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1hcf

Crystal structure of TrkB-d5 bound to neurotrophin-4/5

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 94.4 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NEUROTROPHIN-4

物种未注明

UniProt P34130

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 81–210 链 B； UniProt 81–210 片段：ACTIVE, FRAGMENT. PRO-REGION CLEAVED BDNF/NT-3 GROWTH FACTORS RECEPTOR × 2 （Q16620） SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；10 MG/ML COMPLEX IN 20MM TRIS, 150MM NACL, PH 7.5, 100MM HEPES PH 7.5, 1.5M LISO4 分辨率 2.70 Å R-free 0.264

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1HCF Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1B98 NEUROTROPHIN 4 (HOMODIMER) 提交 1999-02-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 81–210（130 aa） 片段：precursor residues 81-210
链 M 81–210（130 aa） 片段：precursor residues 81-210
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；PEG 8000, PIPES, pH 6.50
分辨率 2.75 Å R-free 0.336

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NT5_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–130； UniProt 81–210 作者链 B； PDB构建体 1–130； UniProt 81–210

BDNF/NT-3 GROWTH FACTORS RECEPTOR

HOMO SAPIENS

UniProt Q16620

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 X； UniProt 286–383 链 Y； UniProt 286–383 片段：EXTRACELLULAR DOMAIN 5 (RESIDUES 286 - 383) NEUROTROPHIN-4 × 2 （P34130） SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；10 MG/ML COMPLEX IN 20MM TRIS, 150MM NACL, PH 7.5, 100MM HEPES PH 7.5, 1.5M LISO4 分辨率 2.70 Å R-free 0.264

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1HCF Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1WWB LIGAND BINDING DOMAIN OF HUMAN TRKB RECEPTOR 提交 1999-05-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 X 283–385（103 aa） 片段：LIGAND BINDING DOMAIN
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；pH 8.5
分辨率 2.10 Å R-free 0.297
2MFQ NMR solution structures of FRS2a PTB domain with neurotrophin receptor TrkB 提交 2013-10-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 497–519（23 aa） 片段：UNP residues 497-519
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；298 K；压力 ambient
NMR样品组成 100 mM sodium phosphate, 5 mM [U-100% 2H] DTT, 0.5 mM [U-100% 2H] EDTA, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成 100 mM sodium phosphate, 5 mM [U-100% 2H] DTT, 0.5 mM [U-100% 2H] EDTA, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
4ASZ Crystal structure of apo TrkB kinase domain 提交 2012-05-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 543–838（296 aa） 片段：KINASE DOMAIN, RESIDUES 543-838
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；277 K；THE APO-TRKB PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 6 MG/ML AND CRYSTALLIZED IN 3 M NA-FORMATE, PH 8.0 AT 4 DEGREES C.
分辨率 1.70 Å R-free 0.203
4AT3 CRYSTAL STRUCTURE OF TRKB KINASE DOMAIN IN COMPLEX WITH CPD5N 提交 2012-05-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 543–838（296 aa） 片段：KINASE DOMAIN, RESIDUES 543-838
未记录 LTI (5Z)-5-(carbamoylimino)-3-[(5R)-6,7,8,9-tetrahydro-5H-benzo[7]annulen-5-ylsulfanyl]-2,5-dihydroisothiazole-4-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；277 K；THE TRKB-CPD5N COMPLEX WAS OBTAINED BY COCRYSTALLIZATION IN 1.6 M AMMONIUM SULFATE, 50 MM MES, PH 6.0 AT 4 DEGREESC IN PRESENCE OF 2 MM OF INHIBITOR.
分辨率 1.77 Å R-free 0.224
4AT4 CRYSTAL STRUCTURE OF TRKB KINASE DOMAIN IN COMPLEX WITH EX429 提交 2012-05-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 543–838（296 aa） 片段：KINASE DOMAIN, RESIDUES 543-838
未记录 T6E 1-[4-(4-aminothieno[2,3-d]pyrimidin-5-yl)phenyl]-3-[2-fluoro-5-(trifluoromethyl)phenyl]urea × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；277 K；THE TRKB-EX429 COMPLEX WAS OBTAINED BY COCRYSTALLIZATION IN 2.1 M NA-FORMATE, 50 MM HEPES, PH 8.0 AT 4 DEGREES C IN PRESENCE OF 1 MM OF INHIBITOR.
分辨率 2.36 Å R-free 0.217
4AT5 CRYSTAL STRUCTURE OF TRKB KINASE DOMAIN IN COMPLEX WITH GW2580 提交 2012-05-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 543–838（296 aa） 片段：KINASE DOMAIN, RESIDUES 543-838
未记录 MUJ 5-{3-methoxy-4-[(4-methoxybenzyl)oxy]benzyl}pyrimidine-2,4-diamine × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；277 K；THE TRKB-GW2580 COMPLEX WAS OBTAINED BY COCRYSTALLIZATION IN 2.4 M NA-FORMATE, 50 MM HEPES, PH 8.0 AT 4 DEGREES C IN PRESENCE OF 2 MM OF INHIBITOR.
分辨率 1.71 Å R-free 0.186
5MO9 Structure of human TrkB receptor ligand binding domain in complex with the Fab frgment of antibody AB20 提交 2016-12-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 X 278–426（149 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；6% w/v PEG 3350, 25 mM Tris pH 8.5
分辨率 2.59 Å R-free 0.224
8OYD TrkB transmembrane domain NMR structure in DMPC/DHPC bicelles 提交 2023-05-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 422–466（45 aa）
链 B 422–466（45 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6；313 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 AMBIENT
NMR样品组成 5 % v/v [U-2H] D2O, 1.1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] High affinity receptor of neurotrophin-4 and brain-derived neurotrophic factor (TrkB), 9.6 mM [U-2H] DMPC, 42.7 mM [U-2H] DHPC, 1.0 mM n.a. TCEP, 0.01 % w/v n.a. sodium azide, 20.0 mM n.a. sodium phosphate buffer, 0.5 mM d4 TSP, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
分辨率未提供

