SAXSdb — 1he9

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

EXOENZYME S

PSEUDOMONAS AERUGINOSA

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 102–235	片段：96-234 GTPASE-ACTIVATING PROTEIN (GAP-DOMAIN) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 5.5；MGCL2, (NH4)2SO4, PEG 6000, NA-CACODYLATE PH5.5, pH 5.50	分辨率 2.40 Å R-free 0.265

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1HE9	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1HE1 Crystal structure of the complex between the GAP domain of the Pseudomonas aeruginosa ExoS toxin and human Rac 提交 2000-11-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 95–229（135 aa）片段：96-234, GTPASE-ACTIVATING PROTEIN (GAP-DOMAIN)	未记录	NI NICKEL (II) ION × 3 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；8% PEG 6000, 3MM NICL2, 100 MM TRIS/HCL PH8.5, pH 8.50	分辨率 2.00 Å R-free 0.224
1HE1 Crystal structure of the complex between the GAP domain of the Pseudomonas aeruginosa ExoS toxin and human Rac 提交 2000-11-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 95–229（135 aa）片段：96-234, GTPASE-ACTIVATING PROTEIN (GAP-DOMAIN)	未记录	NI NICKEL (II) ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；8% PEG 6000, 3MM NICL2, 100 MM TRIS/HCL PH8.5, pH 8.50	分辨率 2.00 Å R-free 0.224
2C23 14-3-3 Protein Beta (Human) in complex with exoenzyme S peptide 提交 2005-09-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 P 421–431（11 aa）片段：14-3-3 BINDING REGION, RESIDUES 421-431	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；0.05M MGCL2,0.1M HEPES PH7.5, 30% PEG MME 550, pH 8.00	分辨率 2.65 Å R-free 0.286
6GN0 Exoenzyme S from Pseudomonas aeruginosa in complex with human 14-3-3 protein beta, tetrameric crystal form 提交 2018-05-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 234–453（220 aa）链 G 234–453（220 aa）	突变：E379A, E381A 突变：E379A, E381A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；12% PEG 3350, 4% Tacsimate	分辨率 3.24 Å R-free 0.294
6GN0 Exoenzyme S from Pseudomonas aeruginosa in complex with human 14-3-3 protein beta, tetrameric crystal form 提交 2018-05-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 F 234–453（220 aa）链 H 234–453（220 aa）	突变：E379A, E381A 突变：E379A, E381A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；12% PEG 3350, 4% Tacsimate	分辨率 3.24 Å R-free 0.294
6Y7T Engineered conjugation of lysine-specific molecular tweezers with ExoS derived peptidic inhibitor enhance affinity towards target protein 14-3-3 through ditopic binding 提交 2020-03-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：TRIMERIC	链 D 420–430（11 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 3 GOL GLYCEROL × 1 TWZ 2-[4-[2-[hydroxy-[[(1R,5S,9S,16R,20R,24S,28S,35R)-22-phosphonooxy-3-tridecacyclo[22.14.1.15,20.19,16.128,35.02,23.04,21.06,19.08,17.010,15.025,38.027,36.029,34]dotetraconta-2,4(21),6(19),7,10,12,14,17,22,25(38),26,29,31,33,36-pentadecaenyl]oxy]phosphoryl]oxyethyl]triazol-1-yl]acetic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；Bis-Tris Propane 0.2M sodium acetate trihydrate 20% PEG1000 10% Glycerol pH 7 Grew at 4 degree Celsius after a few days	分辨率 2.50 Å R-free 0.268
6Y7T Engineered conjugation of lysine-specific molecular tweezers with ExoS derived peptidic inhibitor enhance affinity towards target protein 14-3-3 through ditopic binding 提交 2020-03-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：TRIMERIC	链 E 420–430（11 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 TWZ 2-[4-[2-[hydroxy-[[(1R,5S,9S,16R,20R,24S,28S,35R)-22-phosphonooxy-3-tridecacyclo[22.14.1.15,20.19,16.128,35.02,23.04,21.06,19.08,17.010,15.025,38.027,36.029,34]dotetraconta-2,4(21),6(19),7,10,12,14,17,22,25(38),26,29,31,33,36-pentadecaenyl]oxy]phosphoryl]oxyethyl]triazol-1-yl]acetic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；Bis-Tris Propane 0.2M sodium acetate trihydrate 20% PEG1000 10% Glycerol pH 7 Grew at 4 degree Celsius after a few days	分辨率 2.50 Å R-free 0.268

共 4 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q51451
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–134； UniProt 102–235

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1he9
沉积日期 deposition_date	2000-11-21
结构标题 title	Crystal structure of the GAP domain of the Pseudomonas aeruginosa ExoS toxin
关键词 keywords	TOXIN (EXOENZYME S), EXOS, PSEUDOMONAS AERUGINOSA, GAP, TOXIN, VIRULENCE FACTOR, SIGNAL TRANSDUCTION; TOXIN (EXOENZYME S)
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	16.49 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	15.54 Å
零角强度 I(0) i0	4481820.00
分子量 molecular_weight	14418.0 kDa
排除体积 excluded_volume	17732 Å³
包络体积 envelope_volume	20531 Å³
水化壳体积 shell_volume	11874 Å³
包络直径 envelope_diameter	57.9 Å
壳层 Rg shell_rg	20.40 Å
包络 Rg envelope_rg	15.95 Å
形状 Rg shape_rg	15.53 Å
总 Rg total_rg	16.47 Å
总原子数 total_atoms	1000
残基数 n_residues	131
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	59.5 Å
Rg (实空间) rg_real	16.55 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.40 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.4820e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.3540e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	16.55 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	4482000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7434
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	18.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.499
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.009
角度范围 angular_range	— – 0.4850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1031000.0000
实空间数据点数 n_real_points	79
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.574; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.937; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1he9a1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.24 — Four-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.24.11 — Bacterial GAP domain
家族 Family family	a.24.11.1 — Bacterial GAP domain

结构域编号 domain_id	d1he9a2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1he9A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	260 — Virulence factor YopE uncharacterised domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	42.897 Å
晶胞边长 b length_b	55.646 Å
晶胞边长 c length_c	107.472 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2570
R_work r_work	0.2570
R_free r_free	0.2650

描述 description	EXOENZYME S
分子量 formula_weight	14432.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1065

Crystal structure of the GAP domain of the Pseudomonas aeruginosa ExoS toxin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

EXOENZYME S

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	PSEUDOMONAS AERUGINOSA
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	287
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	65

fit	/app/data/saxs_computation/he/1he9/1he9.fit
pddf	/app/data/pr_computation/he/1he9/1he9.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/he/1he9/1he9.dat