1gql

Structure of Pseudomonas cellulosa alpha-D-glucuronidase complexed with glucuronic acid and xylotriose

Method: X-RAY DIFFRACTION

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ALPHA-D-GLUCURONIDASE

CELLVIBRIO JAPONICUS

UniProt Q8VP74

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 其他组合 同源多聚体 蛋白 2 其他聚合物 2 beta-D-xylopyranose-(1-1)-beta-D-xylopyranose × 2 beta-D-glucopyranuronic acid × 2 1,2-ETHANEDIOL × 11 COBALT (II) ION × 8 water × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q8VP74_9GAMM
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–708; UniProt 25–732 作者链 B; PDB构建体 1–708; UniProt 25–732

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1gql
沉积日期 deposition_date2001-11-26
结构标题 titleStructure of Pseudomonas cellulosa alpha-D-glucuronidase complexed with glucuronic acid and xylotriose
关键词 keywordsHYDROLASE, GLUCURONIDASE, (ALPHA-BETA)8 BARREL, GLYCOSIDE HYDROLASE, GLUCURONIC ACID, XYLOTRIOSE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1gql__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1gql__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

1gql__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)34.71 Å
Rg(电子密度)33.83 Å
总 Rg34.51 Å
原子数11362
残基数1401
排除体积200670 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 1gql__assembly_1__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd1gqla1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamilyc.1.8 — (Trans)glycosidases
家族 Family familyc.1.8.10 — alpha-D-glucuronidase/Hyaluronidase catalytic domain
结构域编号 domain_idd1gqla2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.92 — Zincin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.92.2 — beta-N-acetylhexosaminidase-like domain
家族 Family familyd.92.2.2 — alpha-D-glucuronidase, N-terminal domain
结构域编号 domain_idd1gqlb1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamilyc.1.8 — (Trans)glycosidases
家族 Family familyc.1.8.10 — alpha-D-glucuronidase/Hyaluronidase catalytic domain
结构域编号 domain_idd1gqlb2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.92 — Zincin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.92.2 — beta-N-acetylhexosaminidase-like domain
家族 Family familyd.92.2.2 — alpha-D-glucuronidase, N-terminal domain

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id1gqlA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology379 — Chitobiase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like
结构域编号 domain_id1gqlA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily80 — Glycosidases
结构域编号 domain_id1gqlA03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology1330 — Alpha-d-glucuronidase, C-terminal Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Alpha-glucuronidase, C-terminal domain
结构域编号 domain_id1gqlB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology379 — Chitobiase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like
结构域编号 domain_id1gqlB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily80 — Glycosidases
结构域编号 domain_id1gqlB03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology1330 — Alpha-d-glucuronidase, C-terminal Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Alpha-glucuronidase, C-terminal domain

7. 引用文献 (1)