共 8 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TRKB_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 X； PDB构建体 4–101； UniProt 286–383 作者链 Y； PDB构建体 4–101； UniProt 286–383

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1hcf

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1hcf
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1hcf
沉积日期 deposition_date2001-05-03
结构标题 titleCrystal structure of TrkB-d5 bound to neurotrophin-4/5
关键词 keywords;TRANSFERASE/HORMONE, COMPLEX(TRANSFERASE-GROWTH FACTOR), NEUROTROPHIN-4/5, TRKB RECEPTOR, NGF-BETA SUPERFAMILY, IMMUNOGLOBULIN DOMAIN, TRANSFERASE-HORMONE complex ;; TRANSFERASE/HORMONE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier25.95 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron25.69 Å
零角强度 I(0) i044467200.00
分子量 molecular_weight49001.0 kDa
排除体积 excluded_volume60131 ų
包络体积 envelope_volume75328 ų
水化壳体积 shell_volume25900 ų
包络直径 envelope_diameter97.9 Å
壳层 Rg shell_rg31.12 Å
包络 Rg envelope_rg25.77 Å
形状 Rg shape_rg25.72 Å
总 Rg total_rg26.18 Å
总原子数 total_atoms3439
残基数 n_residues444
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax94.4 Å
Rg (实空间) rg_real26.06 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.94 Å
I(0) (实空间) i0_real4.4470e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.0140e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal26.03 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal44470000.0000
解质量估计 total_estimate0.8387
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary27.9 Å
偏度 Skewness skewness0.520
峰度 Kurtosis kurtosis0.046
角度范围 angular_range— – 0.3050 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha9798000.0000
实空间数据点数 n_real_points62
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.683; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.859; Smooth: 0.992
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd1hcfa_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.17 — Cystine-knot cytokines
超家族 Superfamily superfamilyg.17.1 — Cystine-knot cytokines
家族 Family familyg.17.1.3 — Neurotrophin
结构域编号 domain_idd1hcfb_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.17 — Cystine-knot cytokines
超家族 Superfamily superfamilyg.17.1 — Cystine-knot cytokines
家族 Family familyg.17.1.3 — Neurotrophin
结构域编号 domain_idd1hcfx_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.4 — I set domains
结构域编号 domain_idd1hcfy_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.4 — I set domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id1hcfA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology90 — Cystine Knot Cytokines, subunit B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cystine-knot cytokines
结构域编号 domain_id1hcfB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology90 — Cystine Knot Cytokines, subunit B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cystine-knot cytokines
结构域编号 domain_id1hcfX00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id1hcfY00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
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8. 引用文献 (5)

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9. 文件与曲线 (10)