1h0h

Tungsten containing Formate Dehydrogenase from Desulfovibrio Gigas

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

FORMATE DEHYDROGENASE SUBUNIT ALPHA

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	FORMATE DEHYDROGENASE SUBUNIT BETA × 1 （Q8GC87） TUNGSTEN ION × 1 ;GUANYLATE-O'-PHOSPHORIC ACID MONO-(2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-4-OXO-3,5,6,7,8A,9,10,10A-OCTAHYDRO-4H-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-7-YLMETHYL) ESTER ; × 1 2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-7-METHYL-3,7,8A,9-TETRAHYDRO-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-4-ONE GUANOSINE DINUCLEOTIDE × 1 UNKNOWN ATOM OR ION × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 4 CALCIUM ION × 1 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	FORMATE DEHYDROGENASE SUBUNIT BETA × 1 （Q8GC87） TUNGSTEN ION × 1 ;GUANYLATE-O'-PHOSPHORIC ACID MONO-(2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-4-OXO-3,5,6,7,8A,9,10,10A-OCTAHYDRO-4H-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-7-YLMETHYL) ESTER ; × 1 2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-7-METHYL-3,7,8A,9-TETRAHYDRO-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-4-ONE GUANOSINE DINUCLEOTIDE × 1 UNKNOWN ATOM OR ION × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 4 CALCIUM ION × 1 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FDHA_DESGI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–977； UniProt 36–1012 作者链 K； PDB构建体 1–977； UniProt 36–1012

FORMATE DEHYDROGENASE SUBUNIT BETA

物种未注明

UniProt Q8GC87

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	FORMATE DEHYDROGENASE SUBUNIT ALPHA × 1 （Q934F5） TUNGSTEN ION × 1 ;GUANYLATE-O'-PHOSPHORIC ACID MONO-(2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-4-OXO-3,5,6,7,8A,9,10,10A-OCTAHYDRO-4H-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-7-YLMETHYL) ESTER ; × 1 2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-7-METHYL-3,7,8A,9-TETRAHYDRO-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-4-ONE GUANOSINE DINUCLEOTIDE × 1 UNKNOWN ATOM OR ION × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 4 CALCIUM ION × 1 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	FORMATE DEHYDROGENASE SUBUNIT ALPHA × 1 （Q934F5） TUNGSTEN ION × 1 ;GUANYLATE-O'-PHOSPHORIC ACID MONO-(2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-4-OXO-3,5,6,7,8A,9,10,10A-OCTAHYDRO-4H-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-7-YLMETHYL) ESTER ; × 1 2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-7-METHYL-3,7,8A,9-TETRAHYDRO-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-4-ONE GUANOSINE DINUCLEOTIDE × 1 UNKNOWN ATOM OR ION × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 4 CALCIUM ION × 1 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FDHB_DESGI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–214； UniProt 2–215 作者链 L； PDB构建体 1–214； UniProt 2–215

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1h0h
沉积日期 deposition_date	2002-06-19
结构标题 title	Tungsten containing Formate Dehydrogenase from Desulfovibrio Gigas
关键词 keywords	ELECTRON TRANSPORT, TUNGSTEN SELENIUM FORMATE DEHYDROGENASE, SELENOCYSTEINE, MOLYBDOPTERIN, MGD, IRON-SULPHUR CLUSTER, PERIPLASMIC; ELECTRON TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1h0h__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	排除	—	—
	排除原因：来源记录无法明确判定原子或离子的元素，因此不能可靠计算。
2	1	`1h0h__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	排除	—	—
	排除原因：来源记录无法明确判定原子或离子的元素，因此不能可靠计算。

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	FORMATE DEHYDROGENASE SUBUNIT ALPHA
分子量 formula_weight	109900.9 kDa
EC 编号 ec_number	1.2.1.2
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,K
原子数 atom_count	21055

ATMALKTVDAKQTTSVCCYCSVGCGLIVHTDKKTNRAINVEGDPDHPINEGSLCAKGASTWQLAENERRPANPLYRAPGSDQWEEKSWDWMLDTIAERVAKTREATFVTKNAKGQVVNRCDGIASVGSAAMDNEECWIYQAWLRSLGLFYIEHQARIUHSATVAALAESYGRGAMTNHWIDLKNSDVILMMGSNPAENHPISFKWVMRAKDKGATLIHVDPRYTRTSTKCDLYAPLRSGSDIAFLNGMTKYILEKELYFKDYVVNYTNASFIVGEGFAFEEGLFAGYNKETRKYDKSKWGFERDENGNPKRDETLKHPRCVFQIMKKHYERYDLDKISAICGTPKELILKVYDAYCATGKPDKAGTIMYAMGWTQHTVGVQNIRAMSINQLLLGNIGVAGGGVNALRGEANVQGSTDHGLLMHIYPGYLGTARASIPTYEEYTKKFTPVSKDPQSANWWSNFPKYSASYIKSMWPDADLNEAYGYLPKGEDGKDYSWLTLFDDMFQGKIKGFFAWGQNPACSGANSNKTREALTKLDWMVNVNIFDNETGSFWRGPDMDPKKIKTEVFFLPCAVAIEKEGSISNSGRWMQWRYVGPEPRKNAIPDGDLIVELAKRVQKLLAKTPGKLAAPVTKLKTDYWVNDHGHFDPHKIAKLINGFALKDFKVGDVEYKAGQQIATFGHLQADGSTTSGCWIYTGSYTEKGNMAARRDKTQTDMQAKIGLYPGWTWAWPVNRRIIYNRASVDLNGKPYAPEKAVVEWNAAEKKWVGDVPDGPWPPQADKEKGKRAFIMKPEGYAYLYGPGREDGPLPEYYEPMECPVIEHPFSKTLHNPTALHFATEEKAVCDPRYPFICSTYRVTEHWQTGLMTRNTPWLLEAEPQMFCEMSEELATLRGIKNGDKVILESVRGKLWAKAIITKRIKPFAIQGQQVHMVGIPWHYGWSFPKNGGDAANILTPSVGNPNTGIPETKAFMVNVTKA

