SAXSdb — 1gsy

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GLUTATHIONE S-TRANSFERASE CLASS PI

物种未注明

UniProt P19157

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–209 链 B； UniProt 1–209	未记录	GSH Glutathione × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.44 Å
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–209 链 B； UniProt 1–209	未记录	GSH Glutathione × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.44 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1GSY	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BAY GLUTATHIONE S-TRANSFERASE YFYF CYS 47-CARBOXYMETHYLATED CLASS PI, FREE ENZYME 提交 1996-11-02	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–209（209 aa）链 B 1–209（209 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å R-free 0.236
1GLP 1.8 ANGSTROMS MOLECULAR STRUCTURE OF MOUSE LIVER CLASS PI GLUTATHIONE S-TRANSFERASE COMPLEXED WITH S-(P-NITROBENZYL)GLUTATHIONE AND OTHER INHIBITORS 提交 1994-03-07	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–209（209 aa）链 B 1–209（209 aa）	未记录	GTS GLUTATHIONE SULFONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.90 Å
1GLQ 1.8 ANGSTROMS MOLECULAR STRUCTURE OF MOUSE LIVER CLASS PI GLUTATHIONE S-TRANSFERASE COMPLEXED WITH S-(P-NITROBENZYL)GLUTATHIONE AND OTHER INHIBITORS 提交 1994-03-07	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–209（209 aa）链 B 1–209（209 aa）	未记录	GTB S-(P-NITROBENZYL)GLUTATHIONE × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.80 Å
1GTI MODIFIED GLUTATHIONE S-TRANSFERASE (PI) COMPLEXED WITH S (P-NITROBENZYL)GLUTATHIONE 提交 1998-01-09	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–209（209 aa）链 D 1–209（209 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GTB S-(P-NITROBENZYL)GLUTATHIONE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.4；pH 6.4	分辨率 3.00 Å R-free 0.277
1GTI MODIFIED GLUTATHIONE S-TRANSFERASE (PI) COMPLEXED WITH S (P-NITROBENZYL)GLUTATHIONE 提交 1998-01-09	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–209（209 aa）链 B 1–209（209 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GTB S-(P-NITROBENZYL)GLUTATHIONE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.4；pH 6.4	分辨率 3.00 Å R-free 0.277
1GTI MODIFIED GLUTATHIONE S-TRANSFERASE (PI) COMPLEXED WITH S (P-NITROBENZYL)GLUTATHIONE 提交 1998-01-09	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–209（209 aa）链 F 1–209（209 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GTB S-(P-NITROBENZYL)GLUTATHIONE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.4；pH 6.4	分辨率 3.00 Å R-free 0.277
2GLR MOLECULAR STRUCTURE AT 1.8 ANGSTROMS OF MOUSE LIVER CLASS PI GLUTATHIONE S-TRANSFERASE COMPLEXED WITH S-(P-NITROBENZYL)GLUTATHIONE AND OTHER INHIBITORS 提交 1994-05-04	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–209（209 aa）链 B 1–209（209 aa）	未记录	GTX S-HEXYLGLUTATHIONE × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å
2OA7 Mouse C14A Glutathione-S-Transferase Mutant in Complex with S-hexyl glutathione 提交 2006-12-15	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–209（209 aa）链 B 1–209（209 aa）	突变：C14A 突变：C14A	GTX S-HEXYLGLUTATHIONE × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å R-free 0.261
2OAC Mouse C14A Glutathione-S-Transferase Mutant in Complex with S-(p-nitrobenzyl) Glutathione 提交 2006-12-15	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–209（209 aa）链 B 1–209（209 aa）	突变：C14A 突变：C14A	GTB S-(P-NITROBENZYL)GLUTATHIONE × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å R-free 0.259
2OAD Structure of Glutathione-S-Transferase C169A Mutant 提交 2006-12-15	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–209（209 aa）链 B 1–209（209 aa）	突变：C169A 突变：C169A	GTB S-(P-NITROBENZYL)GLUTATHIONE × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å R-free 0.264
3O76 1.8 Angstroms molecular structure of mouse liver glutathione S-transferase mutant C47A complexed with S-(P-nitrobenzyl)glutathione 提交 2010-07-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–210（209 aa）链 B 2–210（209 aa）	突变：C47A 突变：C47A	GTB S-(P-NITROBENZYL)GLUTATHIONE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4；293 K；20% PEG 6000, 0.1 M sodium citrate, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 1.77 Å R-free 0.223
8C5D Glutathione transferase P1-1 from Mus musculus 提交 2023-01-06	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–210（210 aa）链 B 1–210（210 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2 GTB S-(P-NITROBENZYL)GLUTATHIONE × 2 NA SODIUM ION × 11 CA CALCIUM ION × 4 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；289 K；PEG 6000 20% (w/v), 0.2 M calcium chloride dihydrate, pH 8.0	分辨率 1.28 Å R-free 0.200

