1h4j

Methylobacterium extorquens methanol dehydrogenase D303E mutant

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Methanol dehydrogenase [cytochrome c] subunit 1

Methylobacterium extorquens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Methanol dehydrogenase [cytochrome c] subunit 2 × 2 （P14775） PYRROLOQUINOLINE QUINONE × 2 CALCIUM ION × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Methanol dehydrogenase [cytochrome c] subunit 2 × 2 （P14775） PYRROLOQUINOLINE QUINONE × 2 CALCIUM ION × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DHM1_METEA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–599； UniProt 28–626 作者链 C； PDB构建体 1–599； UniProt 28–626 作者链 E； PDB构建体 1–599； UniProt 28–626 作者链 G； PDB构建体 1–599； UniProt 28–626

Methanol dehydrogenase [cytochrome c] subunit 2

Methylobacterium extorquens

UniProt P14775

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Methanol dehydrogenase [cytochrome c] subunit 1 × 2 （P16027） PYRROLOQUINOLINE QUINONE × 2 CALCIUM ION × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Methanol dehydrogenase [cytochrome c] subunit 1 × 2 （P16027） PYRROLOQUINOLINE QUINONE × 2 CALCIUM ION × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DHM2_METEA
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–74； UniProt 23–96 作者链 D； PDB构建体 1–74； UniProt 23–96 作者链 F； PDB构建体 1–74； UniProt 23–96 作者链 H； PDB构建体 1–74； UniProt 23–96

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1h4j
沉积日期 deposition_date	2001-05-11
结构标题 title	Methylobacterium extorquens methanol dehydrogenase D303E mutant
关键词 keywords	OXIDOREDUCTASE, DEHYDROGENASE, QUINOPROTEIN; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1h4j__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1h4j__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1h4j__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	34.60 Å
Rg（电子密度）	33.99 Å
总 Rg	34.59 Å
原子数	10454
残基数	1334
排除体积	184890 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1h4j__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1h4j__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Methanol dehydrogenase [cytochrome c] subunit 1
分子量 formula_weight	65880.9 kDa
EC 编号 ec_number	1.1.2.7
突变 mutation	D303E
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G
原子数 atom_count	20908

NDKLVELSKSDDNWVMPGKNYDSNNFSDLKQINKGNVKQLRPAWTFSTGLLNGHEGAPLVVDGKMYIHTSFPNNTFALGLDDPGTILWQDKPKQNPAARAVACCDLVNRGLAYWPGDGKTPALILKTQLDGNVAALNAETGETVWKVENSDIKVGSTLTIAPYVVKDKVIIGSSGAELGVRGYLTAYDVKTGEQVWRAYATGPDKDLLLASDFNIKNPHYGQKGLGTGTWEGDAWKIGGGTNWGWYAYDPGTNLIYFGTGNPAPWNETMRPGDNKWTMTIFGRDADTGEAKFGYQKTPHDEWEYAGVNVMMLSEQKDKDGKARKLLTHPDRNGIVYTLDRTDGALVSANKLDDTVNVFKSVDLKTGQPVRDPEYGTRMDHLAKDICPSAMGYHNQGHDSYDPKRELFFMGINHICMDWEPFMLPYRAGQFFVGATLNMYPGPKGDRQNYEGLGQIKAYNAITGDYKWEKMERFAVWGGTMATAGDLVFYGTLDGYLKARDSDTGDLLWKFKIPSGAIGYPMTYTHKGTQYVAIYYGVGGWPGVGLVFDLADPTAGLGAVGAFKKLANYTQMGGGVVVFSLDGKGPYDDPNVGEWKSAAK

来源 Source

来源生物 organism	Methylobacterium extorquens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	408
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Methanol dehydrogenase [cytochrome c] subunit 2
分子量 formula_weight	8480.6 kDa
EC 编号 ec_number	1.1.2.7
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H

YDGTKCKAAGNCWEPKPGFPEKIAGSKYDPKHDPKELNKQADSIKQMEERNKKRVENFKKTGKFEYDVAKISAN

来源 Source

来源生物 organism	Methylobacterium extorquens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	408
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	PYRROLOQUINOLINE QUINONE
分子量 formula_weight	330.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d1h4ja_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.70 — 8-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.70.1 — Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like
家族 Family family	b.70.1.1 — Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like

结构域编号 domain_id	d1h4jb_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.137 — Non-globular all-alpha subunits of globular proteins
超家族 Superfamily superfamily	a.137.2 — Methanol dehydrogenase subunit
家族 Family family	a.137.2.1 — Methanol dehydrogenase subunit

结构域编号 domain_id	d1h4jc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.70 — 8-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.70.1 — Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like
家族 Family family	b.70.1.1 — Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like

结构域编号 domain_id	d1h4jd_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.137 — Non-globular all-alpha subunits of globular proteins
超家族 Superfamily superfamily	a.137.2 — Methanol dehydrogenase subunit
家族 Family family	a.137.2.1 — Methanol dehydrogenase subunit

结构域编号 domain_id	d1h4je_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.70 — 8-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.70.1 — Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like
家族 Family family	b.70.1.1 — Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like

结构域编号 domain_id	d1h4jf_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.137 — Non-globular all-alpha subunits of globular proteins
超家族 Superfamily superfamily	a.137.2 — Methanol dehydrogenase subunit
家族 Family family	a.137.2.1 — Methanol dehydrogenase subunit

结构域编号 domain_id	d1h4jg_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.70 — 8-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.70.1 — Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like
家族 Family family	b.70.1.1 — Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like

结构域编号 domain_id	d1h4jh_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.137 — Non-globular all-alpha subunits of globular proteins
超家族 Superfamily superfamily	a.137.2 — Methanol dehydrogenase subunit
家族 Family family	a.137.2.1 — Methanol dehydrogenase subunit

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	1h4jA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	140 — 8 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methanol Dehydrogenase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily

结构域编号 domain_id	1h4jB00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	160 — Methanol Dehydrogenase; Chain B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Methanol dehydrogenase, beta subunit

结构域编号 domain_id	1h4jC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	140 — 8 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methanol Dehydrogenase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily

结构域编号 domain_id	1h4jD00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	160 — Methanol Dehydrogenase; Chain B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Methanol dehydrogenase, beta subunit

结构域编号 domain_id	1h4jE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	140 — 8 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methanol Dehydrogenase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily

结构域编号 domain_id	1h4jF00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	160 — Methanol Dehydrogenase; Chain B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Methanol dehydrogenase, beta subunit

结构域编号 domain_id	1h4jG00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	140 — 8 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methanol Dehydrogenase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily

结构域编号 domain_id	1h4jH00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	160 — Methanol Dehydrogenase; Chain B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Methanol dehydrogenase, beta subunit

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晶胞边长 a length_a	101.850 Å
晶胞边长 b length_b	61.020 Å
晶胞边长 c length_c	212.680 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	92.83 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.1870
R_work r_work	0.1870
R_free r_free	0.2170

Methylobacterium extorquens methanol dehydrogenase D303E mutant

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Methanol dehydrogenase [cytochrome c] subunit 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Methanol dehydrogenase [cytochrome c] subunit 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1h4j__assembly_2__model_1

1h4j__assembly_2__model_1 | I(q)

1h4j__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

Methylobacterium extorquens methanol dehydrogenase D303E mutant

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Methanol dehydrogenase [cytochrome c] subunit 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Methanol dehydrogenase [cytochrome c] subunit 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1h4j__assembly_2__model_1

1h4j__assembly_2__model_1 | I(q)

1h4j__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)