SAXSdb — 1hlv

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MAJOR CENTROMERE AUTOANTIGEN B

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 单体蛋白 × 1 DNA 2 PDB 声明：trimeric（3）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 1–129	片段：DNA BINDING DOMAIN	CENP-B BOX DNA × 1 CENP-B BOX DNA × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；MPD, potassium cacodylate, magnesium chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.260

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1HLV	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BW6 HUMAN CENTROMERE PROTEIN B (CENP-B) DNA BINDIGN DOMAIN RP1 提交 1998-09-30	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–56（56 aa）片段：DNA-BINDING DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；303 K；离子强度（mmCIF原始值）400 mM NA2SO4	分辨率未提供
1UFI Crystal structure of the dimerization domain of human CENP-B 提交 2003-05-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 540–599（60 aa）片段：dimerization domain 链 B 540–599（60 aa）片段：dimerization domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9.7；293 K；sodium citrate, CHES, pH 9.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.65 Å R-free 0.309
1UFI Crystal structure of the dimerization domain of human CENP-B 提交 2003-05-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 540–599（60 aa）片段：dimerization domain 链 D 540–599（60 aa）片段：dimerization domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9.7；293 K；sodium citrate, CHES, pH 9.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.65 Å R-free 0.309
1UFI Crystal structure of the dimerization domain of human CENP-B 提交 2003-05-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 540–599（60 aa）片段：dimerization domain 链 B 540–599（60 aa）片段：dimerization domain 链 C 540–599（60 aa）片段：dimerization domain 链 D 540–599（60 aa）片段：dimerization domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9.7；293 K；sodium citrate, CHES, pH 9.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.65 Å R-free 0.309
6KDR Crystal structure of human NRMT2 in complex with human centromere protein B peptide 提交 2019-07-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 2–10（9 aa）链 E 2–10（9 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 GOL GLYCEROL × 3 CL CHLORIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.3；291 K；0.1M Tris pH 8.3, 6% w/v Polyethylene glycol 8000	分辨率 2.11 Å R-free 0.205

共 3 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CENPB_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–129； UniProt 1–129

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1hlv
沉积日期 deposition_date	2000-12-04
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF CENP-B(1-129) COMPLEXED WITH THE CENP-B BOX DNA
关键词 keywords	;HELIX-TURN-HELIX, PROTEIN-DNA COMPLEX, RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative, RSGI, Structural Genomics, DNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX ;; DNA BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.51 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.98 Å
零角强度 I(0) i0	22559900.00
分子量 molecular_weight	28046.0 kDa
排除体积 excluded_volume	31588 Å³
包络体积 envelope_volume	40838 Å³
水化壳体积 shell_volume	17210 Å³
包络直径 envelope_diameter	72.2 Å
壳层 Rg shell_rg	26.30 Å
包络 Rg envelope_rg	21.15 Å
形状 Rg shape_rg	20.93 Å
总 Rg total_rg	21.67 Å
总原子数 total_atoms	1921
残基数 n_residues	173
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	69.4 Å
Rg (实空间) rg_real	21.62 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.43 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.2560e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.6290e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.60 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	22560000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8881
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	22.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.421
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.441
角度范围 angular_range	— – 0.3700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2326000.0000
实空间数据点数 n_real_points	69
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.898; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.901; Smooth: 0.946

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	CENP-B BOX DNA
分子量 formula_weight	6494.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	2019

GCCTTCGTTGGAAACGGGATT

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	CENP-B BOX DNA
分子量 formula_weight	6392.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C

AATCCCGTTTCCAACGAAGGC

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	MAJOR CENTROMERE AUTOANTIGEN B
分子量 formula_weight	15169.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MGPKRRQLTFREKSRIIQEVEENPDLRKGEIARRFNIPPSTLSTILKNKRAILASERKYGVASTCRKTNKLSPYDKLEGLLIAWFQQIRAAGLPVKGIILKEKALRIAEELGMDDFTASNGWLDRFRRRRS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	98

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1hlva1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.1 — Homeodomain-like
家族 Family family	a.4.1.7 — Centromere-binding

结构域编号 domain_id	d1hlva2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.1 — Homeodomain-like
家族 Family family	a.4.1.7 — Centromere-binding

结构域编号 domain_id	d1hlva3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1hlvA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Homeodomain-like

结构域编号 domain_id	1hlvA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Homeodomain-like

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	83.374 Å
晶胞边长 b length_b	83.374 Å
晶胞边长 c length_c	139.021 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 31 1 2
空间群编号 int_tables_number	151
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.2219
R_work r_work	0.2219
R_free r_free	0.2599

fit	/app/data/saxs_computation/hl/1hlv/1hlv.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hl/1hlv/1hlv.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hl/1hlv/1hlv.dat

CRYSTAL STRUCTURE OF CENP-B(1-129) COMPLEXED WITH THE CENP-B BOX DNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MAJOR CENTROMERE AUTOANTIGEN B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)