1gxd

proMMP-2/TIMP-2 complex

Method: X-RAY DIFFRACTION

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

72 KDA TYPE IV COLLAGENASE

HOMO SAPIENS

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	METALLOPROTEINASE INHIBITOR 2 × 1 （P16035） SULFATE ION × 1 ZINC ION × 2 CALCIUM ION × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	METALLOPROTEINASE INHIBITOR 2 × 1 （P16035） SULFATE ION × 1 ZINC ION × 2 CALCIUM ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MM02_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–631； UniProt 30–660 作者链 B； PDB构建体 1–631； UniProt 30–660

METALLOPROTEINASE INHIBITOR 2

HOMO SAPIENS

UniProt P16035

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	72 KDA TYPE IV COLLAGENASE × 1 （P08253） SULFATE ION × 1 ZINC ION × 2 CALCIUM ION × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	72 KDA TYPE IV COLLAGENASE × 1 （P08253） SULFATE ION × 1 ZINC ION × 2 CALCIUM ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TIM2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–194； UniProt 27–220 作者链 D； PDB构建体 1–194； UniProt 27–220

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1gxd
沉积日期 deposition_date	2002-04-02
结构标题 title	proMMP-2/TIMP-2 complex
关键词 keywords	;HYDROLASE, METALLOPROTEASE, ZYMOGEN, COLLAGEN DEGRADATION, EXTRACELLULAR MATRIX, GELATINASE A, MATRIX METALLOPROTEINASE 2, PROTEINASE INHIBITOR ;; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1gxd__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1gxd__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1gxd__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	36.80 Å
Rg（电子密度）	36.80 Å
总 Rg	37.14 Å
原子数	6475
残基数	816
排除体积	114680 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1gxd__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1gxd__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	72 KDA TYPE IV COLLAGENASE
分子量 formula_weight	70995.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.24.24
突变 mutation	YES
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	12945

APSPIIKFPGDVAPKTDKELAVQYLNTFYGCPKESCNLFVLKDTLKKMQKFFGLPQTGDLDQNTIETMRKPRCGNPDVANYNFFPRKPKWDKNQITYRIIGYTPDLDPETVDDAFARAFQVWSDVTPLRFSRIHDGEADIMINFGRWEHGDGYPFDGKDGLLAHAFAPGTGVGGDSHFDDDELWTLGEGQVVRVKYGNADGEYCKFPFLFNGKEYNSCTDTGRSDGFLWCSTTYNFEKDGKYGFCPHEALFTMGGNAEGQPCKFPFRFQGTSYDSCTTEGRTDGYRWCGTTEDYDRDKKYGFCPETAMSTVGGNSEGAPCVFPFTFLGNKYESCTSAGRSDGKMWCATTANYDDDRKWGFCPDQGYSLFLVAAHAFGHAMGLEHSQDPGALMAPIYTYTKNFRLSQDDIKGIQELYGASPDIDLGTGPTPTLGPVTPEICKQDIVFDGIAQIRGEIFFFKDRFIWRTVTPRDKPMGPLLVATFWPELPEKIDAVYEAPQEEKAVFFAGNEYWIYSASTLERGYPKPLTSLGLPPDVQRVDAAFNWSKNKKTYIFAGDKFWRYNEVKKKMDPGFPKLIADAWNAIPDNLDAVVDLQGGGHSYFFKGAYYLKLENQSLKSVKFGSIKSDWLGC

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	TRICHOPLUSIA NI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	METALLOPROTEINASE INHIBITOR 2
分子量 formula_weight	21783.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

CSCSPVHPQQAFCNADVVIRAKAVSEKEVDSGNDIYGNPIKRIQYEIKQIKMFKGPEKDIEFIYTAPSSAVCGVSLDVGGKKEYLIAGKAEGDGKMHITLCDFIVPWDTLSTTQKKSLNHRYQMGCECKITRCPMIPCYISSPDECLWMDWVTEKNINGHQAKFFACIKRSDGSCAWYRGAAPPKQEFLDIEDP

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	TRICHOPLUSIA NI

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 28 domains

SCOP 2.08 (14 domains)

结构域编号 domain_id	d1gxda1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.20 — PGBD-like
超家族 Superfamily superfamily	a.20.1 — PGBD-like
家族 Family family	a.20.1.2 — MMP N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1gxda2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.66 — 4-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.66.1 — Hemopexin-like domain
家族 Family family	b.66.1.1 — Hemopexin-like domain

结构域编号 domain_id	d1gxda3
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.92 — Zincin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.92.1 — Metalloproteases ('zincins'), catalytic domain
家族 Family family	d.92.1.11 — Matrix metalloproteases, catalytic domain

