SAXSdb — 1gzb

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PEROXIDASE

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合单体蛋白 × 1 其他聚合物 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 21–364	未记录	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 2 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 4.5；pH 4.5	分辨率 1.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1GZB	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1ARP Crystal structure of the fungal peroxidase from Arthromyces ramosus at 1.9 angstroms resolution: structural comparisons with the lignin and cytochrome C peroxidases 提交 1993-06-18	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 21–364（344 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.90 Å
1ARU CRYSTAL STRUCTURES OF CYANIDE-AND TRIIODIDE-BOUND FORMS OF ARTHROMYCES RAMOSUS PEROXIDASE AT DIFFERENT PH VALUES. PERTURBATIONS OF ACTIVE SITE RESIDUES AND THEIR IMPLICATION IN ENZYME CATALYSIS 提交 1995-04-25	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 21–364（344 aa）	未记录	CYN CYANIDE ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5	分辨率 1.60 Å
1ARV CRYSTAL STRUCTURES OF CYANIDE-AND TRIIODIDE-BOUND FORMS OF ARTHROMYCES RAMOSUS PEROXIDASE AT DIFFERENT PH VALUES. PERTURBATIONS OF ACTIVE SITE RESIDUES AND THEIR IMPLICATION IN ENZYME CATALYSIS 提交 1995-04-25	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 21–364（344 aa）	未记录	CYN CYANIDE ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5；pH 5.0	分辨率 1.60 Å
1ARW CRYSTAL STRUCTURES OF CYANIDE-AND TRIIODIDE-BOUND FORMS OF ARTHROMYCES RAMOSUS PEROXIDASE AT DIFFERENT PH VALUES. PERTURBATIONS OF ACTIVE SITE RESIDUES AND THEIR IMPLICATION IN ENZYME CATALYSIS 提交 1995-04-25	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 21–364（344 aa）	未记录	CYN CYANIDE ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4；pH 4.0	分辨率 1.60 Å
1ARX CRYSTAL STRUCTURES OF CYANIDE-AND TRIIODIDE-BOUND FORMS OF ARTHROMYCES RAMOSUS PEROXIDASE AT DIFFERENT PH VALUES. PERTURBATIONS OF ACTIVE SITE RESIDUES AND THEIR IMPLICATION IN ENZYME CATALYSIS 提交 1995-04-25	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 21–364（344 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 IOD IODIDE ION × 7 K POTASSIUM ION × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5	分辨率 1.90 Å
1ARY CRYSTAL STRUCTURES OF CYANIDE-AND TRIIODIDE-BOUND FORMS OF ARTHROMYCES RAMOSUS PEROXIDASE AT DIFFERENT PH VALUES. PERTURBATIONS OF ACTIVE SITE RESIDUES AND THEIR IMPLICATION IN ENZYME CATALYSIS 提交 1995-04-25	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 21–364（344 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 IOD IODIDE ION × 7 K POTASSIUM ION × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5；pH 5.0	分辨率 1.90 Å
1C8I BINDING MODE OF HYDROXYLAMINE TO ARTHROMYCES RAMOSUS PEROXIDASE 提交 2000-05-08	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 21–364（344 aa）	未记录	BMA beta-D-mannopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 2 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 HOA HYDROXYAMINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；pH 5.6	分辨率 2.00 Å R-free 0.223
1CK6 BINDING MODE OF SALICYLHYDROXAMIC ACID TO ARTHROMYCES RAMOSUS PEROXIDASE 提交 1999-04-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–364（329 aa）	未记录	BMA beta-D-mannopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 2 SHA SALICYLHYDROXAMIC ACID × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；pH 5.5	分辨率 1.90 Å R-free 0.228
1GZA PEROXIDASE 提交 1996-11-13	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 21–364（344 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 IOD IODIDE ION × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；pH 5.5	分辨率 2.06 Å
1HSR BINDING MODE OF BENZHYDROXAMIC ACID TO ARTHROMYCES RAMOSUS PEROXIDASE 提交 1997-07-01	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 21–364（344 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 BHO BENZHYDROXAMIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；pH 5.5	分辨率 1.60 Å
2E39 Crystal structure of the CN-bound form of Arthromyces ramosus peroxidase at 1.3 Angstroms resolution 提交 2006-11-22	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 21–364（344 aa）	未记录	MAN alpha-D-mannopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 2 CYN CYANIDE ION × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICRODIALYSIS；pH 7.5；297 K；37% saturated ammonium sulfate, Tris-HCl, pH 7.5, MICRODIALYSIS, temperature 297K	分辨率 1.30 Å R-free 0.203
2E3A Crystal structure of the NO-bound form of Arthromyces ramosus peroxidase at 1.3 Angstroms resolution 提交 2006-11-22	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 21–364（344 aa）	未记录	MAN alpha-D-mannopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 2 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 NO NITRIC OXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICRODIALYSIS；pH 7.5；297 K；37% saturated ammonium sulfate, Tris-HCl, pH 7.5, MICRODIALYSIS, temperature 297K	分辨率 1.30 Å R-free 0.201
2E3B Crystal structure of the HA-bound form of Arthromyces ramosus peroxidase at 1.3 Angstroms resolution 提交 2006-11-22	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 21–364（344 aa）	未记录	MAN alpha-D-mannopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 2 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 HOA HYDROXYAMINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICRODIALYSIS；pH 7.5；297 K；37% saturated ammonium sulfate, Tris-HCl, pH 7.5, MICRODIALYSIS, temperature 297K	分辨率 1.30 Å R-free 0.199

