1i4v

SOLUTION STRUCTURE OF THE UMUD' HOMODIMER

Method: SOLUTION NMR Dmax: 77.5 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;UMUD' PROTEIN ;

Escherichia coli

UniProt P04153

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 25–139 链 B; UniProt 25–139 突变:G25A 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件:pH 6;303 K;离子强度(mmCIF原始值)150 mM NaCl;压力 ambient NMR样品组成:0.9 mM UmuD' U-15N; 150 mM NaCl, 10 mM phosphate, pH 6.0, 1mM DTT, 0.1 mM EDTA | 95% H2O/5% D2O NMR样品组成:1.3 mM UmuD' U-15N,13C; 150 mM NaCl, 20 mM phosphate, pH 6.0, 1 mM DTT, 0.1 mM EDTA | 95% H2O/5% D2O NMR样品组成:1.5 mM UmuD' unlabeled; 150 mM NaCl, 20 mM phosphate, pH 6.0, 1 mM DTT, 0.1 mM EDTA | 95% H20, 5% D2O NMR样品组成:1.4 mM UmuD' unlabeled; 150 mM NaCl, 20 mM phosphate, pH 6.0, 1 mM DTT, 0.1 mM EDTA | 100% D2O NMR样品组成:0.5 mM UmuD' U-10% 13C; 150 mM NaCl, 20 mM phosphate, pH 6.0, 1 mM DTT, 0.1 mM EDTA | 100% D2O NMR样品组成:2.7 mM UmuD' U-100% 2H,15N and 2.7 mM unlabeled UmuD'; 150 mM NaCl, 20 mM phosphate, pH 6.0, 1 mM DTT, 0.1 mM EDTA | 95% H20, 5% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 2 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 UMUD_ECOLI
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–115; UniProt 25–139 作者链 B; PDB构建体 1–115; UniProt 25–139

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1i4v

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1i4v
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1i4v
沉积日期 deposition_date2001-02-23
结构标题 titleSOLUTION STRUCTURE OF THE UMUD' HOMODIMER
关键词 keywords;SOS response, SOS mutagenesis, DNA repair, DNA polymerase V, DNA polymerase accessory protein, LexA repressor, lambda CI, signal peptidase, serine-lysine dyad, autocatalytic cleavage, serine protease, HYDROLASE ;; HYDROLASE
实验方法 methodSOLUTION NMR

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier21.99
回转半径 Rg (电子) rg_electron21.73
零角强度 I(0) i03175560000.00
分子量 molecular_weight491680.0 kDa
排除体积 excluded_volume620900 ų
包络体积 envelope_volume106870 ų
水化壳体积 shell_volume32084 ų
包络直径 envelope_diameter87.3
壳层 Rg shell_rg35.07
包络 Rg envelope_rg28.30
形状 Rg shape_rg21.76
总 Rg total_rg21.85
总原子数 total_atoms69480
残基数 n_residues4600
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax77.5
Rg (实空间) rg_real22.12
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.55
I(0) (实空间) i0_real3.1760e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.7960e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal22.10
I(0) (倒空间) i0_reciprocal3176000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8538
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary22.0
偏度 Skewness skewness0.449
峰度 Kurtosis kurtosis-0.277
角度范围 angular_range— – 0.3600 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1480000.0000
实空间数据点数 n_real_points68
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.795; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.725; Smooth: 0.984

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1i4va_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.87 — LexA/Signal peptidase
超家族 Superfamily superfamilyb.87.1 — LexA/Signal peptidase
家族 Family familyb.87.1.1 — LexA-related
结构域编号 domain_idd1i4vb_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.87 — LexA/Signal peptidase
超家族 Superfamily superfamilyb.87.1 — LexA/Signal peptidase
家族 Family familyb.87.1.1 — LexA-related

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1i4vA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology109 — Umud Fragment, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Umud Fragment, subunit A
结构域编号 domain_id1i4vB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology109 — Umud Fragment, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Umud Fragment, subunit A

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)