SAXSdb — 1gq1

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CYTOCHROME CD1 NITRITE REDUCTASE

PARACOCCUS PANTOTROPHUS

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	HEME C × 2 HEME D × 2 SULFATE ION × 8 GLYCEROL × 3 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NIRS_PARPN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–567； UniProt 30–596 作者链 B； PDB构建体 1–567； UniProt 30–596

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1gq1
沉积日期 deposition_date	2001-11-19
结构标题 title	CYTOCHROME CD1 NITRITE REDUCTASE, Y25S mutant, OXIDISED FORM
关键词 keywords	REDUCTASE, ENZYME, NITRITE REDUCTASE, OXIDOREDUCTASE, DENITRIFICATION, ELECTRON TRANSPORT, PERIPLASMIC; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1gq1__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1gq1__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1gq1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	33.05 Å
Rg（电子密度）	32.48 Å
总 Rg	32.92 Å
原子数	8920
残基数	1118
排除体积	157210 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1gq1__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	CYTOCHROME CD1 NITRITE REDUCTASE
分子量 formula_weight	62470.4 kDa
EC 编号 ec_number	1.9.3.2, 1.7.2.1
突变 mutation	YES
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	10317

QEQVAPPKDPAAALEDHKTRTDNRSEPSLDNLAQQDVAAPGAPEGVSALSDAQYNEANKIYFERCAGCHGVLRKGATGKALTPDLTRDLGFDYLQSFITYGSPAGMPNWGTSGELSAEQVDLMANYLLLDPAAPPEFGMKEMRESWKVHVAPEDRPTQQENDWDLENLFSVTLRDAGQIALIDGATYEIKSVLDTGYAVHISRLSASGRYLFVIGRDGKVNMIDLWMKEPTTVAEIKIGSEARSIETSKMEGWEDKYAIAGAYWPPQYVIMDGETLEPKKIQSTRGMTYDEQEYHPEPRVAAILASHYRPEFIVNVKETGKILLVDYTDLDNLKTTEISAERFLHDGGLDGSHRYFITAANARNKLVVIDTKEGKLVAIEDTGGQTPHPGRGANFVHPTFGPVWATSHMGDDSVALIGTDPEGHPDNAWKILDSFPALGGGSLFIKTHPNSQYLYVDATLNPEAEISGSVAVFDIKAMTGDGSDPEFKTLPIAEWAGITEGQPRVVQGEFNKDGTEVWFSVWNGKDQESALVVVDDKTLELKHVIKDERLVTPTGKFNVYNTMTDTY

来源 Source

来源生物 organism	PARACOCCUS PANTOTROPHUS
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	82367
宿主生物 host_organism	PARACOCCUS PANTOTROPHUS

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	HEME C
分子量 formula_weight	618.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	HEME D
分子量 formula_weight	712.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1354

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1gq1a1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.3 — Cytochrome c
超家族 Superfamily superfamily	a.3.1 — Cytochrome c
家族 Family family	a.3.1.2 — N-terminal (heme c) domain of cytochrome cd1-nitrite reductase

结构域编号 domain_id	d1gq1a2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.70 — 8-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.70.2 — C-terminal (heme d1) domain of cytochrome cd1-nitrite reductase
家族 Family family	b.70.2.1 — C-terminal (heme d1) domain of cytochrome cd1-nitrite reductase

结构域编号 domain_id	d1gq1b1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.3 — Cytochrome c
超家族 Superfamily superfamily	a.3.1 — Cytochrome c
家族 Family family	a.3.1.2 — N-terminal (heme c) domain of cytochrome cd1-nitrite reductase

结构域编号 domain_id	d1gq1b2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.70 — 8-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.70.2 — C-terminal (heme d1) domain of cytochrome cd1-nitrite reductase
家族 Family family	b.70.2.1 — C-terminal (heme d1) domain of cytochrome cd1-nitrite reductase

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1gq1A01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c-like domain

结构域编号 domain_id	1gq1A02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	140 — 8 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methanol Dehydrogenase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — C-terminal (heme d1) domain of cytochrome cd1-nitrite reductase

结构域编号 domain_id	1gq1B01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c-like domain

结构域编号 domain_id	1gq1B02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	140 — 8 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methanol Dehydrogenase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — C-terminal (heme d1) domain of cytochrome cd1-nitrite reductase

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晶胞边长 a length_a	106.797 Å
晶胞边长 b length_b	60.600 Å
晶胞边长 c length_c	100.340 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	112.33 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.400 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1590
R_free r_free	0.1750

CYTOCHROME CD1 NITRITE REDUCTASE, Y25S mutant, OXIDISED FORM

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CYTOCHROME CD1 NITRITE REDUCTASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1gq1__assembly_1__model_1

1gq1__assembly_1__model_1 | I(q)

1gq1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (2)

CYTOCHROME CD1 NITRITE REDUCTASE, Y25S mutant, OXIDISED FORM

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CYTOCHROME CD1 NITRITE REDUCTASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1gq1__assembly_1__model_1

1gq1__assembly_1__model_1 | I(q)

1gq1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (2)