SAXSdb — 1i6d

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CYTOCHROME C552

Paracoccus denitrificans

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 78–176	片段：SOLUBLE FUNCTIONAL DOMAIN	HEC HEME C × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 5.5；298 K NMR样品组成：20 MM PHOSPHATE, 90% H2O/ 10% D2O	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1I6D	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1C7M SOLUTION STRUCTURE OF THE FUNCTIONAL DOMAIN OF PARACOCCUS DENITRIFICANS CYTOCHROME C552 IN THE REDUCED STATE 提交 2000-03-03	当前字段一致	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 78–176（99 aa）片段：SOLUBLE FUNCTIONAL DOMAIN	未记录	HEC HEME C × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.5；298 K NMR样品组成 20 MM PHOSPHATE, 90% H2O/ 10% D2O	分辨率未提供
1I6E SOLUTION STRUCTURE OF THE FUNCTIONAL DOMAIN OF PARACOCCUS DENITRIFICANS CYTOCHROME C552 IN THE OXIDIZED STATE 提交 2001-03-02	当前字段一致	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 78–176（99 aa）片段：SOLUBLE FUNCTIONAL DOMAIN	未记录	HEC HEME C × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.5；298 K NMR样品组成 20 MM PHOSPHATE, 90% H2O/ 10% D2O	分辨率未提供
1QL3 Structure of the soluble domain of cytochrome c552 from Paracoccus denitrificans in the reduced state 提交 1999-08-20	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 78–176（99 aa）片段：SOLUBLE DOMAIN	未记录	HEC HEME C × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.5；pH 4.50	分辨率 1.40 Å R-free 0.242
1QL3 Structure of the soluble domain of cytochrome c552 from Paracoccus denitrificans in the reduced state 提交 1999-08-20	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 78–176（99 aa）片段：SOLUBLE DOMAIN	未记录	HEC HEME C × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.5；pH 4.50	分辨率 1.40 Å R-free 0.242
1QL3 Structure of the soluble domain of cytochrome c552 from Paracoccus denitrificans in the reduced state 提交 1999-08-20	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 78–176（99 aa）片段：SOLUBLE DOMAIN	未记录	HEC HEME C × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.5；pH 4.50	分辨率 1.40 Å R-free 0.242
1QL3 Structure of the soluble domain of cytochrome c552 from Paracoccus denitrificans in the reduced state 提交 1999-08-20	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 78–176（99 aa）片段：SOLUBLE DOMAIN	未记录	HEC HEME C × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.5；pH 4.50	分辨率 1.40 Å R-free 0.242
1QL4 Structure of the soluble domain of cytochrome c552 from Paracoccus denitrificans in the oxidised state 提交 1999-08-20	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 78–176（99 aa）片段：SOLUBLE DOMAIN	未记录	HEC HEME C × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.5；pH 4.50	分辨率 1.50 Å R-free 0.268
1QL4 Structure of the soluble domain of cytochrome c552 from Paracoccus denitrificans in the oxidised state 提交 1999-08-20	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 78–176（99 aa）片段：SOLUBLE DOMAIN	未记录	HEC HEME C × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.5；pH 4.50	分辨率 1.50 Å R-free 0.268
1QL4 Structure of the soluble domain of cytochrome c552 from Paracoccus denitrificans in the oxidised state 提交 1999-08-20	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 78–176（99 aa）片段：SOLUBLE DOMAIN	未记录	HEC HEME C × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.5；pH 4.50	分辨率 1.50 Å R-free 0.268
1QL4 Structure of the soluble domain of cytochrome c552 from Paracoccus denitrificans in the oxidised state 提交 1999-08-20	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 78–176（99 aa）片段：SOLUBLE DOMAIN	未记录	HEC HEME C × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.5；pH 4.50	分辨率 1.50 Å R-free 0.268
3M97 Structure of the soluble domain of cytochrome c552 with its flexible linker segment from Paracoccus denitrificans 提交 2010-03-20	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 X 38–176（139 aa）片段：soluble domain with flexible linker segment (UNP residues 38-176)	未记录	HEC HEME C × 1 ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；20 % PEG 550 MME, 0.1 M Zinc sulfate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.33 Å R-free 0.229

共 5 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CY552_PARDE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–100； UniProt 78–176

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1i6d
沉积日期 deposition_date	2001-03-02
结构标题 title	SOLUTION STRUCTURE OF THE FUNCTIONAL DOMAIN OF PARACOCCUS DENITRIFICANS CYTOCHROME C552 IN THE REDUCED STATE
关键词 keywords	ELECTRON TRANSPORT, CYTOCHROME C552, HEME, REDOX STATES, ISOTOPE ENRICHMENT {13C/15N}, NMR SPECTROSCOPY, SOLUTION STRUCTURE; ELECTRON TRANSPORT
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	12.75 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	12.44 Å
零角强度 I(0) i0	695797000.00
分子量 molecular_weight	223150.0 kDa
排除体积 excluded_volume	278310 Å³
包络体积 envelope_volume	19004 Å³
水化壳体积 shell_volume	11986 Å³
包络直径 envelope_diameter	44.6 Å
壳层 Rg shell_rg	19.27 Å
包络 Rg envelope_rg	13.72 Å
形状 Rg shape_rg	12.41 Å
总 Rg total_rg	12.67 Å
总原子数 total_atoms	30600
残基数 n_residues	2000
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	39.5 Å
Rg (实空间) rg_real	12.64 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.24 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.9580e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.3950e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	12.65 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	695800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7413
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	17.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.022
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.340
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	192600.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.856; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.368; Positv: 1.000; Valcen: 0.983; Smooth: 0.977

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1i6da_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.3 — Cytochrome c
超家族 Superfamily superfamily	a.3.1 — Cytochrome c
家族 Family family	a.3.1.1 — monodomain cytochrome c

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1i6dA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c-like domain

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8. 引用文献 (4)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

描述 description	CYTOCHROME C552
分子量 formula_weight	10554.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	30600

来源生物 organism	Paracoccus denitrificans
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	266
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

SOLUTION STRUCTURE OF THE FUNCTIONAL DOMAIN OF PARACOCCUS DENITRIFICANS CYTOCHROME C552 IN THE REDUCED STATE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CYTOCHROME C552

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (4)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

描述 description	HEME C
分子量 formula_weight	618.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

fit	/app/data/saxs_computation/i6/1i6d/1i6d.fit
pddf	/app/data/pr_computation/i6/1i6d/1i6d.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/i6/1i6d/1i6d.dat