共 10 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GSTP1_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–209； UniProt 1–209 作者链 B； PDB构建体 1–209； UniProt 1–209

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1gsy
沉积日期 deposition_date	1996-10-25
结构标题 title	GLUTATHIONE S-TRANSFERASE YFYF, CLASS PI, COMPLEXED WITH GLUTATHIONE
关键词 keywords	TRANSFERASE, MULTIGENE FAMILY; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.19 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.17 Å
零角强度 I(0) i0	36896100.00
分子量 molecular_weight	47573.0 kDa
排除体积 excluded_volume	59826 Å³
包络体积 envelope_volume	69661 Å³
水化壳体积 shell_volume	26471 Å³
包络直径 envelope_diameter	67.2 Å
壳层 Rg shell_rg	28.59 Å
包络 Rg envelope_rg	21.21 Å
形状 Rg shape_rg	21.16 Å
总 Rg total_rg	22.09 Å
总原子数 total_atoms	3348
残基数 n_residues	418
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	65.4 Å
Rg (实空间) rg_real	22.00 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.29 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.6900e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.1180e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.03 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	36900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9102
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	28.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.092
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.526
角度范围 angular_range	— – 0.3600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	9630000.0000
实空间数据点数 n_real_points	68
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.952; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.978; Smooth: 0.995

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1gsya1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.45 — GST C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.45.1 — GST C-terminal domain-like
家族 Family family	a.45.1.1 — Glutathione S-transferase (GST), C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1gsya2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamily	c.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family family	c.47.1.5 — Glutathione S-transferase (GST), N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1gsyb1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.45 — GST C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.45.1 — GST C-terminal domain-like
家族 Family family	a.45.1.1 — Glutathione S-transferase (GST), C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1gsyb2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamily	c.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family family	c.47.1.5 — Glutathione S-transferase (GST), N-terminal domain

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1gsyA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutaredoxin

结构域编号 domain_id	1gsyA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1gsyB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutaredoxin

结构域编号 domain_id	1gsyB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	142.680 Å
晶胞边长 b length_b	162.570 Å
晶胞边长 c length_c	63.320 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.440 Å
最低分辨率 resolution_low	8.000 Å
R 因子 r_factor	0.1940
R_work r_work	0.1940
R_free r_free	—

描述 description	GLUTATHIONE S-TRANSFERASE CLASS PI
分子量 formula_weight	23504.0 kDa
EC 编号 ec_number	2.5.1.18
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3479

GLUTATHIONE S-TRANSFERASE YFYF, CLASS PI, COMPLEXED WITH GLUTATHIONE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GLUTATHIONE S-TRANSFERASE CLASS PI

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

描述 description	GLUTATHIONE
分子量 formula_weight	307.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	131

fit	/app/data/saxs_computation/gs/1gsy/1gsy.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gs/1gsy/1gsy.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gs/1gsy/1gsy.dat