMIN DIPHOSPHATE, CA2+ AND ACCEPTOR SUBSTRATE ERYTHROSE-4-PHOSPHATE 提交 1996-09-25 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–679（679 aa）
链 B 1–679（679 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 E4P ERYTHOSE-4-PHOSPHATE × 2 TPP THIAMINE DIPHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.6；SEE THE PAPER, pH 7.6
分辨率 2.40 Å R-free 0.239
1TKA SPECIFICITY OF COENZYME BINDING IN THIAMIN DIPHOSPHATE DEPENDENT ENZYMES: CRYSTAL STRUCTURES OF YEAST TRANSKETOLASE IN COMPLEX WITH ANALOGS OF THIAMIN DIPHOSPHATE 提交 1994-02-07 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–679（678 aa）
链 B 2–679（678 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 N3T 3'-DEAZO-THIAMIN DIPHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.70 Å
1TKB SPECIFICITY OF COENZYME BINDING IN THIAMIN DIPHOSPHATE DEPENDENT ENZYMES: CRYSTAL STRUCTURES OF YEAST TRANSKETOLASE IN COMPLEX WITH ANALOGS OF THIAMIN DIPHOSPHATE 提交 1994-02-07 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–679（678 aa）
链 B 2–679（678 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 N1T 1'-DEAZO-THIAMIN DIPHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.30 Å
1TKC SPECIFICITY OF COENZYME BINDING IN THIAMIN DIPHOSPHATE DEPENDENT ENZYMES: CRYSTAL STRUCTURES OF YEAST TRANSKETOLASE IN COMPLEX WITH ANALOGS OF THIAMIN DIPHOSPHATE 提交 1994-02-07 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–679（678 aa）
链 B 2–679（678 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 M6T 6'-METHYL-THIAMIN DIPHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.70 Å
1TRK REFINED STRUCTURE OF TRANSKETOLASE FROM SACCHAROMYCES CEREVISIAE AT 2.0 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1993-11-22 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–679（679 aa）
链 B 1–679（679 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 TPP THIAMINE DIPHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.00 Å

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TKT1_YEAST
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–680； UniProt 1–680 作者链 B； PDB构建体 1–680； UniProt 1–680

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1gpu

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1gpu
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1gpu
沉积日期 deposition_date2001-11-09
结构标题 titleTransketolase complex with reaction intermediate
关键词 keywordsTRANSFERASE(KETONE RESIDUES), TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier31.85 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron31.10 Å
零角强度 I(0) i0331116000.00
分子量 molecular_weight148150.0 kDa
排除体积 excluded_volume185970 ų
包络体积 envelope_volume212910 ų
水化壳体积 shell_volume53621 ų
包络直径 envelope_diameter101.4 Å
壳层 Rg shell_rg40.55 Å
包络 Rg envelope_rg31.57 Å
形状 Rg shape_rg31.09 Å
总 Rg total_rg31.84 Å
总原子数 total_atoms10456
残基数 n_residues1356
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax95.5 Å
Rg (实空间) rg_real31.61 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.39 Å
I(0) (实空间) i0_real3.3110e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.4650e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal31.71 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal331100000.0000
解质量估计 total_estimate0.9040
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary40.1 Å
偏度 Skewness skewness0.107
峰度 Kurtosis kurtosis-0.544
角度范围 angular_range— – 0.2500 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha154500000.0000
实空间数据点数 n_real_points51
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.949; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.976; Smooth: 0.925
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd1gpua1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.36 — Thiamin diphosphate-binding fold (THDP-binding)
超家族 Superfamily superfamilyc.36.1 — Thiamin diphosphate-binding fold (THDP-binding)
家族 Family familyc.36.1.10 — TK-like PP module
结构域编号 domain_idd1gpua2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.36 — Thiamin diphosphate-binding fold (THDP-binding)
超家族 Superfamily superfamilyc.36.1 — Thiamin diphosphate-binding fold (THDP-binding)
家族 Family familyc.36.1.6 — TK-like Pyr module
结构域编号 domain_idd1gpua3
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.48 — TK C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamilyc.48.1 — TK C-terminal domain-like
家族 Family familyc.48.1.1 — Transketolase C-terminal domain-like
结构域编号 domain_idd1gpub1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.36 — Thiamin diphosphate-binding fold (THDP-binding)
超家族 Superfamily superfamilyc.36.1 — Thiamin diphosphate-binding fold (THDP-binding)
家族 Family familyc.36.1.10 — TK-like PP module
结构域编号 domain_idd1gpub2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.36 — Thiamin diphosphate-binding fold (THDP-binding)
超家族 Superfamily superfamilyc.36.1 — Thiamin diphosphate-binding fold (THDP-binding)
家族 Family familyc.36.1.6 — TK-like Pyr module
结构域编号 domain_idd1gpub3
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.48 — TK C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamilyc.48.1 — TK C-terminal domain-like
家族 Family familyc.48.1.1 — Transketolase C-terminal domain-like

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id1gpuA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily970 — Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains
结构域编号 domain_id1gpuA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily970 — Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains
结构域编号 domain_id1gpuA03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily920 —
结构域编号 domain_id1gpuB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily970 — Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains
结构域编号 domain_id1gpuB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily970 — Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains
结构域编号 domain_id1gpuB03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily920 —
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8. 引用文献 (5)

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9. 文件与曲线 (10)