SAXSdb — 1h0a

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

EPSIN

RATTUS NORVEGICUS

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–158	片段：ENTH DOMAIN, RESIDUES 1-158	DIO 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 5 I3P D-MYO-INOSITOL-1,4,5-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.4；35-38% DIOXANE, pH 7.40	分辨率 1.70 Å R-free 0.228

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1H0A	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1EDU CRYSTAL STRUCTURE OF THE ENTH DOMAIN OF RAT EPSIN 1 提交 2000-01-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 12–160（149 aa）片段：N-TERMINAL FRAGMENT	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；PEG 4000, Na-HEPES, ethylene glycol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 20K	分辨率 1.80 Å R-free 0.224
1EYH CRYSTAL STRUCTURE OF THE EPSIN N-TERMINAL HOMOLOGY (ENTH) DOMAIN AT 1.56 ANGSTROM RESOLUTION 提交 2000-05-06	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 15–158（144 aa）片段：ENTH DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；30% PEG 4000, 100mM Tris-HCl pH 8.5, 0.2M MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 20K	分辨率 1.56 Å R-free 0.226
1KY6 AP-2 CLATHRIN ADAPTOR ALPHA-APPENDAGE IN COMPLEX WITH EPSIN DPW PEPTIDE 提交 2002-02-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 P 375–381（7 aa）片段：RESIDUES 375-381	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å R-free 0.245

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	O88339
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–158； UniProt 1–158

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1h0a
沉积日期 deposition_date	2002-06-12
结构标题 title	Epsin ENTH bound to Ins(1,4,5)P3
关键词 keywords	ENDOCYTOSIS, EPSIN, ENTH, CLATHRIN, TRISKELION, COATED VESICLES, ALPHA-ALPHA SUPERHELIX, INS(1, 4, 5)P3; ENDOCYTOSIS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	17.50 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	16.49 Å
零角强度 I(0) i0	7647300.00
分子量 molecular_weight	19234.0 kDa
排除体积 excluded_volume	23709 Å³
包络体积 envelope_volume	28191 Å³
水化壳体积 shell_volume	14661 Å³
包络直径 envelope_diameter	57.2 Å
壳层 Rg shell_rg	22.12 Å
包络 Rg envelope_rg	16.95 Å
形状 Rg shape_rg	16.48 Å
总 Rg total_rg	17.48 Å
总原子数 total_atoms	1340
残基数 n_residues	158
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	58.0 Å
Rg (实空间) rg_real	17.44 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.31 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.6470e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.8110e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	17.45 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	7647000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8901
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	20.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.233
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.399
角度范围 angular_range	— – 0.4550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1305000.0000
实空间数据点数 n_real_points	76
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.860; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.988; Smooth: 0.999

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	EPSIN
分子量 formula_weight	18416.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1611

MSTSSLRRQMKNIVHNYSEAEIKVREATSNDPWGPSSSLMSEIADLTYNVVAFSEIMSMIWKRLNDHGKNWRHVYKAMTLMEYLIKTGSERVSQQCKENMYAVQTLKDFQYVDRDGKDQGVNVREKAKQLVALLRDEDRLREERAHALKTKEKLAQTA

来源 Source

来源生物 organism	RATTUS NORVEGICUS
通用名 common_name	RAT
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	1,4-DIETHYLENE DIOXIDE
分子量 formula_weight	88.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	D-MYO-INOSITOL-1,4,5-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	420.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	204

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1h0aa_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.9 — ENTH/VHS domain
家族 Family family	a.118.9.1 — ENTH domain

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1h0aA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	41.209 Å
晶胞边长 b length_b	95.823 Å
晶胞边长 c length_c	118.151 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	I 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	23
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.700 Å
最低分辨率 resolution_low	74.540 Å
R 因子 r_factor	0.1890
R_work r_work	0.1850
R_free r_free	0.2280

fit	/app/data/saxs_computation/h0/1h0a/1h0a.fit
pddf	/app/data/pr_computation/h0/1h0a/1h0a.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/h0/1h0a/1h0a.dat

Epsin ENTH bound to Ins(1,4,5)P3

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

EPSIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction