SAXSdb — 1gxs

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

P-(S)-HYDROXYMANDELONITRILE LYASE CHAIN A

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	同源多聚体	蛋白 4 其他聚合物 2	beta-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 BENZOIC ACID × 2 DECANOIC ACID × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HNLS_SORBI
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–270； UniProt 56–325 作者链 C； PDB构建体 1–270； UniProt 56–325 作者链 B； PDB构建体 1–158； UniProt 338–495 作者链 D； PDB构建体 1–158； UniProt 338–495

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1gxs
沉积日期 deposition_date	2002-04-11
结构标题 title	Crystal Structure of Hydroxynitrile Lyase from Sorghum bicolor in Complex with Inhibitor Benzoic Acid: a novel cyanogenic enzyme
关键词 keywords	LYASE, INHIBITOR COMPLEX, CYANOGENESIS MECHANISM; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1gxs__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1gxs__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1gxs__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	31.56 Å
Rg（电子密度）	30.94 Å
总 Rg	31.48 Å
原子数	6894
残基数	850
排除体积	121720 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1gxs__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	P-(S)-HYDROXYMANDELONITRILE LYASE CHAIN A
分子量 formula_weight	30395.6 kDa
EC 编号 ec_number	4.1.2.11
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	7225

QLQQQEDDRILGLPGQPNGVAFGMYGGYVTIDDNNGRALYYWFQEADTADPAAAPLVLWLNGGPGCSSIGLGAMQELGAFRVHTNGESLLLNEYAWNKAANILFAESPAGVGFSYSNTSSDLSMGDDKMAQDTYTFLVKWFERFPHYNYREFYIAGESGHFIPQLSQVVYRNRNNSPFINFQGLLVSSGLTNDHEDMIGMFESWWHHGLISDETRDSGLKVCPGTSFMHPTPECTEVWNKALAEQGNINPYTIYTPTCDREPSPYQRRFW

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	P-(S)-HYDROXYMANDELONITRILE LYASE CHAIN B
分子量 formula_weight	17713.1 kDa
EC 编号 ec_number	4.1.2.11
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

LPPYDPCAVFNSINYLNLPEVQTALHANVSGIVEYPWTVCSNTIFDQWGQAADDLLPVYRELIQAGLRVWVYSGDTDSVVPVSSTRRSLAALELPVKTSWYPWYMAPTEREVGGWSVQYEGLTYVTVRGAGHLVPVHRPAQAFLLFKQFLKGEPMPAE

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	beta-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	570.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	BENZOIC ACID
分子量 formula_weight	122.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	DECANOIC ACID
分子量 formula_weight	172.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	331

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1gxs.1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.69 — alpha/beta-Hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.69.1 — alpha/beta-Hydrolases
家族 Family family	c.69.1.5 — Serine carboxypeptidase-like

结构域编号 domain_id	d1gxs.2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.69 — alpha/beta-Hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.69.1 — alpha/beta-Hydrolases
家族 Family family	c.69.1.5 — Serine carboxypeptidase-like

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	1gxsA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1820 — Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain

结构域编号 domain_id	1gxsB01
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	940 —

结构域编号 domain_id	1gxsB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11320 —

结构域编号 domain_id	1gxsC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1820 — Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain

结构域编号 domain_id	1gxsD01
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	940 —

结构域编号 domain_id	1gxsD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11320 —

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晶胞边长 a length_a	150.700 Å
晶胞边长 b length_b	103.700 Å
晶胞边长 c length_c	90.600 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	101.30 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	8.000 Å
R 因子 r_factor	0.1650
R_work r_work	0.1650
R_free r_free	0.2220

Crystal Structure of Hydroxynitrile Lyase from Sorghum bicolor in Complex with Inhibitor Benzoic Acid: a novel cyanogenic enzyme

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

P-(S)-HYDROXYMANDELONITRILE LYASE CHAIN A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1gxs__assembly_1__model_1

1gxs__assembly_1__model_1 | I(q)

1gxs__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal Structure of Hydroxynitrile Lyase from Sorghum bicolor in Complex with Inhibitor Benzoic Acid: a novel cyanogenic enzyme

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

P-(S)-HYDROXYMANDELONITRILE LYASE CHAIN A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1gxs__assembly_1__model_1

1gxs__assembly_1__model_1 | I(q)

1gxs__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)