← 返回搜索
1hw6

CRYSTAL STRUCTURE OF APO-2,5-DIKETO-D-GLUCONATE REDUCTASE

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 57.2 Å Quality: EXCELLENT
▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

2,5-DIKETO-D-GLUCONIC ACID REDUCTASE

Corynebacterium sp.

UniProt P06632

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–278 未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；30% PEG 4000, 0.2M MgCl2, 0.1M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 1.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1HW6 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1A80 Native 2,5-DIKETO-D-GLUCONIC acid reductase a from CORYNBACTERIUM SP. complexed with nadph 提交 1998-03-31 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–278（277 aa）
未记录 NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.1；pH 7.1
分辨率 2.10 Å
1M9H Corynebacterium 2,5-DKGR A and Phe 22 replaced with Tyr (F22Y), Lys 232 replaced with Gly (K232G), Arg 238 replaced with His (R238H)and Ala 272 replaced with Gly (A272G)in presence of NADH cofactor 提交 2002-07-29 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 0–277（278 aa）
突变：F22Y, K232G, R238H, A272G SO4 SULFATE ION × 1 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；lithium sulfate monohydrate, hepes-sodium, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.00 Å R-free 0.261
1M9H Corynebacterium 2,5-DKGR A and Phe 22 replaced with Tyr (F22Y), Lys 232 replaced with Gly (K232G), Arg 238 replaced with His (R238H)and Ala 272 replaced with Gly (A272G)in presence of NADH cofactor 提交 2002-07-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 0–277（278 aa）
突变：F22Y, K232G, R238H, A272G SO4 SULFATE ION × 2 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；lithium sulfate monohydrate, hepes-sodium, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.00 Å R-free 0.261

共 2 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DKGA_CORSC
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–278； UniProt 1–278

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1hw6

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1hw6
下载 Download
▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1hw6
沉积日期 deposition_date2001-01-09
结构标题 titleCRYSTAL STRUCTURE OF APO-2,5-DIKETO-D-GLUCONATE REDUCTASE
关键词 keywordsaldo-keto reductase, TIM barrel, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier19.07 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron17.78 Å
零角强度 I(0) i013033700.00
分子量 molecular_weight27376.0 kDa
排除体积 excluded_volume34363 ų
包络体积 envelope_volume38887 ų
水化壳体积 shell_volume18290 ų
包络直径 envelope_diameter57.8 Å
壳层 Rg shell_rg23.88 Å
包络 Rg envelope_rg17.87 Å
形状 Rg shape_rg17.77 Å
总 Rg total_rg18.75 Å
总原子数 total_atoms1935
残基数 n_residues257
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax57.2 Å
Rg (实空间) rg_real18.95 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.26 Å
I(0) (实空间) i0_real1.3030e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.5780e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal18.96 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal13030000.0000
解质量估计 total_estimate0.9107
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary24.6 Å
偏度 Skewness skewness0.123
峰度 Kurtosis kurtosis-0.559
角度范围 angular_range— – 0.4150 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha4527000.0000
实空间数据点数 n_real_points73
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.948; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.999
▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1hw6a_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamilyc.1.7 — NAD(P)-linked oxidoreductase
家族 Family familyc.1.7.1 — Aldo-keto reductases (NADP)

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1hw6A00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily100 — NADP-dependent oxidoreductase domain
▶

8. 引用文献 (1)

▶

9. 文件与曲线 (10)