共 13 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PER_ARTRA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–344； UniProt 21–364

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1gzb
沉积日期 deposition_date	1996-11-13
结构标题 title	PEROXIDASE
关键词 keywords	OXIDOREDUCTASE, GLYCOPROTEIN, PEROXIDASE, HEME; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.56 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.47 Å
零角强度 I(0) i0	23672000.00
分子量 molecular_weight	36222.0 kDa
排除体积 excluded_volume	44852 Å³
包络体积 envelope_volume	50303 Å³
水化壳体积 shell_volume	21467 Å³
包络直径 envelope_diameter	66.8 Å
壳层 Rg shell_rg	26.17 Å
包络 Rg envelope_rg	19.75 Å
形状 Rg shape_rg	19.47 Å
总 Rg total_rg	20.32 Å
总原子数 total_atoms	2538
残基数 n_residues	336
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	65.1 Å
Rg (实空间) rg_real	20.47 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.32 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.3670e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.1110e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.49 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	23670000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8963
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.246
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.353
角度范围 angular_range	— – 0.3850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6122000.0000
实空间数据点数 n_real_points	70
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.885; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.995

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PEROXIDASE
分子量 formula_weight	35722.8 kDa
EC 编号 ec_number	1.11.1.7
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2823

QGPGGGGGSVTCPGGQSTSNSQCCVWFDVLDDLQTNFYQGSKCESPVRKILRIVFHDAIGFSPALTAAGQFGGGGADGSIIAHSNIELAFPANGGLTDTIEALRAVGINHGVSFGDLIQFATAVGMSNCPGSPRLEFLTGRSNSSQPSPPSLIPGPGNTVTAILDRMGDAGFSPDEVVDLLAAHSLASQEGLNSAIFRSPLDSTPQVFDTQFYIETLLKGTTQPGPSLGFAEELSPFPGEFRMRSDALLARDSRTACRWQSMTSSNEVMGQRYRAAMAKMSVLGFDRNALTDCSDVIPSAVSNNAAPVIPGGLTVDDIEVSCPSEPFPEIATASGPLPSLAPAP

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	285

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1gzba_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.93 — Heme-dependent peroxidases
超家族 Superfamily superfamily	a.93.1 — Heme-dependent peroxidases
家族 Family family	a.93.1.1 — CCP-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1gzbA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	520 — Peroxidase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1gzbA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	420 — Peroxidase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Peroxidase, domain 2

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8. 引用文献 (4)

▶

晶胞边长 a length_a	74.570 Å
晶胞边长 b length_b	74.570 Å
晶胞边长 c length_c	117.470 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 42 21 2
空间群编号 int_tables_number	94
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	7.000 Å
R 因子 r_factor	0.1880
R_work r_work	0.1880
R_free r_free	—

fit	/app/data/saxs_computation/gz/1gzb/1gzb.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gz/1gzb/1gzb.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gz/1gzb/1gzb.dat

PEROXIDASE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PEROXIDASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (4)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)