结构域编号 domain_id	d1gxda4
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.14 — Kringle-like
超家族 Superfamily superfamily	g.14.1 — Kringle-like
家族 Family family	g.14.1.2 — Fibronectin type II module

结构域编号 domain_id	d1gxda5
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.14 — Kringle-like
超家族 Superfamily superfamily	g.14.1 — Kringle-like
家族 Family family	g.14.1.2 — Fibronectin type II module

结构域编号 domain_id	d1gxda6
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.14 — Kringle-like
超家族 Superfamily superfamily	g.14.1 — Kringle-like
家族 Family family	g.14.1.2 — Fibronectin type II module

结构域编号 domain_id	d1gxdb1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.20 — PGBD-like
超家族 Superfamily superfamily	a.20.1 — PGBD-like
家族 Family family	a.20.1.2 — MMP N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1gxdb2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.66 — 4-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.66.1 — Hemopexin-like domain
家族 Family family	b.66.1.1 — Hemopexin-like domain

结构域编号 domain_id	d1gxdb3
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.92 — Zincin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.92.1 — Metalloproteases ('zincins'), catalytic domain
家族 Family family	d.92.1.11 — Matrix metalloproteases, catalytic domain

结构域编号 domain_id	d1gxdb4
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.14 — Kringle-like
超家族 Superfamily superfamily	g.14.1 — Kringle-like
家族 Family family	g.14.1.2 — Fibronectin type II module

结构域编号 domain_id	d1gxdb5
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.14 — Kringle-like
超家族 Superfamily superfamily	g.14.1 — Kringle-like
家族 Family family	g.14.1.2 — Fibronectin type II module

结构域编号 domain_id	d1gxdb6
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.14 — Kringle-like
超家族 Superfamily superfamily	g.14.1 — Kringle-like
家族 Family family	g.14.1.2 — Fibronectin type II module

结构域编号 domain_id	d1gxdc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.3 — TIMP-like
家族 Family family	b.40.3.1 — Tissue inhibitor of metalloproteinases, TIMP

结构域编号 domain_id	d1gxdd_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.3 — TIMP-like
家族 Family family	b.40.3.1 — Tissue inhibitor of metalloproteinases, TIMP

CATH v4.4 (14 domains)

结构域编号 domain_id	1gxdA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	390 — Collagenase (Catalytic Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Collagenase (Catalytic Domain)

结构域编号 domain_id	1gxdA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	10 — Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Fibronectin, type II, collagen-binding

结构域编号 domain_id	1gxdA03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	10 — Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Fibronectin, type II, collagen-binding

结构域编号 domain_id	1gxdA04
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	10 — Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Fibronectin, type II, collagen-binding

结构域编号 domain_id	1gxdA05
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	110 — 4 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Hemopexin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hemopexin-like domain

结构域编号 domain_id	1gxdB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	390 — Collagenase (Catalytic Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Collagenase (Catalytic Domain)

结构域编号 domain_id	1gxdB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	10 — Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Fibronectin, type II, collagen-binding

结构域编号 domain_id	1gxdB03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	10 — Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Fibronectin, type II, collagen-binding

结构域编号 domain_id	1gxdB04
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	10 — Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Fibronectin, type II, collagen-binding

结构域编号 domain_id	1gxdB05
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	110 — 4 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Hemopexin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hemopexin-like domain

结构域编号 domain_id	1gxdC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	370 — Tissue inhibitor of metalloproteinase-1. Chain B, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tissue inhibitor of metalloproteinase-1. Chain B, domain 1

结构域编号 domain_id	1gxdC02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

结构域编号 domain_id	1gxdD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	370 — Tissue inhibitor of metalloproteinase-1. Chain B, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tissue inhibitor of metalloproteinase-1. Chain B, domain 1

结构域编号 domain_id	1gxdD02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

▶

晶胞边长 a length_a	75.696 Å
晶胞边长 b length_b	374.575 Å
晶胞边长 c length_c	191.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.100 Å
最低分辨率 resolution_low	8.000 Å
R 因子 r_factor	0.2780
R_work r_work	0.2750
R_free r_free	0.3330

proMMP-2/TIMP-2 complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

72 KDA TYPE IV COLLAGENASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

METALLOPROTEINASE INHIBITOR 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1gxd__assembly_1__model_1

1gxd__assembly_1__model_1 | I(q)

1gxd__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 28 domains

SCOP 2.08 (14 domains)

CATH v4.4 (14 domains)

7. 引用文献 (1)

proMMP-2/TIMP-2 complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

72 KDA TYPE IV COLLAGENASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

METALLOPROTEINASE INHIBITOR 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1gxd__assembly_1__model_1

1gxd__assembly_1__model_1 | I(q)

1gxd__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 28 domains

SCOP 2.08 (14 domains)

CATH v4.4 (14 domains)

7. 引用文献 (1)