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1h7u

hPMS2-ATPgS

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 104.7 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MISMATCH REPAIR ENDONUCLEASE PMS2

HOMO SAPIENS

UniProt P54278

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–365 片段：GHL ATPASE, RESIDUES 1-365 MG MAGNESIUM ION × 1 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6.2；2-2.4 M NA/K PHOSPHATE (PH=6.2) 0.2 M LICL, pH 6.20 分辨率 2.70 Å R-free 0.270
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 1–365 片段：GHL ATPASE, RESIDUES 1-365 MG MAGNESIUM ION × 1 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6.2；2-2.4 M NA/K PHOSPHATE (PH=6.2) 0.2 M LICL, pH 6.20 分辨率 2.70 Å R-free 0.270

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1H7U Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1EA6 N-terminal 40kDa fragment of NhPMS2 complexed with ADP 提交 2001-07-10 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–364（364 aa） 片段：N-TERMINAL 40KDA, RESIDUES 1-364
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.2；2-2.4 M NA/K PHOSPHATE (PH 6.2) 0.2 M LICL
分辨率 2.70 Å R-free 0.262
1EA6 N-terminal 40kDa fragment of NhPMS2 complexed with ADP 提交 2001-07-10 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–364（364 aa） 片段：N-TERMINAL 40KDA, RESIDUES 1-364
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.2；2-2.4 M NA/K PHOSPHATE (PH 6.2) 0.2 M LICL
分辨率 2.70 Å R-free 0.262
1H7S N-terminal 40kDa fragment of human PMS2 提交 2001-07-10 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–365（365 aa） 片段：N-TERMINAL 40 KDA FRAGMENT
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.2；2-2.4 M NA/K PHOSPHATE (PH 6.2) 0.2 M LICL
分辨率 1.95 Å R-free 0.243
1H7S N-terminal 40kDa fragment of human PMS2 提交 2001-07-10 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–365（365 aa） 片段：N-TERMINAL 40 KDA FRAGMENT
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.2；2-2.4 M NA/K PHOSPHATE (PH 6.2) 0.2 M LICL
分辨率 1.95 Å R-free 0.243
5U5R Crystal Structure and X-ray Diffraction Data Collection of Importin-alpha from Mus musculus Complexed with a PMS2 NLS Peptide 提交 2016-12-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 573–583（11 aa）
未记录 DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.600-0.625 M sodium citrate (pH 6) and 10 mM DTT
分辨率 2.10 Å R-free 0.207
6MFQ Crystal structure of a PMS2 variant 提交 2018-09-11 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–365（365 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；289.15 K；Crystals were obtained in conditions containing 4% tacsimate pH 5 (v/v) and 25% PEG 3350 (w/v). The concentrated PMS2 G207E protein (7 mg/mL) was combined with 0.1ul of an additive (0.1 M calcium chloride dehydrate) prior to the addition of crystallization reagent in a 1:1 ratio.
分辨率 2.60 Å R-free 0.232
6MFQ Crystal structure of a PMS2 variant 提交 2018-09-11 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–365（365 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；289.15 K；Crystals were obtained in conditions containing 4% tacsimate pH 5 (v/v) and 25% PEG 3350 (w/v). The concentrated PMS2 G207E protein (7 mg/mL) was combined with 0.1ul of an additive (0.1 M calcium chloride dehydrate) prior to the addition of crystallization reagent in a 1:1 ratio.
分辨率 2.60 Å R-free 0.232
7RCB Crystal Structure of a PMS2 VUS 提交 2021-07-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–365（365 aa）
链 B 1–365（365 aa）
突变：N335S 突变：N335S 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；289.15 K；1:1 7.5 mg/mL protein with 8% v/v Tacsimate, pH 5.8, 25% w/v PEG3350
分辨率 2.00 Å R-free 0.198
7RCI Crystal Structure of a PMS2 VUS with Substrate 提交 2021-07-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–365（365 aa）
链 B 1–365（365 aa）
突变：N335S 突变：N335S ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；289.15 K；1:1 7.5 mg/mL protein with 8% v/v Tacsimate, pH 5.8, 25% w/v PEG3350
分辨率 2.12 Å R-free 0.248
7RCK Crystal Structure of PMS2 with Substrate 提交 2021-07-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–365（365 aa）
链 B 1–365（365 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；289.15 K；1:1 7.5 mg/mL protein with 8% v/v Tacsimate, pH 5.8, 25% w/v PEG3350
分辨率 2.04 Å R-free 0.234
9S89 N-terminal 40kDa fragment of human PMS2 with covalent ligand NP1867 提交 2025-08-05 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–365（365 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.00 Å R-free 0.229

共 8 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PMS2_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–365； UniProt 1–365 作者链 B； PDB构建体 1–365； UniProt 1–365

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1h7u

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1h7u
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1h7u
沉积日期 deposition_date2001-07-10
结构标题 titlehPMS2-ATPgS
关键词 keywordsDNA REPAIR, GHL ATPASE; DNA REPAIR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier28.70 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron28.22 Å
零角强度 I(0) i078896000.00
分子量 molecular_weight68326.0 kDa
排除体积 excluded_volume85067 ų
包络体积 envelope_volume106640 ų
水化壳体积 shell_volume32445 ų
包络直径 envelope_diameter111.0 Å
壳层 Rg shell_rg34.30 Å
包络 Rg envelope_rg28.55 Å
形状 Rg shape_rg28.22 Å
总 Rg total_rg28.83 Å
总原子数 total_atoms4777
残基数 n_residues610
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax104.7 Å
Rg (实空间) rg_real28.76 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.98 Å
I(0) (实空间) i0_real7.8900e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.3180e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal28.73 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal78890000.0000
解质量估计 total_estimate0.8333
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary102.8 Å
偏度 Skewness skewness0.494
峰度 Kurtosis kurtosis0.203
角度范围 angular_range— – 0.2750 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha15590000.0000
实空间数据点数 n_real_points56
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.663; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.873; Smooth: 0.965
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd1h7ua1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.14 — Ribosomal protein S5 domain 2-like
超家族 Superfamily superfamilyd.14.1 — Ribosomal protein S5 domain 2-like
家族 Family familyd.14.1.3 — DNA gyrase/MutL, second domain
结构域编号 domain_idd1h7ua2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.122 — ATPase domain of HSP90 chaperone/DNA topoisomerase II/histidine kinase
超家族 Superfamily superfamilyd.122.1 — ATPase domain of HSP90 chaperone/DNA topoisomerase II/histidine kinase
家族 Family familyd.122.1.2 — DNA gyrase/MutL, N-terminal domain
结构域编号 domain_idd1h7ub1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.14 — Ribosomal protein S5 domain 2-like
超家族 Superfamily superfamilyd.14.1 — Ribosomal protein S5 domain 2-like
家族 Family familyd.14.1.3 — DNA gyrase/MutL, second domain
结构域编号 domain_idd1h7ub2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.122 — ATPase domain of HSP90 chaperone/DNA topoisomerase II/histidine kinase
超家族 Superfamily superfamilyd.122.1 — ATPase domain of HSP90 chaperone/DNA topoisomerase II/histidine kinase
家族 Family familyd.122.1.2 — DNA gyrase/MutL, N-terminal domain

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id1h7uA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology565 — Heat Shock Protein 90
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain
结构域编号 domain_id1h7uA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology230 — Ribosomal Protein S5; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
结构域编号 domain_id1h7uB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology565 — Heat Shock Protein 90
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain
结构域编号 domain_id1h7uB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology230 — Ribosomal Protein S5; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)