SAXSdb — 1hes

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CLATHRIN COAT ASSEMBLY PROTEIN AP50

RATTUS NORVEGICUS

UniProt P20172

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 158–435	片段：INTERNALIZATION SIGNAL BINDING DOMAIN	P-SELECTIN PEPTIDE × 1 （P16109）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.1；289 K；HANGING DROP, 2.2M NACL, 0.4M NA/K PHOSPHATE, 10MM DTT 0.1M MES PH 7.1, 15% GLYCEROL, 16 DEGREES, MOLAR RATIO OF PEPTIDE TO PROTEIN 3:1	分辨率 3.00 Å R-free 0.266

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1HES	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1H6E MU2 ADAPTIN SUBUNIT (AP50) OF AP2 ADAPTOR (SECOND DOMAIN), COMPLEXED WITH CTLA-4 INTERNALIZATION PEPTIDE TTGVYVKMPPT 提交 2001-06-12	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 164–435（272 aa）片段：INTERNALIZATION SIGNAL BINDING DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；HANGING DROPS CONTAINING A 1:1 MIXTURE OF COMPLEX SOLUTION 6MG/ML PROTEIN AND 1MM 11MER PEPTIDE SOLUTION IN 20MM HEPES PH7.5, 1MM DTT AND RESERVOIR BUFFER 1.4-2.4M SODIUM CHLORIDE, 0.1M MES PH6.2-7.0, 0.4M NA/K PHOSPHATE, 15% GLYCEROL, pH 7.00	分辨率 3.60 Å R-free 0.317

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AP50_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 8–285； UniProt 158–435

P-SELECTIN PEPTIDE

物种未注明

UniProt P16109

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 P； UniProt 813–830	片段：INTERNALIZATION SIGNAL	CLATHRIN COAT ASSEMBLY PROTEIN AP50 × 1 （P20172）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.1；289 K；HANGING DROP, 2.2M NACL, 0.4M NA/K PHOSPHATE, 10MM DTT 0.1M MES PH 7.1, 15% GLYCEROL, 16 DEGREES, MOLAR RATIO OF PEPTIDE TO PROTEIN 3:1	分辨率 3.00 Å R-free 0.266

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1HES	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1FSB STRUCTURE OF THE EGF DOMAIN OF P-SELECTIN, NMR, 19 STRUCTURES 提交 1996-03-25	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 160–199（40 aa）片段：EGF DOMAIN, RESIDUES 119 - 158	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；298 K	分辨率未提供
1G1Q Crystal structure of P-selectin lectin/EGF domains 提交 2000-10-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 42–199（158 aa）片段：LECTIN/EGF DOMAINS 链 B 42–199（158 aa）片段：LECTIN/EGF DOMAINS 链 C 42–199（158 aa）片段：LECTIN/EGF DOMAINS 链 D 42–199（158 aa）片段：LECTIN/EGF DOMAINS	未记录	CA CALCIUM ION × 4 MRD (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；Tris-HCl, NaCl, CaCl2, 2-methyl-2,4-pentanediol, PEG 6000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 291K	分辨率 2.40 Å R-free 0.252
1G1R Crystal structure of P-selectin lectin/EGF domains complexed with SLeX 提交 2000-10-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 42–199（158 aa）片段：LECTIN/EGF DOMAINS 链 B 42–199（158 aa）片段：LECTIN/EGF DOMAINS 链 C 42–199（158 aa）片段：LECTIN/EGF DOMAINS 链 D 42–199（158 aa）片段：LECTIN/EGF DOMAINS	未记录	CA CALCIUM ION × 4 MRD (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；Tris-HCl, NaCl, CaCl2, 2-methyl-2,4-pentanediol, PEG 6000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 291K	分辨率 3.40 Å R-free 0.322
1G1S P-SELECTIN LECTIN/EGF DOMAINS COMPLEXED WITH PSGL-1 PEPTIDE 提交 2000-10-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 42–199（158 aa）片段：LECTIN/EGF DOMAINS 链 B 42–199（158 aa）片段：LECTIN/EGF DOMAINS	未记录	SR STRONTIUM ION × 2 MRD (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL × 7 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；100 mM HEPES, 10 mM TRIS, 150 mN NaCl, 4 mM CaCl2, 50 mM SrCl2, 5% PEG 6000, 33% MPD, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 291K	分辨率 1.90 Å R-free 0.235

