1h8p

Bull seminal plasma PDC-109 fibronectin type II module

Method: X-RAY DIFFRACTION

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SEMINAL PLASMA PROTEIN PDC-109

物种未注明

UniProt P02784

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 4 PHOSPHOCHOLINE × 8 water × 4 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SFP1_BOVIN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–109; UniProt 26–134 作者链 B; PDB构建体 1–109; UniProt 26–134

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1h8p
沉积日期 deposition_date2001-02-14
结构标题 titleBull seminal plasma PDC-109 fibronectin type II module
关键词 keywordsPHOSPHORYLCHOLINE-BINDING PROTEIN; PHOSPHORYLCHOLINE-BINDING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1h8p__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1h8p__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

1h8p__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)26.95 Å
Rg(电子密度)26.52 Å
总 Rg27.19 Å
原子数3064
残基数352
排除体积54460 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 1h8p__assembly_1__model_1 tetrameric (4) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd1h8pa1
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.14 — Kringle-like
超家族 Superfamily superfamilyg.14.1 — Kringle-like
家族 Family familyg.14.1.2 — Fibronectin type II module
结构域编号 domain_idd1h8pa2
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.14 — Kringle-like
超家族 Superfamily superfamilyg.14.1 — Kringle-like
家族 Family familyg.14.1.2 — Fibronectin type II module
结构域编号 domain_idd1h8pb1
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.14 — Kringle-like
超家族 Superfamily superfamilyg.14.1 — Kringle-like
家族 Family familyg.14.1.2 — Fibronectin type II module
结构域编号 domain_idd1h8pb2
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.14 — Kringle-like
超家族 Superfamily superfamilyg.14.1 — Kringle-like
家族 Family familyg.14.1.2 — Fibronectin type II module

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id1h8pA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology10 — Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Fibronectin, type II, collagen-binding
结构域编号 domain_id1h8pA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology10 — Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Fibronectin, type II, collagen-binding
结构域编号 domain_id1h8pB01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology10 — Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Fibronectin, type II, collagen-binding
结构域编号 domain_id1h8pB02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology10 — Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Fibronectin, type II, collagen-binding

7. 引用文献 (2)