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1h16

Pyruvate Formate-Lyase (E.coli) in complex with Pyruvate and CoA

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 84.8 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

FORMATE ACETYLTRANSFERASE 1

物种未注明

UniProt P09373

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–759 未记录 COA COENZYME A × 2 PYR PYRUVIC ACID × 2 NA SODIUM ION × 14 MG MAGNESIUM ION × 2 DTL L-TREITOL × 4 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 6 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.3；pH 7.30 分辨率 1.53 Å R-free 0.163

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1H16 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1CM5 CRYSTAL STRUCTURE OF C418A,C419A MUTANT OF PFL FROM E.COLI 提交 1999-05-14 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–759（759 aa）
链 B 1–759（759 aa）
突变：C418A,C419A 突变：C418A,C419A CO3 CARBONATE ION × 2 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.3；pH 7.3
分辨率 2.30 Å R-free 0.251
1H17 Pyruvate Formate-Lyase (E.coli) in complex with CoA and the substrate analog oxamate 提交 2002-07-03 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–759（759 aa）
未记录 COA COENZYME A × 2 OXM OXAMIC ACID × 2 NA SODIUM ION × 14 MG MAGNESIUM ION × 2 DTL L-TREITOL × 4 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.3；pH 7.30
分辨率 1.75 Å R-free 0.173
1H18 Pyruvate Formate-Lyase (E.coli) in complex with Pyruvate 提交 2002-07-04 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–759（759 aa）
链 B 1–759（759 aa）
未记录 PYR PYRUVIC ACID × 2 NA SODIUM ION × 7 DTL L-TREITOL × 4 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.3；pH 7.30
分辨率 2.30 Å R-free 0.234
1MZO Crystal structure of pyruvate formate-lyase with pyruvate 提交 2002-10-09 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–759（759 aa）
链 B 1–759（759 aa）
未记录 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 PYR PYRUVIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICRODIALYSIS；pH 7.3；298 K；PEG1000, MOPS, ammonium chloride, na-pyruvate, DTT, magnesium chloride, EDTA, pH 7.3, MICRODIALYSIS, temperature 298K
分辨率 2.70 Å R-free 0.235
1QHM ESCHERICHIA COLI PYRUVATE FORMATE LYASE LARGE DOMAIN 提交 1999-05-19 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–625（624 aa） 片段：RESIDUES 1-624
链 B 2–625（624 aa） 片段：RESIDUES 1-624
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.6；18% PEG-1000, 0.1 M HEPES/HCL PH7.6, VAPOUR DIFFUSION
分辨率 2.80 Å R-free 0.253
2PFL CRYSTAL STRUCTURE OF PFL FROM E.COLI 提交 1999-05-26 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–760（759 aa）
链 B 2–760（759 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 2 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.3；pH 7.3
分辨率 2.90 Å R-free 0.242
3PFL CRYSTAL STRUCTURE OF PFL FROM E.COLI IN COMPLEX WITH SUBSTRATE ANALOGUE OXAMATE 提交 1999-05-14 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–759（759 aa）
链 B 1–759（759 aa）
未记录 OXM OXAMIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.3；pH 7.3
分辨率 2.60 Å R-free 0.251

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PFLB_ECOLI
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–759； UniProt 1–759

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1h16

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1h16
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1h16
沉积日期 deposition_date2002-07-03
结构标题 titlePyruvate Formate-Lyase (E.coli) in complex with Pyruvate and CoA
关键词 keywordsLYASE, GLYCYL RADICAL ENZYME, TRANSFERASE, ACYLTRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier26.54 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron25.53 Å
零角强度 I(0) i0122253000.00
分子量 molecular_weight87081.0 kDa
排除体积 excluded_volume108760 ų
包络体积 envelope_volume123480 ų
水化壳体积 shell_volume38246 ų
包络直径 envelope_diameter90.6 Å
壳层 Rg shell_rg34.53 Å
包络 Rg envelope_rg25.94 Å
形状 Rg shape_rg25.52 Å
总 Rg total_rg26.41 Å
总原子数 total_atoms6105
残基数 n_residues759
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax84.8 Å
Rg (实空间) rg_real26.40 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.42 Å
I(0) (实空间) i0_real1.2230e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.5120e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal26.45 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal122300000.0000
解质量估计 total_estimate0.8887
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary32.5 Å
偏度 Skewness skewness0.222
峰度 Kurtosis kurtosis-0.338
角度范围 angular_range— – 0.3000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha34920000.0000
实空间数据点数 n_real_points61
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.864; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.962
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1h16a_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.7 — PFL-like glycyl radical enzymes
超家族 Superfamily superfamilyc.7.1 — PFL-like glycyl radical enzymes
家族 Family familyc.7.1.1 — PFL-like

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1h16A00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology70 — Anaerobic Ribonucleotide-triphosphate Reductase Large Chain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 —
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)