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LEM3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 P； PDB构建体 1–18； UniProt 813–830

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1hes
沉积日期 deposition_date	2000-11-24
结构标题 title	MU2 ADAPTIN SUBUNIT (AP50) OF AP2 ADAPTOR (SECOND DOMAIN), COMPLEXED WITH P-selectin INTERNALIZATION PEPTIDE SHLGTYGVFTNAA
关键词 keywords	ENDOCYTOSIS/EXOCYTOSIS, ENDOCYTOSIS, ADAPTOR, PEPTIDE COMPLEX, PEPTIDE BINDING PROTE, ENDOCYTOSIS-EXOCYTOSIS complex; ENDOCYTOSIS/EXOCYTOSIS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.09 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.64 Å
零角强度 I(0) i0	14486400.00
分子量 molecular_weight	29964.0 kDa
排除体积 excluded_volume	38115 Å³
包络体积 envelope_volume	47040 Å³
水化壳体积 shell_volume	18112 Å³
包络直径 envelope_diameter	89.6 Å
壳层 Rg shell_rg	28.70 Å
包络 Rg envelope_rg	24.29 Å
形状 Rg shape_rg	23.63 Å
总 Rg total_rg	24.39 Å
总原子数 total_atoms	2105
残基数 n_residues	265
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	87.7 Å
Rg (实空间) rg_real	24.42 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.90 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4490e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.3250e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.34 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	14490000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7653
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	86.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.622
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.185
角度范围 angular_range	— – 0.3300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4678000.0000
实空间数据点数 n_real_points	65
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.542; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.421; Smooth: 0.897

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	CLATHRIN COAT ASSEMBLY PROTEIN AP50
分子量 formula_weight	32758.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2138

MHHHHHHQIGWRREGIKYRRNELFLDVLESVNLLMSPQGQVLSAHVSGRVVMKSYLSGMPECKFGMNDKIVIEKQGKGTADETSKSGKQSIAIDDCTFHQCVRLSKFDSERSISFIPPDGEFELMRYRTTKDIILPFRVIPLVREVGRTKLEVKVVIKSNFKPSLLAQKIEVRIPTPLNTSGVQVICMKGKAKYKASENAIVWKIKRMAGMKESQISAEIELLPTNDKKKWARPPISMNFEVPFAPSGLKVRYLKVFEPKLNYSDHDVIKWVRYIGRSGIYETRC

来源 Source

来源生物 organism	RATTUS NORVEGICUS
通用名 common_name	NORWAY RAT
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI BL21

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	P-SELECTIN PEPTIDE
分子量 formula_weight	1882.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P

SHLGTYGVFTNAAFDPSP

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	33

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1hesa_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.2 — Common fold of diphtheria toxin/transcription factors/cytochrome f
超家族 Superfamily superfamily	b.2.7 — Second domain of Mu2 adaptin subunit (ap50) of ap2 adaptor
家族 Family family	b.2.7.1 — Second domain of Mu2 adaptin subunit (ap50) of ap2 adaptor

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1hesA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1170 — Mu homology domain, subdomain B

结构域编号 domain_id	1hesA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1170 — Mu homology domain, subdomain B

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	125.720 Å
晶胞边长 b length_b	125.720 Å
晶胞边长 c length_c	75.270 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 64
空间群编号 int_tables_number	172
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	100.000 Å
R 因子 r_factor	0.2130
R_work r_work	0.2100
R_free r_free	0.2660

fit	/app/data/saxs_computation/he/1hes/1hes.fit
pddf	/app/data/pr_computation/he/1hes/1hes.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/he/1hes/1hes.dat

MU2 ADAPTIN SUBUNIT (AP50) OF AP2 ADAPTOR (SECOND DOMAIN), COMPLEXED WITH P-selectin INTERNALIZATION PEPTIDE SHLGTYGVFTNAA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CLATHRIN COAT ASSEMBLY PROTEIN AP50

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

P-SELECTIN PEPTIDE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)