SAXSdb — 1ici

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN, SIR2 FAMILY

Archaeoglobus fulgidus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–245 链 B； UniProt 1–245	未记录	ZN ZINC ION × 2 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；289 K；PEG 10000, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.10 Å R-free 0.249
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–245	未记录	ZN ZINC ION × 2 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；289 K；PEG 10000, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.10 Å R-free 0.249
3	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–245	未记录	ZN ZINC ION × 2 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；289 K；PEG 10000, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.10 Å R-free 0.249

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1ICI	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1M2G Sir2 homologue-ADP ribose complex 提交 2002-06-24	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–245（245 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 APR ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 6；291 K；Sodium Citrate, PEG 4000, pH 6.0, EVAPORATION, temperature 291K	分辨率 1.70 Å R-free 0.220
1M2H Sir2 homologue S24A mutant-ADP ribose complex 提交 2002-06-24	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–245（245 aa）	突变：S24A	ZN ZINC ION × 1 APR ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.80 Å R-free 0.215
1M2J Sir2 homologue H80N mutant-ADP ribose complex 提交 2002-06-24	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–245（245 aa）	突变：H80N	ZN ZINC ION × 1 APR ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 6；291 K；PEG 4000, Sodium Citrate, Isopropanol, pH 6.0, EVAPORATION, temperature 291K	分辨率 1.70 Å R-free 0.218
1M2K Sir2 homologue F159A mutant-ADP ribose complex 提交 2002-06-24	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–245（245 aa）	突变：F159A	ZN ZINC ION × 1 APR ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 6；291 K；PEG 4000, Sodium Citrate, Isopropanol, pH 6.0, EVAPORATION, temperature 291K	分辨率 1.47 Å R-free 0.231
1M2N Sir2 homologues (D102G/F159A/R170A) mutant-2'-O-acetyl ADP ribose complex 提交 2002-06-24	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–245（245 aa）链 B 1–245（245 aa）	突变：D102G, F159A, R170A 突变：D102G, F159A, R170A	ZN ZINC ION × 2 OAD 2'-O-ACETYL ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7；291 K；PEG 8000, HEPES, pH 7.0, EVAPORATION, temperature 291K	分辨率 2.60 Å R-free 0.308
4TWI The structure of Sir2Af1 bound to a succinylated histone peptide 提交 2014-06-30	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–245（245 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris pH 8.5, 200 mM MgCl2, and 20% (w/v) PEG 8,000	分辨率 1.79 Å R-free 0.221

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NPD1_ARCFU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 12–256； UniProt 1–245 作者链 B； PDB构建体 12–256； UniProt 1–245

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1ici
沉积日期 deposition_date	2001-04-01
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF A SIR2 HOMOLOG-NAD COMPLEX
关键词 keywords	Rossmann fold, Zinc ribbon, protein deacetylase, NAD-binding, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.30 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.01 Å
零角强度 I(0) i0	54870900.00
分子量 molecular_weight	56866.0 kDa
排除体积 excluded_volume	70779 Å³
包络体积 envelope_volume	89438 Å³
水化壳体积 shell_volume	27118 Å³
包络直径 envelope_diameter	108.0 Å
壳层 Rg shell_rg	34.36 Å
包络 Rg envelope_rg	28.97 Å
形状 Rg shape_rg	29.03 Å
总 Rg total_rg	29.45 Å
总原子数 total_atoms	3988
残基数 n_residues	500
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	102.3 Å
Rg (实空间) rg_real	29.51 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.25 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.4870e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.1900e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.42 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	54870000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7496
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	26.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.494
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.384
角度范围 angular_range	— – 0.2700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	25450000.0000
实空间数据点数 n_real_points	55
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.667; Stabil: 0.992; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.765; Smooth: 0.000

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN, SIR2 FAMILY
分子量 formula_weight	28436.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4249

GSHHHHHHGSHMDEKLLKTIAESKYLVALTGAGVSAESGIPTFRGKDGLWNRYRPEELANPQAFAKDPEKVWKWYAWRMEKVFNAQPNKAHQAFAELERLGVLKCLITQNVDDLHERAGSRNVIHLHGSLRVVRCTSCNNSFEVESAPKIPPLPKCDKCGSLLRPGVVWFGEMLPPDVLDRAMREVERADVIIVAGTSAVVQPAASLPLIVKQRGGAIIEINPDETPLTPIADYSLRGKAGEVMDELVRHVRKALS

来源 Source

来源生物 organism	Archaeoglobus fulgidus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2234
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	663.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	261

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1icia1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.31 — DHS-like NAD/FAD-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	c.31.1 — DHS-like NAD/FAD-binding domain
家族 Family family	c.31.1.5 — Sir2 family of transcriptional regulators

结构域编号 domain_id	d1icia2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1icib_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.31 — DHS-like NAD/FAD-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	c.31.1 — DHS-like NAD/FAD-binding domain
家族 Family family	c.31.1.5 — Sir2 family of transcriptional regulators

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1iciA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1220 — TPP-binding domain

结构域编号 domain_id	1iciA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1600 — SIR2/SIRT2 'Small Domain'
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — SIR2/SIRT2 'Small Domain'

结构域编号 domain_id	1iciB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1220 — TPP-binding domain

结构域编号 domain_id	1iciB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1600 — SIR2/SIRT2 'Small Domain'
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — SIR2/SIRT2 'Small Domain'

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	65.410 Å
晶胞边长 b length_b	94.540 Å
晶胞边长 c length_c	93.780 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	95.29 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	40.000 Å
R 因子 r_factor	0.2030
R_work r_work	0.1990
R_free r_free	0.2490

fit	/app/data/saxs_computation/ic/1ici/1ici.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ic/1ici/1ici.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ic/1ici/1ici.dat

CRYSTAL STRUCTURE OF A SIR2 HOMOLOG-NAD COMPLEX

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN, SIR2 FAMILY

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction