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1hqt

THE CRYSTAL STRUCTURE OF AN ALDEHYDE REDUCTASE Y50F MUTANT-NADP COMPLEX AND ITS IMPLICATIONS FOR SUBSTRATE BINDING

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 62.5 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ALDEHYDE REDUCTASE

Sus scrofa

UniProt P50578

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–325 突变：Y50F NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：EVAPORATION；277 K；PEG 6000, NaCl, MES, EVAPORATION, temperature 277.0K 分辨率 2.20 Å R-free 0.296

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1HQT Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1AE4 ALDEHYDE REDUCTASE COMPLEXED WITH COFACTOR AND INHIBITOR, ALPHA CARBON ATOMS ONLY 提交 1997-03-05 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–324（324 aa）
未记录 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 TOL TOLRESTAT × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.9；BUFFERED AMMONIUM SULFATE SOLUTION, PH 8.9
分辨率 2.40 Å
1CWN CRYSTAL STRUCTURE OF PORCINE ALDEHYDE REDUCTASE HOLOENZYME 提交 1996-07-30 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–324（324 aa）
未记录 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.00 Å
3CV7 Crystal structure of porcine aldehyde reductase ternary complex 提交 2008-04-18 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–325（325 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 4 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 C2U 3,5-dichloro-2-hydroxybenzoic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；2M ammonium sulphate, 0.1M tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.0K
分辨率 2.41 Å R-free 0.247
3FX4 Porcine aldehyde reductase in ternary complex with inhibitor 提交 2009-01-20 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–325（325 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 FX4 [(5Z)-5-{[3-(carboxymethoxy)-4-methoxyphenyl]methylidene}-2,4-dioxo-1,3-thiazolidin-3-yl]acetic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；2M ammonium sulphate, 0.1M tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.0K
分辨率 1.99 Å R-free 0.246
3H4G Structure of aldehyde reductase holoenzyme in complex with potent aldose reductase inhibitor Fidarestat: Implications for inhibitor binding and selectivity 提交 2009-04-20 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–325（325 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 FID (2S,4S)-2-AMINOFORMYL-6-FLUORO-SPIRO[CHROMAN-4,4'-IMIDAZOLIDINE]-2',5'-DIONE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.1；295 K；2M ammonium sulphate, 0.1M tris, pH 8.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 1.85 Å R-free 0.216

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 AK1A1_PIG
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–326； UniProt 1–325

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1hqt

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1hqt
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1hqt
沉积日期 deposition_date2000-12-19
结构标题 titleTHE CRYSTAL STRUCTURE OF AN ALDEHYDE REDUCTASE Y50F MUTANT-NADP COMPLEX AND ITS IMPLICATIONS FOR SUBSTRATE BINDING
关键词 keywordsalpha/beta barrel TIM barrel holo enzyme, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier20.15 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron18.97 Å
零角强度 I(0) i023332700.00
分子量 molecular_weight37160.0 kDa
排除体积 excluded_volume46598 ų
包络体积 envelope_volume51757 ų
水化壳体积 shell_volume22165 ų
包络直径 envelope_diameter63.8 Å
壳层 Rg shell_rg26.01 Å
包络 Rg envelope_rg19.25 Å
形状 Rg shape_rg18.97 Å
总 Rg total_rg19.87 Å
总原子数 total_atoms2619
残基数 n_residues324
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax62.5 Å
Rg (实空间) rg_real20.02 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.31 Å
I(0) (实空间) i0_real2.3330e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.6840e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal20.04 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal23330000.0000
解质量估计 total_estimate0.8991
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary25.9 Å
偏度 Skewness skewness0.133
峰度 Kurtosis kurtosis-0.450
角度范围 angular_range— – 0.3950 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha6466000.0000
实空间数据点数 n_real_points71
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.903; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.982; Smooth: 0.992
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1hqta_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamilyc.1.7 — NAD(P)-linked oxidoreductase
家族 Family familyc.1.7.1 — Aldo-keto reductases (NADP)

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1hqtA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily100 — NADP-dependent oxidoreductase domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)