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	FORMATE DEHYDROGENASE SUBUNIT BETA
分子量 formula_weight	23881.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,L

SKGFFVDTTRCTACRGCQVACKQWHGNPATPTENTGFHQNPPDFNFHTYKLVRMHEQEIDGRIDWLFFPDQCRHCIAPPCKATADMEDESAIIHDDATGCVLFTPKTKDLEDYESVISACPYDVPRKVAESNQMAKCDMCIDRITNGLRPACVTSCPTGAMNFGDLSEMEAMASARLAEIKAAYSDAKLCDPDDVRVIFLTAHNPKLYHEYAVA

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	TUNGSTEN ION
分子量 formula_weight	183.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	;GUANYLATE-O'-PHOSPHORIC ACID MONO-(2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-4-OXO-3,5,6,7,8A,9,10,10A-OCTAHYDRO-4H-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-7-YLMETHYL) ESTER ;
分子量 formula_weight	742.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-7-METHYL-3,7,8A,9-TETRAHYDRO-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-4-ONE GUANOSINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	740.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	UNKNOWN ATOM OR ION
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	238.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 10 Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1708

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d1h0ha1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.52 — Double psi beta-barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.52.2 — ADC-like
家族 Family family	b.52.2.2 — Formate dehydrogenase/DMSO reductase, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1h0ha2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.81 — Formate dehydrogenase/DMSO reductase, domains 1-3
超家族 Superfamily superfamily	c.81.1 — Formate dehydrogenase/DMSO reductase, domains 1-3
家族 Family family	c.81.1.1 — Formate dehydrogenase/DMSO reductase, domains 1-3

结构域编号 domain_id	d1h0hb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.1 — 4Fe-4S ferredoxins
家族 Family family	d.58.1.5 — Ferredoxin domains from multidomain proteins

结构域编号 domain_id	d1h0hk1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.52 — Double psi beta-barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.52.2 — ADC-like
家族 Family family	b.52.2.2 — Formate dehydrogenase/DMSO reductase, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1h0hk2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.81 — Formate dehydrogenase/DMSO reductase, domains 1-3
超家族 Superfamily superfamily	c.81.1 — Formate dehydrogenase/DMSO reductase, domains 1-3
家族 Family family	c.81.1.1 — Formate dehydrogenase/DMSO reductase, domains 1-3

结构域编号 domain_id	d1h0hl_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.1 — 4Fe-4S ferredoxins
家族 Family family	d.58.1.5 — Ferredoxin domains from multidomain proteins

CATH v4.4 (10 domains)

结构域编号 domain_id	1h0hA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	740 —

结构域编号 domain_id	1h0hA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	228 — Dimethylsulfoxide Reductase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Dimethylsulfoxide Reductase, domain 2

结构域编号 domain_id	1h0hA04
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	40 — Barwin-like endoglucanases
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	1h0hB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	1h0hB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	1h0hK02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	740 —

结构域编号 domain_id	1h0hK03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	228 — Dimethylsulfoxide Reductase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Dimethylsulfoxide Reductase, domain 2

结构域编号 domain_id	1h0hK04
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	40 — Barwin-like endoglucanases
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	1h0hL01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	1h0hL02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

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晶胞边长 a length_a	73.408 Å
晶胞边长 b length_b	110.398 Å
晶胞边长 c length_c	156.185 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	93.53 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	35.000 Å
R 因子 r_factor	0.1690
R_work r_work	0.1670
R_free r_free	0.2010

Tungsten containing Formate Dehydrogenase from Desulfovibrio Gigas

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

FORMATE DEHYDROGENASE SUBUNIT ALPHA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

FORMATE DEHYDROGENASE SUBUNIT BETA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (10 domains)

7. 引用文献 (2)

Tungsten containing Formate Dehydrogenase from Desulfovibrio Gigas

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

FORMATE DEHYDROGENASE SUBUNIT ALPHA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

FORMATE DEHYDROGENASE SUBUNIT BETA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (10 domains)

7. 引用文献 (2)