SAXSdb — 1i9e

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CYTOTOXIC TCELL VALPHA DOMAIN

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 21–135	片段：N-TERMINAL DOMAIN OF ALPHA CHAIN	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；295 K；di-sodium tartrate, NaCl, imidazole/HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K	分辨率 2.50 Å R-free 0.233

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1I9E	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1G6R A FUNCTIONAL HOT SPOT FOR ANTIGEN RECOGNITION IN A SUPERAGONIST TCR/MHC COMPLEX 提交 2000-11-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 21–130（110 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.2；295 K；0.2 M Tris/acetate, 10% PEG 6000, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 22K	分辨率 2.80 Å R-free 0.327
1G6R A FUNCTIONAL HOT SPOT FOR ANTIGEN RECOGNITION IN A SUPERAGONIST TCR/MHC COMPLEX 提交 2000-11-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 21–130（110 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.2；295 K；0.2 M Tris/acetate, 10% PEG 6000, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 22K	分辨率 2.80 Å R-free 0.327
2ICW Crystal structure of a complete ternary complex between TCR, superantigen, and peptide-MHC class II molecule 提交 2006-09-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 I 21–130（110 aa）片段：residues 21-131	突变：W82R, L43P	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 5.6；298 K；13-15% PEG 4000, 5% isopropanol, 0.1 M sodium citrate, 2 mM zinc acetate, pH 5.6, EVAPORATION, temperature 298K	分辨率 2.41 Å R-free 0.288
2ICW Crystal structure of a complete ternary complex between TCR, superantigen, and peptide-MHC class II molecule 提交 2006-09-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 K 21–130（110 aa）片段：residues 21-131	突变：W82R, L43P	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 5.6；298 K；13-15% PEG 4000, 5% isopropanol, 0.1 M sodium citrate, 2 mM zinc acetate, pH 5.6, EVAPORATION, temperature 298K	分辨率 2.41 Å R-free 0.288
2OI9 Structure of the 2C/Ld/QL9 allogeneic complex 提交 2007-01-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 21–130（110 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；298 K；0.9M sodium dihydrogen phosphate, 0.01M di-potassium hydrogen phosphate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.35 Å R-free 0.226
3E2H Structure of the m67 high-affinity mutant of the 2C TCR in complex with Ld/QL9 提交 2008-08-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 22–130（109 aa）	突变：L43P, W82R, G99L, F100E, A101R, S102P, A103Y	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；295 K；2M ammonium tartrate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 3.80 Å R-free 0.276
3E3Q Structure of the 3alpham13 high-affinity mutant of the 2C TCR in complex with Ld/QL9 提交 2008-08-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 22–130（109 aa）	突变：L43P, W82R, G99D F100P A101P S102P A103L	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.2M ammonium citrate, 20% PEG 3350, 3% trimethyl amine N-oxide dihydrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.95 Å R-free 0.275
3E3Q Structure of the 3alpham13 high-affinity mutant of the 2C TCR in complex with Ld/QL9 提交 2008-08-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 22–130（109 aa）	突变：L43P, W82R, G99D F100P A101P S102P A103L	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.2M ammonium citrate, 20% PEG 3350, 3% trimethyl amine N-oxide dihydrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.95 Å R-free 0.275
3E3Q Structure of the 3alpham13 high-affinity mutant of the 2C TCR in complex with Ld/QL9 提交 2008-08-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 d 22–130（109 aa）	突变：L43P, W82R, G99D F100P A101P S102P A103L	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.2M ammonium citrate, 20% PEG 3350, 3% trimethyl amine N-oxide dihydrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.95 Å R-free 0.275
3E3Q Structure of the 3alpham13 high-affinity mutant of the 2C TCR in complex with Ld/QL9 提交 2008-08-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 I 22–130（109 aa）	突变：L43P, W82R, G99D F100P A101P S102P A103L	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.2M ammonium citrate, 20% PEG 3350, 3% trimethyl amine N-oxide dihydrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.95 Å R-free 0.275
3E3Q Structure of the 3alpham13 high-affinity mutant of the 2C TCR in complex with Ld/QL9 提交 2008-08-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 M 22–130（109 aa）	突变：L43P, W82R, G99D F100P A101P S102P A103L	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.2M ammonium citrate, 20% PEG 3350, 3% trimethyl amine N-oxide dihydrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.95 Å R-free 0.275
3E3Q Structure of the 3alpham13 high-affinity mutant of the 2C TCR in complex with Ld/QL9 提交 2008-08-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 R 22–130（109 aa）	突变：L43P, W82R, G99D F100P A101P S102P A103L	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.2M ammonium citrate, 20% PEG 3350, 3% trimethyl amine N-oxide dihydrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.95 Å R-free 0.275
3E3Q Structure of the 3alpham13 high-affinity mutant of the 2C TCR in complex with Ld/QL9 提交 2008-08-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 V 22–130（109 aa）	突变：L43P, W82R, G99D F100P A101P S102P A103L	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.2M ammonium citrate, 20% PEG 3350, 3% trimethyl amine N-oxide dihydrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.95 Å R-free 0.275
3E3Q Structure of the 3alpham13 high-affinity mutant of the 2C TCR in complex with Ld/QL9 提交 2008-08-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 Z 22–130（109 aa）	突变：L43P, W82R, G99D F100P A101P S102P A103L	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.2M ammonium citrate, 20% PEG 3350, 3% trimethyl amine N-oxide dihydrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.95 Å R-free 0.275

共 5 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TVA1_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–115； UniProt 21–135

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1i9e
沉积日期 deposition_date	2001-03-19
结构标题 title	TCR DOMAIN
关键词 keywords	Ig-like domain, T Cell receptor, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	15.71 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	14.60 Å
零角强度 I(0) i0	3241900.00
分子量 molecular_weight	12971.0 kDa
排除体积 excluded_volume	16360 Å³
包络体积 envelope_volume	18597 Å³
水化壳体积 shell_volume	11365 Å³
包络直径 envelope_diameter	62.0 Å
壳层 Rg shell_rg	20.01 Å
包络 Rg envelope_rg	15.34 Å
形状 Rg shape_rg	14.59 Å
总 Rg total_rg	15.81 Å
总原子数 total_atoms	919
残基数 n_residues	115
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	63.1 Å
Rg (实空间) rg_real	15.78 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.65 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.2420e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.2360e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	15.77 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3242000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7512
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	18.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.606
峰度 Kurtosis kurtosis	0.521
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	887300.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.385; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.608; Smooth: 0.999

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	CYTOTOXIC TCELL VALPHA DOMAIN
分子量 formula_weight	12774.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	963

QSVTQPDARVTVSEGASLQLRCKYSYSATPYLFWYVQYPRQGLQLLLKYYSGDPVVQGVNGFEAEFSKSNSSFHLRKASVHWSDSAVYFCAVSGFASALTFGSGTKVIVLPYIQN

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Drosophila melanogaster

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	44

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1i9ea_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1i9eA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	104.032 Å
晶胞边长 b length_b	104.032 Å
晶胞边长 c length_c	63.090 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	I 41 2 2
空间群编号 int_tables_number	98
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	37.500 Å
R 因子 r_factor	0.2063
R_work r_work	0.2031
R_free r_free	0.2328

fit	/app/data/saxs_computation/i9/1i9e/1i9e.fit
pddf	/app/data/pr_computation/i9/1i9e/1i9e.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/i9/1i9e/1i9e.dat

TCR DOMAIN

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CYTOTOXIC TCELL VALPHA DOMAIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction