SAXSdb — 1h3j

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Peroxidase

Coprinopsis cinerea

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	单体	蛋白 1 其他聚合物 1	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 CALCIUM ION × 2 beta-D-mannopyranose × 1 MAGNESIUM ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	其他组合	单体	蛋白 1 其他聚合物 1	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 CALCIUM ION × 2 beta-D-mannopyranose × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PER_COPCI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–342； UniProt 22–363 作者链 B； PDB构建体 1–342； UniProt 22–363

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1h3j
沉积日期 deposition_date	2002-09-05
结构标题 title	STRUCTURE OF RECOMBINANT COPRINUS CINEREUS PEROXIDASE DETERMINED TO 2.0 A
关键词 keywords	OXIDOREDUCTASE, PEROXIDASE, HEME, CALCIUM-BINDING; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1h3j__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1h3j__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1h3j__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	20.53 Å
Rg（电子密度）	19.44 Å
总 Rg	20.28 Å
原子数	2547
残基数	336
排除体积	45007 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1h3j__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1h3j__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Peroxidase
分子量 formula_weight	35523.6 kDa
EC 编号 ec_number	1.11.1.7
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5591

GPGGGGSVTCPGGQSTSNSQCCVWFDVLDDLQTNFYQGSKCESPVRKILRIVFHDAIGFSPALTAAGQFGGGGADGSIIAHSNIELAFPANGGLTDTVEALRAVGINHGVSFGDLIQFATAVGMSNCPGSPRLEFLTGRSNSSQPSPPSLIPGPGNTVTAILDRMGDAGFSPDEVVDLLAAHSLASQEGLNSAIFRSPLDSTPQVFDTQFYIETLLKGTTQPGPSLGFAEELSPFPGEFRMRSDALLARDSRTACRWQSMTSSNEVMGQRYRAAMAKMSVLGFDRNALTDCSDVIPSAVSNNAAPVIPGGLTVDDIEVSCPSEPFPEIATASGPLPSLAPAP

来源 Source

来源生物 organism	Coprinopsis cinerea
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	5346
宿主生物 host_organism	ASPERGILLUS ORYZAE

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	beta-D-mannopyranose
分子量 formula_weight	180.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	498

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1h3ja_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.93 — Heme-dependent peroxidases
超家族 Superfamily superfamily	a.93.1 — Heme-dependent peroxidases
家族 Family family	a.93.1.1 — CCP-like

结构域编号 domain_id	d1h3jb_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.93 — Heme-dependent peroxidases
超家族 Superfamily superfamily	a.93.1 — Heme-dependent peroxidases
家族 Family family	a.93.1.1 — CCP-like

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1h3jA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	520 — Peroxidase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1h3jA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	420 — Peroxidase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Peroxidase, domain 2

结构域编号 domain_id	1h3jB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	520 — Peroxidase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1h3jB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	420 — Peroxidase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Peroxidase, domain 2

▶

晶胞边长 a length_a	127.180 Å
晶胞边长 b length_b	75.530 Å
晶胞边长 c length_c	76.600 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	8.000 Å
R 因子 r_factor	0.1860
R_work r_work	0.1860
R_free r_free	0.2560

STRUCTURE OF RECOMBINANT COPRINUS CINEREUS PEROXIDASE DETERMINED TO 2.0 A

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Peroxidase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1h3j__assembly_1__model_1

1h3j__assembly_1__model_1 | I(q)

1h3j__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (2)

STRUCTURE OF RECOMBINANT COPRINUS CINEREUS PEROXIDASE DETERMINED TO 2.0 A

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Peroxidase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1h3j__assembly_1__model_1

1h3j__assembly_1__model_1 | I(q)

1h3j__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (2)