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1hnf

CRYSTAL STRUCTURE OF THE EXTRACELLULAR REGION OF THE HUMAN CELL ADHESION MOLECULE CD2 AT 2.5 ANGSTROMS RESOLUTION

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 90.3 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CD2

Homo sapiens

UniProt P06729

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 25–206 未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1HNF Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1CDB STRUCTURE OF THE GLYCOSYLATED ADHESION DOMAIN OF HUMAN T LYMPHOCYTE GLYCOPROTEIN CD2 提交 1993-09-15 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 25–129（105 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
1GYA N-GLYCAN AND POLYPEPTIDE NMR SOLUTION STRUCTURES OF THE ADHESION DOMAIN OF HUMAN CD2 提交 1995-05-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 25–129（105 aa） 片段：ADHESION DOMAIN
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 4.5；286 K
分辨率未提供
1L2Z CD2BP2-GYF domain in complex with proline-rich CD2 tail segment peptide 提交 2002-02-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 294–304（11 aa） 片段：Residue 63-73
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.3；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM NaPo4；压力 1
NMR测量条件 pH 6.3；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM NaPo4；压力 1
NMR样品组成 1 mM GYF domain U-deuterated, U-15N, 1mM Peptide, 50 mM phosphate buffer, pH 6.3, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成 1 mM GYF domain, aromatic amino acids protonated only, 1 mM Peptide protonated | 100% D2O
分辨率未提供
2J6O ATYPICAL POLYPROLINE RECOGNITION BY THE CMS N-TERMINAL SH3 DOMAIN. CMS:CD2 HETEROTRIMER 提交 2006-10-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 324–333（10 aa） 片段：CMS BINDING SEQUENCE, RESIDUES 324-333
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；20% PEG3000, 0.1M ACETATE PH 5.5
分辨率 2.23 Å R-free 0.286
2J7I ATYPICAL POLYPROLINE RECOGNITION BY THE CMS N-TERMINAL SH3 DOMAIN. CMS:CD2 HETERODIMER 提交 2006-10-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 324–333（10 aa） 片段：CMS BINDING SEQUENCE, RESIDUES 324-333
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；30% PEG8000, 0.2M NACL, 0.1M TRIS-HCL PH 8.0
分辨率 2.90 Å R-free 0.295
2J7I ATYPICAL POLYPROLINE RECOGNITION BY THE CMS N-TERMINAL SH3 DOMAIN. CMS:CD2 HETERODIMER 提交 2006-10-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 324–333（10 aa） 片段：CMS BINDING SEQUENCE, RESIDUES 324-333
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；30% PEG8000, 0.2M NACL, 0.1M TRIS-HCL PH 8.0
分辨率 2.90 Å R-free 0.295

共 5 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CD2_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–182； UniProt 25–206

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1hnf

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1hnf
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1hnf
沉积日期 deposition_date1994-08-10
结构标题 titleCRYSTAL STRUCTURE OF THE EXTRACELLULAR REGION OF THE HUMAN CELL ADHESION MOLECULE CD2 AT 2.5 ANGSTROMS RESOLUTION
关键词 keywordsT LYMPHOCYTE ADHESION GLYCOPROTEIN; T LYMPHOCYTE ADHESION GLYCOPROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier24.43 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron24.52 Å
零角强度 I(0) i07853800.00
分子量 molecular_weight21236.0 kDa
排除体积 excluded_volume26781 ų
包络体积 envelope_volume33670 ų
水化壳体积 shell_volume13380 ų
包络直径 envelope_diameter93.7 Å
壳层 Rg shell_rg27.60 Å
包络 Rg envelope_rg24.74 Å
形状 Rg shape_rg24.48 Å
总 Rg total_rg25.10 Å
总原子数 total_atoms1490
残基数 n_residues179
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax90.3 Å
Rg (实空间) rg_real24.98 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.14 Å
I(0) (实空间) i0_real7.8540e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.3300e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal24.86 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal7853000.0000
解质量估计 total_estimate0.6923
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary18.6 Å
偏度 Skewness skewness0.633
峰度 Kurtosis kurtosis-0.390
角度范围 angular_range— – 0.3250 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1625000.0000
实空间数据点数 n_real_points64
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.316; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.056; Smooth: 0.990
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1hnfa1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)
结构域编号 domain_idd1hnfa2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.3 — C2 set domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1hnfA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id1hnfA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
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8. 引用文献 (3)

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9. 文件与曲线 (10)