1gvh

The X-ray structure of ferric Escherichia coli flavohemoglobin reveals an unespected geometry of the distal heme pocket

Method: X-RAY DIFFRACTION

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

FLAVOHEMOPROTEIN

物种未注明

UniProt P24232

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 12 FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 12 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 12 SODIUM ION × 24 CHLORIDE ION × 12 water × 12 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HMPA_ECOLI
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–396; UniProt 1–396

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1gvh
沉积日期 deposition_date2002-02-13
结构标题 titleThe X-ray structure of ferric Escherichia coli flavohemoglobin reveals an unespected geometry of the distal heme pocket
关键词 keywordsOXIDOREDUCTASE, NADP, HEME, FLAVOPROTEIN, FAD, IRON TRANSPOR; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1gvh__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1gvh__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 109 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

1gvh__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)65.29 Å
Rg(电子密度)64.20 Å
总 Rg64.25 Å
原子数38352
残基数4752
排除体积678780 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 1gvh__assembly_1__model_1 dodecameric (12) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd1gvha1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamilya.1.1 — Globin-like
家族 Family familya.1.1.2 — Globins
结构域编号 domain_idd1gvha2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.43 — Reductase/isomerase/elongation factor common domain
超家族 Superfamily superfamilyb.43.4 — Riboflavin synthase domain-like
家族 Family familyb.43.4.2 — Ferredoxin reductase FAD-binding domain-like
结构域编号 domain_idd1gvha3
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.25 — Ferredoxin reductase-like, C-terminal NADP-linked domain
超家族 Superfamily superfamilyc.25.1 — Ferredoxin reductase-like, C-terminal NADP-linked domain
家族 Family familyc.25.1.5 — Flavohemoglobin, C-terminal domain

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id1gvhA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Globins
结构域编号 domain_id1gvhA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Translation factors
结构域编号 domain_id1gvhA03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily80 — Nucleotide-binding domain of ferredoxin-NADP reductase (FNR) module

7. 引用文献 (1)